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World File Search System增强子
转录沉默子：踩刹车推动基因表达
沉默子是一类调控 DNA 元件，可减少其目标启动子的转录；它们是增强子的抑制对应物。尽管沉默子在几十年前就被发现，且有证据表明其在发育和疾病中发挥了重要作用，但人们对它的研究远不如增强子。然而，最近有一系列论文报道了在各种模型系统中对沉默子的系统研究。沉默子通常是双功能调控元件，根据细胞环境，它们也可以充当增强子，并且富含表达数量性状基因座 (eQTL) 和疾病相关变异。在组蛋白修饰或相关蛋白的分布中，尚无证据表明所有沉默子都具有共同的“沉默子染色质特征”；相反，沉默子可能分为不同的亚类，通过不同的（可能重叠的）机制发挥作用。
HPV 18 型对 CADM1 转录的抑制是由启动子-增强子相互作用的三维重排介导的
感染后，人乳头瘤病毒 (HPV) 会操纵宿主细胞基因表达，以创造一个有利于有效和持续感染的环境。病毒诱导的宿主细胞转录组变化被认为是导致致癌的原因。在这里，我们通过 RNA 测序表明，致癌 HPV18 附加体在原代人类包皮角质形成细胞 (HFK) 中的复制会驱动宿主转录变化，这些变化在多个 HFK 供体之间是一致的。我们之前已经表明，HPV18 将宿主蛋白 CTCF 募集到病毒附加体中，以控制分化依赖性病毒转录程序。由于 CTCF 是宿主细胞转录的重要调节器，它通过协调表观遗传边界和长距离染色体相互作用，我们假设 HPV18 也可能操纵 CTCF 来促进宿主转录重编程。通过 ChIP-Seq 分析宿主细胞基因组中的 CTCF 结合情况，结果显示，虽然病毒不会改变 CTCF 结合位点的总数，但是有一部分 CTCF 结合位点要么富集要么缺乏 CTCF。许多这些改变的位点聚集在差异表达基因的调控元件内，包括抑制上皮细胞生长和侵袭的肿瘤抑制基因细胞粘附分子 1 (CADM1)。我们发现 HPV18 的建立会导致 CADM1 启动子和上游增强子处的 CTCF 结合降低。在没有 CpG 高甲基化的情况下，CTCF 结合的丧失与 CADM1 的表观遗传抑制同时发生，而包括转录调节因子 ZBTB16 在内的相邻基因则被激活。这些数据表明，在 HPV18 建立后，CADM1 基因座会发生拓扑重排。我们利用 4C-Seq（环状染色体确认捕获测序）测试了这一假设，并表明 HPV18 的建立导致
缺乏 Sry 的 Amami 棘鼠的哺乳动物性染色体的周转是由于雄性特异性的 Sox9 上调
哺乳动物的性染色体是高度保守的，性别由 Y 染色体上的 SRY 决定。两种特殊的啮齿动物群（其中一些物种缺少 Y 染色体和 Sry）为我们了解新的性基因如何产生并取代 Sry ，从而导致性染色体周转提供了见解。然而，30 多年的深入研究未能揭示这两个谱系中新的性基因的身份。我们在此报告在奄美刺鼠 Tokudaia osim- ensis 中发现了雄性特异性的 Sox9 增强子重复，这种大鼠的雄性和雌性都只有一条 X 染色体（XO/XO），而 Y 染色体和 Sry 完全丢失。我们进行了全面的调查以检测刺鼠中性别特异性的基因组区域。性别相关的基因组差异仅限于雄性特异性的 17 kb 单位重复，该重复位于常染色体上 Sox9 上游 430 kb 处。使用雄性刺鼠细胞进行的 Hi-C 分析表明，重复区域具有与 Sox9 的潜在染色质相互作用。重复单元含有一个与小鼠增强子 14 (Enh14) 同源的 1,262 bp 元件，Enh14 是一种候选 Sox9 增强子，在小鼠中功能冗余。转基因报告小鼠表明，刺鼠 Enh14 可作为小鼠胚胎睾丸增强子发挥作用。用重复的刺鼠 Enh14 替换 Enh14 的 XX 小鼠的胚胎生殖腺显示 Sox9 表达增加，Foxl2 表达减少。我们提出，这种 Sox9 增强子的雄性特异性重复取代了 Sry 功能，从而定义了刺鼠中的一种新型 Y 染色体。
意见增强剂的非规范函数：RNA聚合酶III转录，DNA复制和V（d）J重组的调节
增强子是其他基于DNA的过程的关键调节因子，因为它们以高度调节的方式产生核小体耗尽区域的独特能力。增强子通过RNA聚合酶III（POL III）调节TRNA基因的细胞类型特异性转录。他们还负责原点复制复合复合物（ORC）与DNA复制起源的结合，从而调节原点利用，复制时机和依赖复制的染色体断裂。此外，增强剂通过增加重组激活基因（RAG）重组酶对靶位点的访问以及通过产生由RAG2 PHD域识别的三甲基化组蛋白H3-K4的局部区域来调节V（d）J重组。因此，增强子代表了解码基因组的第一步，因此它们调节生物学过程，这些过程与RNA聚合酶II（POL II）转录不同，没有专用的调节蛋白。
