古老的全基因组重复和...
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摘要前提:毛藻科(康乃馨家族)已经多次过渡到较冷的气候和坐垫植物适应性的收敛,这表明它们可以为冷适应研究提供自然系统。先前的研究表明,假定的古代整体基因组重复(WGD)与小众转移到整个caryophylales的寒冷气候相关。在这里,我们探索了这些发现的Caryophyllaceae中发现的转移之一的基因组变化。方法:我们构建了一个数据集,该数据集结合了26个新生成的转录组与45个已发表的转录组,其中包括七个属的11种垫子植物物种。使用此数据集,我们推断出了毛藻科的过时的系统发育,并将古老的WGD和基因重复映射到系统发育中。我们还检查了富含与气候变化有关的基因重复的功能组。结果:星体拓扑主要与当前家庭内部关系共识一致。我们推断了家庭中的15个假定的古老WGD,其中包括以前尚未发表的8个。最古老的古老WGD(大约64.4 - 5670万年前),WGD1被发现与先前的研究转向较冷的气候有关。与泛素化相关的基因区域在WGD1后保留的基因重复中过分代表性,而靠垫植物在colobanthus和Eremogone中趋同保留的基因区域以及其他功能注释。转录组数据是有助于植物中深层进化模式中阐明异质性的关键资源。结论:古代WGD引起的基因家族扩张可能导致了毛藻科中寒冷气候生态位的转变。

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