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World File Search System基因突变
致癌基因突变或致癌基因 KRAS 或 BRAF 的过度表达不足以导致致癌基因成瘾
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可，根据 未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 5 月 29 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.05.26.117911 doi：bioRxiv 预印本
研究论文 PETALOSA TOE 型直系同源基因突变导致系统发育远的真双子叶植物出现显性重花表型
重瓣花表型因其在各种植物中的吸引力而被人类所选择，并且对观赏植物市场具有巨大的商业价值。在本研究中，我们调查了康乃馨、矮牵牛和玫瑰中显性重瓣花性状的遗传决定因素，并鉴定了 TARGET OF EAT (TOE) 型基因的突变等位基因，其特征是 miR172 靶序列和编码蛋白质 C 末端部分的破坏。尽管这些真双子叶植物之间存在系统发育距离，它们在白垩纪早期分化，但携带这些突变的直系同源基因都属于单个 TOE 型亚组，我们将其命名为 PETALOSA (PET)。同源性搜索使我们能够在其他各种物种中鉴定出 PET 序列。为了证实自然突变的结果，我们使用 CrispR-Cas9 在烟草 PET 基因的 miR172 靶位点内诱导病变，这导致了多余花瓣状结构的形成。本研究描述了具有经济价值的观赏物种中的 pet 等位基因，并提供了关于识别和改造 PET 基因以获得不同植物中理想的重花特性的可能性的证据。
根据基因突变和表达预测肝细胞癌的新治疗药物
肝细胞癌 (HCC) 是第四大常见原发性肝脏肿瘤，是世界范围内重要的医学问题。然而，目前治疗 HCC 的疗法无法治愈，尽管进行了大量尝试和临床试验，但批准的针对 HCC 的靶向治疗方法并不多。因此，有必要寻找其他治疗策略来阻止 HCC 肿瘤的生长。我们正在寻找一种系统的药物重定位生物信息学方法来识别治疗 HCC 的新候选药物，该方法不仅考虑异常的基因组信息，还考虑转录景观的变化。首先，我们基于人类突变数据筛选出在大多数 HCC 样本中频繁突变的 HCC 特征基因即核心基因集合。然后，结合 TCGA 中 HCC 的基因表达数据对 HCC 的核心基因进行分类。最后，基于 kolmogorov-smirnov 统计方法计算每种药物的治疗评分 (TS)。利用这一策略，我们确定了五种与 HCC 相关的药物，包括三种可以治疗 HCC 的药物和两种可能对 HCC 产生副作用的药物。此外，我们还对药物靶标进行了连接图 (CMap) 谱相似性分析和 KEGG 富集分析。所有这些发现都表明，我们的方法对于准确预测 HCC 的新治疗方案是有效的，并且很容易扩展到其他肿瘤。
使用swath获取在蛋白质水平上通过crispr-cas9确认基因突变
Qifeng Lin 1，Larry W.L. Low 1，Stephen Tate 2，Jayantha Gunaratne 1,3和Thomas J. Carney 1,4 1分子与细胞生物学研究所，科学，技术与研究机构（A*Star），新加坡； 2，加拿大Sciex；新加坡国立大学，新加坡国立大学的Yong Loo Lin医学院，Nanyang Technological University，新加坡基因组编辑工具4 Lee Kong Chian医学院对生命科学研究人员来说是宝贵的，允许对生物体的DNA进行更改，然后研究效果以获得生物学洞察力。 最新的基因编辑工具是CRISPR-CAS9，它比以前的方法更快，更简单，更便宜，因此迅速获得了采用。 为了确保生物学结论的保真度，必须在蛋白质水平上确认任何基因编辑的成功很重要。 通常使用免疫印迹；但是，该策略可以受到抗体的可用性和质量的限制。Qifeng Lin 1，Larry W.L.Low 1，Stephen Tate 2，Jayantha Gunaratne 1,3和Thomas J. Carney 1,4 1分子与细胞生物学研究所，科学，技术与研究机构（A*Star），新加坡； 2，加拿大Sciex；新加坡国立大学，新加坡国立大学的Yong Loo Lin医学院，Nanyang Technological University，新加坡基因组编辑工具4 Lee Kong Chian医学院对生命科学研究人员来说是宝贵的，允许对生物体的DNA进行更改，然后研究效果以获得生物学洞察力。最新的基因编辑工具是CRISPR-CAS9，它比以前的方法更快，更简单，更便宜，因此迅速获得了采用。为了确保生物学结论的保真度，必须在蛋白质水平上确认任何基因编辑的成功很重要。通常使用免疫印迹；但是，该策略可以受到抗体的可用性和质量的限制。
