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16S rRNA基因的基于不同鸟类粪便的微生物群在很大程度上独立于DNA保存和提取方法
鸟类肠道菌群一直是最近关注的主题，对诸如家禽行业，微生物生态学和保护等各种领域的潜在影响。粪便微生物群经常用作肠道菌群的非侵入性代理，但是从鸟类粪便中提取高质量的微生物DNA经常被证明具有挑战性。在这里，我们旨在评估两种DNA保存方法（95％乙醇和rnalater）和五种提取方法（Indispin病原体试剂盒，Qiaamp PowerFecal ProFecal Pro DNA Kit，Microgem Prepgem Prepgem细菌试剂盒，Zymbobiommics DNA Miniprep Kit和In Bane In In Base AVA AVA）用于研究。对这些方法对来自最初三种禽类（鸡，鸵鸟和无飞行parrotkākāpō）的粪便样品的功效的系统测试发现，提取的DNA的质量，数量和完整性在提取的DNA的质量，数量和完整性上存在实质性差异，但对16S rRNA Gene基于基于基于的RRNA Gene Microbobiota profiles的质量，数量和完整性却微不足道。随后在10种系统发育和生态上多样化的鸟类物种上选择了保存和提取方法的选定组合，重申了所选方法的疗效，细菌群落结构通过技术复制的特定禽类强烈聚集。我们发现，提取功效的明显差异似乎不会影响16S基因基因的细菌群体概况，为正在进行的对鸟类肠道微生物群的研究奠定了重要的基础。
使用16S的下一代测序分析塞维多家族的肠道和粪便细菌菌群：审查
摘要：Cervidae家族由于适应了许多生态环境而具有广泛的分布，这使其能够在消化道中发展出多样化的微生物群落。最近，研究集中在全球不同子宫颈物种的肠道和粪便菌群的分类学组成和功能上，以及它们在不同相关因素（例如年龄，性别，性别，饮食，饮食，分布和季节性变异）下的微生物多样性和变异。此外，还特别感兴趣地知道子宫颈如何充当人畜共患病原体生物的储层，这代表了对公共卫生的威胁。本综述提供了全球子宫颈中微生物群测定领域增长的综合，专注于使用16S下一代测序的肠道和粪便样品。它还记录了影响微生物多样性和组成的因素，据报道为致病性/人畜共患病的微生物以及有关这些物种保护的观点。知道细菌与宫颈健康之间的相互作用可以推动这些物种的管理和保护策略，并有助于了解其进化史以及与新兴疾病的微生物的相互作用。
指导草案 - 定量粪便免疫化学测试，指导近直肠癌途径在初级保健中转介第1页，共22页
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粪便代谢组及其在炎症性肠病中的决定因素
抽象客观炎症性肠病（IBD）是一种多因素免疫介导的肠道疾病，包括克罗恩病和溃疡性结肠炎。通过表征粪便中的代谢产物，结合粪便宏基因组学，宿主遗传学和临床特征，我们旨在揭示IBD代谢改变。设计，我们在424例IBD患者和255个非IBD对照组的凳子样品中测量了1684种不同的粪便代谢产物和8个短链和分支链脂肪酸。回归分析用于比较病例和对照之间的代谢物浓度，并确定代谢物与每个参与者的生活方式，临床特征和肠道菌群组成之间的关系。此外，在粪便代谢物水平上进行了全基因组关联分析。结果，我们确定了300多个分子，这些分子在IBD患者的粪便中差异很大。鞘脂和L-尿蛋白之间的比率可以区分IBD和非IBD样品（AUC = 0.85）。我们发现胆汁酸微生物群落患者的胆汁酸池的变化以及粪便代谢组和肠道微生物群之间的牢固关联。例如，大量的Ruminococcus gnavus与色胺水平呈正相关。此外，我们发现了代谢物与饮食模式之间的158个关联，以及Nat2附近的多态性与咖啡代谢密切相关。考虑了微生物组对粪便代谢产物的影响，我们的结果为针对肠道炎症的将来的干预措施铺平了道路。在这项大规模分析中的结论中，我们确定了IBD患者代谢组的改变，这些变化与常见的混杂因素，例如饮食和外科史。
从粪便样品中自动提取细菌DNA ...