TENET.注释中心
一个复合 GRanges 对象，包含来自各种来源的假定增强子元素区域，主要用于 TENET Bioconductor 包。该数据集由强增强子区域组成，这些区域由 Roadmap Epigenomics ChromHMM 扩展的基于 98 个参考表观基因组的 18 状态模型注释，并转移到 hg38 基因组（以下 4 种状态代表强增强子：7：基因增强子 1、8：基因增强子 2、9：活性增强子 1 和 10：活性增强子 2），以及 FANTOM5 项目在第 1 阶段和第 2 阶段确定的人类允许增强子区域。有关组件数据集的更多信息，请参阅托管在 https://github.com/rhielab/TENET.AnnotationHub/blob/devel/data-raw/TENET_consensus_datasets_manifest.tsv 上的清单文件。引用：Roadmap Epigenomics Consortium；Kundaje A、Meuleman W、Ernst J 等人。111 个参考人类表观基因组的综合分析。Nature。2015 年 2 月 19 日；518(7539)：317-30。doi：10.1038/nature14248。PMID：25693563；PMCID：PMC4530010。Lizio M、Harshbarger J、Shimoji H 等人。通往 FANTOM5 启动子水平哺乳动物表达图谱的途径。Genome Biol 16(1)，22 (2015)。Abugessaisa I、Ramilowski JA、Lizio M 等人。FANTOM 进入第 20 个年头：转录组图谱的扩展和非编码 RNA 的功能注释。 Nucleic Acids Res. 2021 年 1 月 8 日；49(D1)：D892-D898。doi：10.1093/nar/gkaa1054。PMID：33211864；PMCID：PMC7779024。
SLC30A8 基因座的多种遗传变异影响局部超级增强子活性并影响胰腺 β 细胞的存活和功能
缩写：3C，染色体构象捕获；4C，环状染色体构象捕获；ATAC-seq，使用测序检测转座酶可及染色质；Cas9，来自化脓性链球菌的内切酶；CHIP-seq，染色质免疫沉淀和 DNA 测序；CRISPR，成簇的规律间隔的短回文重复序列；CTCF，CCCTC 结合因子；EXT1，外骨化素糖基转移酶 1；GSIS，葡萄糖刺激的胰岛素分泌；GWAS，全基因组关联研究；MED30，RNA 聚合酶 II 转录亚基 30 的介质；pcHi-C，启动子捕获 Hi-C；R，调控区；RAD21，双链断裂修复蛋白 rad21 同源物；SLC30A8，溶质载体家族 30 成员 8；SNP，单核苷酸多态性； T2D，2 型糖尿病；TAD，拓扑关联结构域；UTP23，UTP23 小亚基加工体成分。
斑马鱼周皮增强子的分析有助于识别人类 KRT8/18 附近的调控变体
1 武汉大学口腔医学院及口腔医院，国家口腔基础科学重点实验室培育基地（湖北省科技部）和教育部口腔生物医学重点实验室，武汉，中国；2 爱荷华大学解剖与细胞生物学系，爱荷华城，美国；3 武汉大学口腔医学院牙周病学系，武汉，中国；4 爱荷华大学分子医学交叉学科项目，爱荷华城，美国；5 匹兹堡大学生物统计学系，匹兹堡，美国；6 劳伦斯伯克利实验室环境基因组学和系统生物学部，伯克利，美国；7 美国能源部联合基因组研究所，劳伦斯伯克利实验室，伯克利，美国；8 加州大学默塞德分校，默塞德，美国； 9 美国佐治亚州亚特兰大埃默里大学医学院人类遗传学系；10 美国爱荷华大学生物统计学系；
停止使用 COVID-19 mRNA 疫苗
卫生局长概述了对已获批准的辉瑞和 Moderna COVID-19 mRNA 疫苗中核酸污染物的担忧，特别是在存在脂质纳米颗粒复合物和猿猴病毒 40 (SV40) 启动子/增强子 DNA 的情况下。脂质纳米颗粒是将 COVID-19 疫苗中的 mRNA 递送到人体细胞的有效载体，因此可能也是将污染物 DNA 递送到人体细胞的同样有效的载体。SV40 启动子/增强子 DNA 的存在也可能带来 DNA 整合到人体细胞中的独特且更高的风险。
