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crispys：使用CRISPR系统编辑基因家族的多个成员的最佳SGRNA设计
近年来CRISPR - CAS9系统的开发使真核基因组编辑，特别是用于反向遗传学的基因敲除，这是一个简单有效的任务。该系统通过与之基础对的编程单个指定RNA（SGRNA）有关，将其引导到基因组目标位点，随后导致特定于位点特定的修改。然而，真核基因组中的许多基因家族表现出部分重叠的功能，因此，一个基因的敲除可能被另一个基因的功能隐藏。在这种情况下，CRISPR – Cas9系统的特异性降低，这可能会导致与SGRNA不相同的基因组位点的修改，可以同时敲除多个同源基因的同时敲除。我们介绍了Crispys，这是一种用于SGRNA最佳设计的算法，该算法可能针对给定基因家族的多个成员。crispys首先将输入序列中的所有潜在目标簇列为层次树结构，该结构指定了它们之间的相似性。然后，通过在需要的地方嵌入不匹配的情况下，在树的内部节点中提出了SGRNA，以使编辑诱导目标的效率最大化。我们建议使用几种设计最佳单个SGRNA的方法，以及一种计算实验平台允许多个以上的情况下的最佳SGRNA集合的方法。后者可以选择说明基因家庭成员之间的同源关系。我们进一步表明，通过在Solanum lycopersicum基因组中的所有基因家族中，通过在计算机检查中，CRISPYS优于基于比对的技术。©2018 Elsevier Ltd.保留所有权利。
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