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转录组测序（RNA-Seq）
转录组测序（RNA-Seq）是一种用于比较样品同类群体的转录组并揭示基因表达的转移的下一代测序方法。RNA-SEQ可以为科学家提供对疾病起步，进展，对环境或治疗干预措施的反应以及更多条件的疾病起步，进展，反应的理解。 通过确定最终可能改变蛋白质表达模式的基因转录水平，转录序列和剪接模式的变化，研究者可以将途径激活与样品之间的表型差异相关联。RNA-SEQ可以为科学家提供对疾病起步，进展，对环境或治疗干预措施的反应以及更多条件的疾病起步，进展，反应的理解。通过确定最终可能改变蛋白质表达模式的基因转录水平，转录序列和剪接模式的变化，研究者可以将途径激活与样品之间的表型差异相关联。
mRNA测序
As published online in Theranostics, the preliminary analyzes of LncRNA & mRNA& miRNA were performed by Novogene, reported that lncRnA, mRNA and small RNA transcriptomes provide insights into the protec- tive effects of rSj16 on DSS-induced colitis, which is mainly mediated by PPAR-α signaling pathway inhibition.rsj16减弱了DSS诱导的结肠炎小鼠的临床活性，促炎性细胞因子的产生，上调上调的免疫调节细胞因子产生以及DSS诱导的结肠炎小鼠的Treg百分比增加。此外，用RSJ16处理的DSS诱导的结肠炎小鼠在结肠中表现出特定基因的表达水平的变化，并显示了过氧化物酶体增殖物激活受体α（PPAR-α）信号传导途径的关键作用。pPAR-α激活减少了DSS诱导的结肠炎小鼠RSJ16的治疗方法，表明PPAR-α信号通路在DSS诱导的结肠炎开发中起着至关重要的作用。该研究的发现RSJ16可能有助于RSJ16可以作为Thepeatiutiut te Trapeiutiation ppar-α有用。
标题对单细胞分辨率的RNA编辑调查将中间神经元与精神分裂症和自闭症联系起来Brendan Robert E. Ansell 1 2，Simon N. Thomas
澳大利亚2。澳大利亚维多利亚州帕克维尔市墨尔本大学医学生物学系3. 分子医学部，哈里·珀金斯医学研究所，西澳大利亚州默多克，澳大利亚摘要背景：通过Adar酶将腺苷转化为RNA中的inosine insine insine酶，发生在人类转录组中的数千个地点，对于健康的大脑发育至关重要。 在许多神经精神疾病中，这种编辑过程失调，但尚未按单个神经元的水平进行大规模研究。 方法：我们在全长捕获核转录组中量化了RNA编辑位点，该位点的核转录组是来自六个神经型验尸后女性供体的六个皮质区域的3055个神经元的核转录组。 推定的编辑位点与包括健康和神经精神脑组织在内的散装人体组织转录组中的位点相交，并在无关脑供体的单个核中鉴定出的位点。 使用线性模型对细胞类型和皮质区域以及其中的各个位点和基因之间的差异编辑。 还测试了基因丰度与编辑之间的。 