马拉维湖丽鱼科鱼类以相对较少的遗传变化形式表现出广泛的形式和功能。我们比较了岩石和沙子栖息的物种的基因组,并询问两组之间哪些遗传变异差异。我们发现,有96%的分化变体位于非编码序列中,但是这些非编码差异变体在进化上是保守的。分化变体附近的基因组区域富含颅面,神经和行为类别。在基因组序列的导线之后,我们使用岩石与沙子及其杂种来描述BMP信号传导和IRX1B在胃肠局部领土的规范中,在成人社会行为过程中揭示了上下文依赖于上下文的大脑基因表达。我们的结果证明了不同的基因组序列如何预测关键进化特征的差异。我们强调了进化反向遗传学的希望 - 表型差异与无偏基因组测序的推论,然后在自然种群中进行经验验证。