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海马通路中的大脑状态对突触反应的突触特异性调节
突触变化在记忆过程中起着重要作用。然而，即使在基础条件下，大脑状态对海马网络中突触反应的调节仍然知之甚少。我们记录了自由活动的雄性大鼠在五条海马通路上诱发的突触反应。我们发现，在齿状回穿通通路 (PP-DG) 突触处，清醒状态下的反应比睡眠状态下的反应要强。在 CA1 的 Schaffer 侧支 (SC-CA1) 突触处，非快速眼动睡眠 (NREM) 状态下的反应比其他状态下的反应要强。在快速眼动睡眠 (REM) 期间，PP-DG 和 SC-CA1 突触处的反应比 NREM 状态下的反应要弱，而穹窿至伏隔核突触处 (Fx-NAc) 处的反应比其他状态下的反应要强。相比之下，穹窿对内侧 PFC 突触 (Fx-PFC) 的反应和穹窿对杏仁核突触 (Fx-Amy) 的反应受警觉状态的调节较弱。延长睡眠时间会导致 PP-DG 和 Fx-Amy 突触发生突触变化，但不会导致其他突触变化。突触反应也与局部振荡有关，并且在 Fx-PFC 和 Fx-NAc 之间高度相关，但在 Fx-Amy 和这些突触之间不相关。这些结果揭示了突触特异性调节可能有助于睡眠-觉醒周期中的记忆巩固。
扩张型心肌病的肌肉特异性核糖体的致病机制
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 1 月 28 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.02.630345 doi：bioRxiv 预印本
针对 CAR-T 的疾病特异性 T 细胞体内工程改造
体内细胞工程通过直接控制体内细胞功能来增强 T 细胞免疫力，从而彻底改变了免疫疗法。这种方法绕过了目前工程细胞疗法（例如用抗癌嵌合抗原受体 (CAR) 修饰的 T 细胞）所需的复杂且昂贵的体外制造过程。然而，目前体内工程 T 细胞的方法依赖于泛 T 细胞标记（例如 CD3、CD8）来靶向 T 细胞，这可能导致与非选择性激活或抑制 T 细胞免疫相关的不良影响。在本次演讲中，我将首先介绍一种基因传递系统，称为抗原呈递纳米颗粒 (APN)，它可以通过 mRNA 传递选择性地在体内工程化疾病抗原特异性 T 细胞。然后，我将展示如何设计 APN 以选择性地消耗自身反应性 T 细胞，以防止小鼠模型中 1 型糖尿病的发作。此外，我将展示如何使用 APN 将流感特异性 T 细胞重新编程为抗癌 CAR T 细胞，这种细胞在人类多发性骨髓瘤异种移植小鼠模型中取得了与病毒转导的体外 CAR 相当的治疗效果。在本次研讨会结束时，我将概述我未来实验室将采取的研究方向，即在体内设计细胞以进行抗原特异性免疫治疗、疾病检测和肿瘤重新编程。
双特异性抗体：下一代靶向炎症性肠病疗法
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![[18F]2FNQ1P 作为大鼠、猪、非人类灵长类动物和人类脑组织中 5-HT6 受体特异性 PET 放射性示踪剂的临床前验证](/simg/9/9e4bc0056c0b1c85127ea895e33afa5c22b37f78.webp)
[18F]2FNQ1P 作为大鼠、猪、非人类灵长类动物和人类脑组织中 5-HT6 受体特异性 PET 放射性示踪剂的临床前验证
Stéphane Emery、Sylvain Fieux、Benjamin Vidal、Pierre Courault、Sandrine Bouvard 等人。[18F]2FNQ1P 作为大鼠、猪、非人类灵长类动物和人类脑组织中 5-HT6 受体特异性 PET 放射性示踪剂的临床前验证。核医学与生物学，2020 年，82-83，第 57-63 页。�10.1016/j.nucmedbio.2020.01.006�。�hal-03035781�
周细胞是器官特异性的组织调节器......