结果：我们在至少十个神经元核中鉴定了41,930个RNA编辑位点，具有可靠的读取覆盖率。 大多数站点位于内含子或3'UTR中的Alu重复序列中，并且在已发表的RNA编辑数据库中分类了约80％。 我们确定了9285个假定的新型RNA编辑位点，其中29％在无关供体的神经元转录组中也可检测到。 自闭症相关的基因富含预测可修饰RNA结构的编辑位点。澳大利亚维多利亚州帕克维尔市墨尔本大学医学生物学系3.分子医学部，哈里·珀金斯医学研究所，西澳大利亚州默多克，澳大利亚摘要背景：通过Adar酶将腺苷转化为RNA中的inosine insine insine酶，发生在人类转录组中的数千个地点，对于健康的大脑发育至关重要。在许多神经精神疾病中，这种编辑过程失调，但尚未按单个神经元的水平进行大规模研究。方法：我们在全长捕获核转录组中量化了RNA编辑位点，该位点的核转录组是来自六个神经型验尸后女性供体的六个皮质区域的3055个神经元的核转录组。推定的编辑位点与包括健康和神经精神脑组织在内的散装人体组织转录组中的位点相交，并在无关脑供体的单个核中鉴定出的位点。使用线性模型对细胞类型和皮质区域以及其中的各个位点和基因之间的差异编辑。。结果：我们在至少十个神经元核中鉴定了41,930个RNA编辑位点，具有可靠的读取覆盖率。大多数站点位于内含子或3'UTR中的Alu重复序列中，并且在已发表的RNA编辑数据库中分类了约80％。我们确定了9285个假定的新型RNA编辑位点，其中29％在无关供体的神经元转录组中也可检测到。自闭症相关的基因富含预测可修饰RNA结构的编辑位点。全球编辑率最强的相关性是SNORD115和SNORD116群集（15Q11）的snornas，该snornas已知可调节5-羟色胺受体加工并与ADAR2共定位。抑制性神经元比兴奋性神经元更高的总体转录组编辑。 此外，我们确定了在兴奋性神经元中优先编辑的29个基因和43个基因在包括RBFOX1，其靶基因的抑制性神经元中更严重，在自闭症相关的Prader-willi locus-Willi locus 15q11中，包括RBFOX1，其靶基因和小核仁RNA相关基因。 这些结果为1730个地点提供了细胞类型和空间上下文，这些位点在精神分裂症患者的大脑中差异化，自闭症患者中有910个部位。 结论：RNA编辑，包括数千个先前未报告的位点，在单个神经元核中可牢固地检测到，其中细胞亚型之间的基因编辑差异比皮质区域之间的差异更强。 抑制性神经元中自闭症相关基因的编辑不足可能在自闭症中这些细胞的特异性扰动中表现出来。抑制性神经元比兴奋性神经元更高的总体转录组编辑。此外，我们确定了在兴奋性神经元中优先编辑的29个基因和43个基因在包括RBFOX1，其靶基因的抑制性神经元中更严重，在自闭症相关的Prader-willi locus-Willi locus 15q11中，包括RBFOX1，其靶基因和小核仁RNA相关基因。这些结果为1730个地点提供了细胞类型和空间上下文，这些位点在精神分裂症患者的大脑中差异化，自闭症患者中有910个部位。结论：RNA编辑，包括数千个先前未报告的位点，在单个神经元核中可牢固地检测到，其中细胞亚型之间的基因编辑差异比皮质区域之间的差异更强。抑制性神经元中自闭症相关基因的编辑不足可能在自闭症中这些细胞的特异性扰动中表现出来。抑制性神经元中自闭症相关基因的编辑不足可能在自闭症中这些细胞的特异性扰动中表现出来。
古老的全基因组重复和...
