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具有组织特异性活性的增强子在...
feixa llarga，08907，L'BositaTET de llobregat，巴塞罗那，西班牙运行标题：内含子增强剂铅组织特异性调节关键字：增强剂，内含子，基因调控，组织功能，组织功能，组织模式
ullrich
简化剪接机制的示意图。（a）由三个外显子（E1，E2和E3）组成的前MRNA的通用图以及具有外显子和内含剪接调节元件（ESE，ESS，ISE，ISE和ISS）的两个内含子（外显子之间）。剪接因子（SF）识别调节元件，然后将内含子插入，并产生连续的编码mRNA序列。（b）包含外显子11和12（E11和E12）和内含子11的Col6a1前MRNA段。内含子11的侧面是5'剪接供体（SD）和3'剪接受体（SA）位点。在正常条件下，在没有改变剪接的变体的情况下，内含子11被剪接，并且E11和E12在结果的转录本中连接在一起。（c）用C.930+189c> t变体（RNA中的C> u）从COL6A1基因转录的Pre-MRNA。该变体创建了一个新颖的5'SD位点，并激活了一个先前休眠的3'SA位点，位于新型SD位点上游的72个核苷酸（NT）。如果这两个新站点被剪接体识别，则在成熟的mRNA中将72 nt长的伪外exon（PE）插入E11和E12之间。只有确认新颖的5'SD位点时，将其上游的72 nt长PE和115 nt长的区域都插入成熟的mRNA中。但是，后一个成绩单不超过框架，而不会被翻译而降级。当两个新地点都没有识别出来时，会产生野生型成熟的转录本。（d）剪接切换ASOS在空间上阻止剪接体识别新颖的5'SD位点，并从成熟的转录本中从整个内含子11中获得正确的剪接
分子标记——探索遗传多样性的工具
DNA（脱氧核糖核酸）由一对染色体组成，每对染色体都遗传自父母之一。因此，个体中的每个基因都有两个拷贝，称为等位基因，一对染色体上各有一个。在哺乳动物中，基因分散在染色体上，由较长的、主要为重复性的 DNA 序列隔开。基因由编码序列（外显子）和内含子组成。内含子不携带蛋白质编码信息，但有时在基因表达调控中发挥作用。基因编码的指令通过两个过程付诸实施。第一个是将遗传信息转录（复制）成另一种类型的核酸 RNA（核糖核酸）。外显子和内含子都被转录成初级信使 RNA（mRNA）分子。然后对该分子进行编辑，这个过程包括去除内含子、将外显子连接在一起以及在 mRNA 的每个末端添加独特特征。成熟的 mRNA 分子由此产生，然后被运送到位于细胞质中的核糖体结构。核糖体由核糖体 RNA (rRNA) 和蛋白质组成，为第二个过程提供场所——将先前复制到 mRNA 的遗传信息翻译成
CHMP2B的轴突运输受驱动蛋白调节
chmp2b是ESCRT途径的核心组成部分，该途径催化多囊体的形成以促进内溶性蛋白质降解。尽管CHMP2B促进性突触前功能障碍和变性的突变/功能丧失，表明其在突触前蛋白稳态中的关键作用，但导致CHMP2B定位的机制和招募突触的机制仍然不清楚。在这里，我们表征了CHMP2B轴突流动性，并表明其运输和募集到突触前胸子及其与其他ESCRT蛋白的共同体受到神经元活性的调节。相反，在存在或不存在神经元活性的情况下，额颞痴呆症 - 致病CHMP2B内含子5突变几乎没有表现出的遗传运动或突触前定位。相反，CHMP2B内含子5传输囊泡表现出振荡行为，让人联想到驱动蛋白和动力蛋白运动蛋白之间的拔河。我们表明，这种表型是由CHMP2B内含子与驱动蛋白结合蛋白的有效结合引起的，我们将其鉴定为CHMP2B转运的关键调节剂。这些发现阐明了CHMP2B轴突式传统和突触定位的机制，以及CHMP2B内含子的破坏。
非小细胞肺癌 MET 外显子 14 跳跃变异的当前和未来治疗选择
近膜 (JX) 结构域，其中包含 PKC 磷酸化位点 (S985)、胱天蛋白酶切割位点 (D1002) 和 E3 泛素连接酶 CBL (Casitas-B 系淋巴瘤) 对接位点 (Y1003)，均控制 RTK 活性的下调 (图 1a)。3–7 这种改变破坏了外显子 14 两侧的内含子剪接位点，包括内含子 13 的剪接受体位点和内含子 14 的剪接供体位点，或外显子 14 编码序列本身内的突变，都会导致外显子 14 在转录本中跳跃。这些突变中最常见的是碱基替换，其次是插入/缺失。因此，导致MET外显子14跳跃的可变剪接事件会激活MET-HGF通路，促进肿瘤细胞增殖、迁移，并阻止细胞凋亡（图1b）。