血管提供了一种多功能且适应性强的运输系统，但最近的研究已经证实，构成血管网络最内层的内皮细胞也是控制周围组织中其他细胞类型行为的分子信号来源。周细胞是血管壁的另一个重要组成部分，但人们对它们在器官生长和模式形成过程中与其他细胞群的信号相互作用知之甚少。在这里，我们使用组织特异性和可诱导小鼠遗传学、高分辨率成像、单细胞 RNA 测序和细胞培养实验来解决三种周细胞衍生的生长因子在两种模型器官（即肺和脑）的出生后发育中的作用。我们发现 Pdgfrb-CreERT2 控制的肝细胞生长因子 (HGF) 基因失活不会导致出生后大脑发生明显改变，但由于与 AT2 上皮细胞的相互作用缺陷，会损害肺泡形成。同样，周细胞表达脑源性神经营养因子 (BDNF) 不是出生后大脑所必需的，但通过与肺内皮细胞中的受体酪氨酸激酶 TrkB 相互作用来控制肺部发育。相反，周细胞表达 TGFβ 家族生长因子 Nodal 不是肺形态形成所必需的，但调节出生后大脑的血管生长和屏障功能，我们将其归因于与内皮细胞、星形胶质细胞和小胶质细胞的信号相互作用。总之，我们的研究结果表明，周细胞是血管分泌信号的重要来源，这些信号以器官特异性方式控制形态形成过程。
神经元细胞外囊泡的分子分析揭示了脑组织特异性信号
神经元 (nEV) 释放的细胞外囊泡 (EV) 为测量周围循环的脑生物标志物提供了机会。目前还没有研究直接比较脑组织中的分子货物与人类循环中发现的 nEV。我们比较了 microRNA 和环境化学物质的水平，因为 microRNA 是研究最多的 nEV 货物之一，具有作为生物标志物的巨大潜力，而 nEV 中的环境化学负荷研究不足，可以揭示大脑中的化学物质水平。为此，我们利用匹配的脑组织和血清组，并分离血清总 EV 和血清 nEV。我们还生成并比较了不同匹配血清、血清总 EV 和血清 nEV 中的代谢组学谱，因为 nEV 中的代谢物货物也研究不足，但可以提供潜在的生物标志物。高表达的脑组织 miRNA 与 nEV 的相关性比血清或总 EV 更强。我们在 nEV 中检测到了几种环境化学污染物类别。 nEV 中的化学污染物浓度与脑组织水平的相关性比脑组织与血清或总 EV 之间的相关性更强。我们还在 nEV 中检测到了几种内源性代谢物。与血清和总 EV 相比，具有已知信号传导作用的代谢物有所丰富，例如胆汁酸、油酸、磷脂酰丝氨酸和类异戊二烯。我们提供的证据表明 nEV 货物与脑组织内容密切相关，进一步支持了它们作为脑液体活检的实用性。
“领养组织”计划推动了识别马组织特异性组蛋白标记的努力
马遗传学和基因组学研究界有着长期的协同合作历史，致力于开发工具和资源来推动马生物学的发展。从 1995 年由 Dorothy Russell Havemeyer 基金会支持举办的第一届国际马基因图谱研讨会 ( Bailey, 2010 ) 开始，研究人员合作构建了全面的马连锁图谱 ( Guérin 等人, 1999, 2003; Penedo 等人, 2005; Swinburne 等人, 2006 )、辐射杂交和比较图谱 ( Caetano 等人, 1999; Chowdhary 等人, 2002 )、物理标记和 BAC 重叠群图谱 ( Raudsepp 等人, 2004, 2008; Leeb 等人, 2006 )、马的参考基因组 ( Wade 等人, 2009; Kalbfleisch 等人, 2018 ) 和基因分型阵列，以经济地绘制和研究马感兴趣的性状主人和饲养者（McCue 等人，2012 年；McCoy 和 McCue，2014 年；Schaefer 等人，2017 年）。