摘要前提：毛藻科（康乃馨家族）已经多次过渡到较冷的气候和坐垫植物适应性的收敛，这表明它们可以为冷适应研究提供自然系统。先前的研究表明，假定的古代整体基因组重复（WGD）与小众转移到整个caryophylales的寒冷气候相关。在这里，我们探索了这些发现的Caryophyllaceae中发现的转移之一的基因组变化。方法：我们构建了一个数据集，该数据集结合了26个新生成的转录组与45个已发表的转录组，其中包括七个属的11种垫子植物物种。使用此数据集，我们推断出了毛藻科的过时的系统发育，并将古老的WGD和基因重复映射到系统发育中。我们还检查了富含与气候变化有关的基因重复的功能组。结果：星体拓扑主要与当前家庭内部关系共识一致。我们推断了家庭中的15个假定的古老WGD，其中包括以前尚未发表的8个。最古老的古老WGD（大约64.4 - 5670万年前），WGD1被发现与先前的研究转向较冷的气候有关。与泛素化相关的基因区域在WGD1后保留的基因重复中过分代表性，而靠垫植物在colobanthus和Eremogone中趋同保留的基因区域以及其他功能注释。转录组数据是有助于植物中深层进化模式中阐明异质性的关键资源。结论：古代WGD引起的基因家族扩张可能导致了毛藻科中寒冷气候生态位的转变。
QuantPrime-一种用于定量PCR的可靠高通量引物设计的灵活工具，
结果：在这里，我们介绍了QuantPrime，这是一种直观且用户友好的全自动工具，用于小型至大规模的QPCR分析中的引物对设计。QuantPrime可以通过Internet http://www.quantprime.de/在线使用，也可以在下载后在本地计算机上使用；它提供具有高度可自定义参数的设计和特异性检查，并准备与许多重要的高等真核模型生物和植物作物的公开转录组一起使用（目前总共有295种），同时受益于外显子边框和可用基因组注释中的替代剪接变体信息。模型植物拟南芥，作物Hordeum vulgare和模型绿色Alga Chlamydomonas Reinhardtii的实验结果显示，设计的底漆对的成功率超过96％。
使用新型的高通量方法探索噬菌体 - 宿主相互作用的转录景观
在过去十年中，出现了强大的高通量测序方法，以分析全球尺度的微生物转录组。迄今为止，这些方法应用于噬菌体等微生物病毒的应用仍然很少。根据感染病毒感染的细菌量身定制这些技术有望获得感染过程中未充分倍增的RNA生物学和分子过程的详细图片。此外，受感染细菌宿主噬菌体引起的应激和扰动的转录组研究可能揭示了细菌代谢和基因调节的新基本机制。在这里，我们提供参考和蓝图，以实施新兴的转录方法，以解决转录组体系结构，RNA – RNA和RNA - 蛋白质相互作用，RNA修饰，结构和转录谱的异质性和异质性的感染细胞中的转录谱性，这些概况将为噬菌体构型式治疗和微生物的未来指导提供指导，并提供指南。
成人人类亚室中神经干细胞的身份和性质Salma Baig 1 *，Javad Nadaf 1 *，Redouane Allache 1，Phuong U. Le 1
摘要成人人脑神经源性区域中神经干细胞（NSC）的存在尚未解决。为了解决这个问题，我们创建了一个使用单细胞转录组学源自新鲜神经外科样品的成年人类室内室内区（SVZ）的细胞图集。我们发现了35 2成人径向神经胶质（RG）类人，Arg1和arg2。arg1具有胎儿早期RG（ERG）和ARG2的共享特征在转录上类似于胎儿外部RG（org）。我们还捕获了早期神经元和少突胶质细胞NSC状态。我们发现，其转录组驱动的生物学计划支持其作为早期NSC的角色。最后，我们表明这些NSC具有在状态和沿谱系轨迹之间过渡的潜力。这些数据40表明，多能NSC驻留在成人人类SVZ中。
ZEAMAP，适应玉米多组学时代的综合数据库
作为种植范围最广的作物之一，玉米 ( Zea mays L.) 已被科研人员和育种家广泛研究了一个多世纪。随着各种组学数据高通量检测的进展，人们积累了丰富的玉米及其野生近缘种大刍草的多维和多组学信息。整合这些信息有可能加速遗传研究并改良玉米农艺性状。为此，我们构建了 ZEAMAP ( http://www.zeamap.com )，这是一个综合性的数据库，包含多个参考基因组、注释、比较基因组学、转录组、开放染色质区域、染色质相互作用、高质量遗传变异、表型、代谢组学、遗传图谱、遗传图谱位点、种群结构和大刍草与玉米之间的驯化选择信号。ZEAMAP 用户友好，能够以交互方式整合、可视化和交叉引用多个不同的组学数据集。