粪便样品分析提供了一种简单的，无创的方法，用于检测多种引起疾病的微生物，生物标志物检测消化道的癌症，以分析肠道微生物组及其对生理健康和疾病的影响。对肠道微生物组的分子检查可以为细菌组成提供宝贵的见解，并可以作为预测胃肠道疾病治疗结果的早期筛查工具。但是，由于存在多酚，腐殖酸，脂质和其他抑制PCR的化合物，因此粪便是一个复杂的样品源。为了实现其巨大的临床潜力，需要从粪便中提取高质量的DNA，不含PCR抑制剂，以自动化的高通量格式提取。为了满足这一需求，Omega Bio-Tek开发了一种用多种磁珠的试剂盒，称为Mag-Bind®通用病原体96套件，用于从包括粪便在内的各种样本类型的病原体检测。在本申请说明中，我们使用Mag-Bind®通用病原体96套件在Chroma Ate的MagXtract 3200上提供了从粪便样品中提取DNA的自动工作流程。下表1中描述了Chroma Ate的MagXtract 3200系统的产品规格。申请说明还讨论了使用实时PCR的DNA产量，质量和扩增潜力的自动化工作流程的性能。
肠球菌粪便129 BIO 3B被归类为乳酸肠球菌129 Bio 3b
粪肠球菌129 BIO 3B是一种乳酸细菌，已安全用作益生菌产品已有100多年了。最近，由于某些粪肠球菌属于万古霉素的肠球菌。致病潜力较少的粪肠球菌组已被分为一个单独的物种（乳糖肠球菌）。在这项研究中，我研究了粪肠球菌129 Bio 3b以及粪肠球菌129 BIO 3B-R的系统发育分类和安全性，该含有天然对氨苄西林具有抗性。使用特定基因区域的质谱和基本局部比对搜索工具分析无法将3B和3B-R区分为E.粪肠球大肠杆菌或乳酸菌。然而，成功识别3B和3B-R的多焦点序列与乳酸螺旋体相同。总体基因组相关性指数表明，3B和3B-R与乳酸乳乳酵母具有很高的同源性。用E.乳酸性乳核e物种特异性引物证实了3B和3B-R的基因扩增。氨苄青霉素的最低抑制浓度被证实为3B为2 µg/ml，这是欧洲食品安全局设定的粪肠球大肠杆菌的安全标准。基于上述结果，将粪肠球菌129 Bio 3b和E.粪肠球菌129 BIO 3B-R分类为乳酸菌。除了FMS21之外，没有致病基因的缺乏表明这些细菌可安全用作益生菌。
关于动物粪便厌氧消化的微生物学和技术见解：评论
摘要：动物粪便的厌氧消化导致可再生能量（沼气）和富含营养的生物肥料的产生。该技术的进一步好处是减少了肥料储存过程中否则会发生的温室气体排放。由于动物粪便使厌氧的消化成本效益并进一步推进了较高甲烷产量的技术，因此最重要的是，要找到改善瓶颈的策略至关重要鸡肉，鸭子或猪粪。本综述总结了不同动物粪便的特征，并洞悉了潜在的微生物机制，从而导致厌氧消化过程引起挑战性问题。在高氨气过程中的保留时间和有机负荷速率放在了高氨气中的保留时间和有机负荷速率上，应设计和优化，以支持耐受高氨疾病的微生物，例如酸性乙酸乙酸替代性乙酸氧化细菌和氢蛋白毒素。此外，总结了用于稳定和增加动物粪便的甲烷产量的运营管理，包括支撑物质，添加微量元素或掺入氨去除技术。审查是最终的，讨论了概述动物粪便厌氧消化过程的可疑操作方法所需的研究，以规避过程不稳定性并改善过程性能。
跨性粪便微生物群移植对成年大鼠代谢和激素状态的影响
疫苗给药的抽象最佳方案以最大程度地减少不稳定疾病的影响取决于许多接收不同控制程度的变量。示例包括疾病的特征及其对不同群体的性别，年龄或社会经济状况的影响，其传播模式或受影响群的人口结构的影响。在这里，我们引入了一种通过疫苗接种和重新感染的感染传播的隔室模型，并分析了这两个过程对疾病进展和死亡人数的变化的影响。人口分为两组，以突出疫苗给药与各种人口结构之间不同关系引起的疾病的总体影响。作为一个实际的例子，我们使用实际人口统计数据研究了各个国家的Covid-19动力学。该模型可以通过适当的参数值估计，可以轻松地应用于通过感染和易感人群以及任何人口结构之间直接相互作用以及任何人口结构传播的任何其他疾病。两个主要构想突出。首先，再感染个体的比例越高，疾病成为准流行的可能性越高。第二，最佳
粪便核酸杆菌在2型糖尿病小鼠中改善脂质代谢和胰岛素抵抗
方法和结果：使用QPCR检测到F. prausnitzii在T2D患者中的丰度。在2型糖尿病患者（T2D）DB/DB小鼠中研究了F. prausnitzii对葡萄糖稳态，胰岛素抵抗（IR），血脂异常，肝脂肪变性和炎症的影响。我们还调查了人们的F. prausnitzii。我们的结果表明，与健康受试者相比，T2D患者的F. prausnitzii的丰度明显低。在T2D小鼠中，我们发现F. prausnitzii治疗显着降低了空腹血糖和IR指数，表明葡萄糖不耐症和IR增加了。此外，基于对脂质调节的酶活性和促进性细胞因子水平的评估，F。prausnitzii不仅能够改善脂肪组织和肝脏中的肿瘤肿瘤，而且还可以通过抑制抗肝素的活性下降的肝脏中的肝steatosis。
SARS-COV-2，胡椒温和的斑点病毒和crassphage的纵向和定量粪便脱落动力学
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