莱茵衣藻 CLiP2 突变体集合通过高可信度破坏等位基因扩大基因组覆盖范围
作者：Alice Lunardon 1*、Weronika Patena 1*、Cole Pacini 1、Michelle Warren-Williams 1、Yuliya Zubak 1、Matthew Laudon 2、Carolyn Silflow 2、Paul Lefebvre 2、Martin Jonikas 1,3 1 普林斯顿大学，新泽西州，美国；2 明尼苏达大学，明尼苏达州，美国；3 霍华德休斯医学研究所 * 这些作者贡献相同。摘要。莱茵衣藻（以下简称衣藻）是研究光合作用、纤毛运动和其他细胞过程的有力模式生物 [1–4]。已映射的核随机插入突变体的 CLiP 文库 [5,6] 通过提供目标基因的突变体，加速了数百个实验室在这些领域的进展。然而，由于其对高置信度破坏等位基因的基因组覆盖率有限（46% 的核蛋白编码基因在外显子/内含子中具有 1+ 高置信度等位基因；12% 的基因在外显子/内含子中具有 3+ 等位基因），因此其价值受到限制。我们在此介绍 CLiP2（衣藻文库计划 2）文库，它大大扩展了可用的已映射高置信度插入突变体的数量。CLiP2 文库包含 71,700 个菌株，覆盖 79% 的核蛋白编码基因在外显子/内含子中具有 1+ 高置信度等位基因，以及 49% 的基因在外显子/内含子中具有 3+ 等位基因。社区可通过衣藻资源中心获取突变体。
T4噬菌体Y基因分裂产物是一种加工蛋白
T4 sun Y 基因是已鉴定出的含有自剪接 I 组内含子的 4 个噬菌体基因之一（7、12、30、32）。4 个含内含子的噬菌体基因中，3 个的功能是已知的。噬菌体 T4 的 td 基因（编码胸苷酸合酶）和 nrdB 基因（编码核糖核苷二磷酸还原酶的小亚基）均参与 DNA 前体的合成，噬菌体 SPOI 中鉴定出的内含子位于编码 DNA 聚合酶的基因 31 中。然而，sun Y 基因的功能尚不清楚。据我们所知，sun Y 基因并非必需基因，因为干扰噬菌体发育的突变尚未定位到该基因座上。作为表征 sun Y 基因功能的第一步，我们鉴定了 sun Y 蛋白并确定了其合成的时间进程。虽然我们尚未确定太阳 Y 基因的功能，但我们做出了一个奇怪的观察：它的表达涉及蛋白质以及 RNA 基因产物 (gp) 的处理。
通过过滤编辑在体内进行工程核糖体的靶向编辑和进化
基因组编辑技术在生物体中引入了有针对性的染色体修饰，但受限于无法选择性地修改重复的遗传元件。本文我们描述了过滤编辑，这是一种基因组编辑方法，它将第 1 组自剪接内含子嵌入重复的遗传元件中，以构建可以选择性修改的独特遗传地址。我们将含内含子的核糖体引入大肠杆菌基因组，并使用 CRISPR/Cas9 和多重自动基因组工程对这些核糖体进行有针对性的修饰。转录后内含子的自剪接产生无疤痕的 RNA 分子，从而生成一个复杂的靶向组合变体库。我们使用过滤编辑来共同进化 16S rRNA，以调整核糖体的翻译效率，并共同进化 23S rRNA，以分离抗生素抗性核糖体变体，而不会干扰天然翻译。这项工作为设计聚合具有不同化学性质的非生物单体的突变核糖体奠定了基础，并扩大了基因组工程的范围，以实现重复 DNA 序列的精确编辑和进化。
使用基于CRISPR的设计器外显子插入
使用基因编辑技术将大型DNA片段的精确精确插入到体细胞中，以标记或修饰内源性蛋白质仍然具有挑战性。由非同源末端连接途径产生的非特异性插入/删除（Indels）使过程容易出错。此外，插入物不容易移动。在这里，我们描述了一种称为Crisp R介导的E Xon（Crispie）的方法，该方法可以使用基于CRISPR/CAS9的编辑精确，可逆地标记内源性蛋白质。crispie插入了设计器供体模块，该模块由编码内含子序列的蛋白质序列的外显子组成，并将其内含子序列置于目标基因的内含子位置。插入连接处的Indels将被剪接，而mRNA几乎没有错误。我们使用Crispie在体内在哺乳动物神经元中荧光标记内源性蛋白，并以前未能达到的效率。我们证明了此方法广泛适用，并且以后可以轻易删除插入物。Crispie允许具有高保真，效率和灵活性的蛋白质序列插入。