为了延续基于社区的进步的传统，作为国际动物基因组功能注释 (FAANG) 联盟的一部分，一项新的集体努力于 2015 年启动，旨在对马的 DNA 元素进行功能注释（Andersson 等人，2015 年；Tuggle 等人，2016 年；Burns 等人，2018 年）。让人想起人类和小鼠的 ENCODE 项目（Dunham 等人，2012 年），FAANG 联盟的最终目标是注释家养动物物种基因组中的主要功能元素（Andersson 等人，2015 年）。具体来说，该联盟选择了四种组蛋白修饰来表征增强子（H3K4me1）、启动子和转录起始位点（H3K4me3）、具有活性调控元件的开放染色质（H3K27ac）和具有无法接近或受抑制的调控元件的兼性异染色质（H3K27me3）的基因组位置（Andersson 等人，2015；Giuuffra 和 Tuggle，2019）。最初的马 FAANG 努力通过对四个目标组蛋白标记进行染色质免疫沉淀测序（ChIP-Seq），在八个优先关注的组织（TOI）中确定了假定的调控区域（Kingsley 等人，2020）。在该研究中，整个马基因组中表征了超过一百万个假定的调控位点。马生物库中储存了 80 多种组织、细胞系和体液（Burns 等人，2018 年），因此有更多机会扩大注释工作的范围。为了充分利用生物库的优势，合作赞助
使用长读测序对扩增的亨廷顿基因进行单倍型 SNP 等位基因特异性基因编辑
亨廷顿舞蹈症 (HD) 是一种常染色体显性神经退行性疾病，由亨廷顿蛋白 ( HTT ) 外显子 1 的 CAG 三核苷酸重复扩增引起。目前，HD 尚无治愈方法，HD 患者的临床治疗侧重于症状管理。之前，我们展示了使用 CRISPR-Cas9 通过靶向附近 ( < 10 kb) 的 SNP（在外显子 1 附近产生或消除原间隔区相邻基序 (PAM)）来特异性删除扩增的 HTT 等位基因 ( mHTT )。在这里，我们使用 Oxford Nanopore 平台上的多重靶向长读测序方法，全面分析了 983 名 HD 个体中 HTT 外显子 1 两侧 10.4 kb 基因组区域内的所有潜在 PAM 位点。我们开发了计算工具（NanoBinner 和 NanoRepeat）来对数据进行解复用、检测重复并对扩增或野生型 HTT 等位基因上的读数进行分阶段。通过此分析，我们发现 30% 具有欧洲血统的 HD 患者共有一个 SNP，这被证实是人类 HD 细胞系中 mHTT 等位基因特异性删除的有力候选者。此外，多达 57% 的 HD 患者可能通过组合 SNP 靶向成为等位基因特异性编辑的候选者。总之，我们提供了受 HD 影响的个体中 HTT 外显子 1 周围区域的单倍型图。我们的工作流程可应用于其他重复扩增疾病，以促进用于等位基因特异性基因编辑的指导 RNA 的设计。
Bretigea：脑细胞类型特异性基因表达分析
描述大量基因表达数据中相对细胞类型比例的分析。提供了一组良好的脑细胞类型特异性标记基因，这些基因从多种类型的实验中得出，如McKenzie（2018）中所述。对于脑部数据集，有标记基因可用于星形胶质细胞，内皮细胞，小胶质细胞，神经胶质，少突胶质细胞和少突胶质细胞前体细胞，这些细胞源自hu-man，小鼠，小鼠和组合的人类/小鼠数据集。但是，如果您对自己的标记基因具有辅助性，则可以将功能应用于任何组织的大量基因表达数据。还使用这些标记基因实现了相对细胞类型比例估计的多个选项，从Chikina（2015）。可以根据您的偏好和数据集来增加或降低给定分析中使用的细胞类型标记基因的数量。最后，提供了使用估计值在下游分析之前使用估计值调整细胞类型相对比例的可变性的功能。