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正在申请专利的 ExpressPlex 2.0 文库制备试剂盒采用方便的 384 孔 PCR 板配置,可用于高通量多重文库制备。此升级版 ExpressPlex 使用 seqWell 的高性能 TnX ™ 转座酶,该转座酶专为 NGS 文库制备而设计。扩增子 (>350 bp) 和质粒 DNA 是适合该试剂盒的标准输入。附录 E 重点介绍了可以针对小型微生物全基因组测序进行的修改。ExpressPlex 文库与 Illumina MiSeq ™ 、NextSeq ™ 、iSeq ™ 和 NovaSeq ™ 测序平台兼容。每个 ExpressPlex 2.0 - 384 孔试剂盒都包含足够的试剂,可从 384 或 1,536 个单独的 DNA 样本制备与 Illumina 兼容的文库。每个库的标准制备量为 384 个样本,每个试剂盒最多 1,536 个样本。有四种不同的试剂盒可用于从 1,536 个样本中制备文库,在一次测序运行中可加载总共 6,144 种条形码组合。这种多重文库制备程序针对每 8 µl 反应 0.5 - 20 ng 质粒或扩增子 DNA 的输入进行了优化,通常可生成 400 – 1,200 bp 的文库片段长度。文库片段长度取决于 DNA 的质量和所用的磁珠清理率。使用 ExpressPlex 文库制备试剂盒的主要优势和好处是简化的一步式多重文库制备工作流程,可在 40 倍的 DNA 输入浓度范围内自动标准化每个样本的读取输出,同时最大限度地减少人工和耗材成本。使用 ExpressPlex 2.0 – 384 孔试剂盒,可在 120 分钟内制备 384 重文库以进行文库 QC 和测序,手动操作时间不到 30 分钟。
收获细胞、清洗细胞并将其与活化的 ConA 珠子结合。高质量的样品制备对于 CUT&RUN 工作流程至关重要。请注意,建议对某些样品类型(冷冻细胞、细胞核、粘附细胞、组织)进行修改,可在 support.epicypher.com 上找到。该方案包括在初始细胞收获、清洗步骤后以及 ConA 珠子结合后确认样品质量的详细步骤。避免珠子在检测过程中变干和结块,这会导致样品损失并降低 CUT&RUN 产量。
采集了 30 位捐献者的唾液样本,其中 90% 的分析前 DNA 质量 >2 µg。从 27 个样本中提取了 HMW DNA,其中 93% 的产量 >500 ng。提取后,使用 Qubit dsDNA BR 检测试剂盒对 DNA 进行定量,并使用 Femto Pulse 系统(安捷伦科技公司)进行表征。使用 SMRTbell ® 制备试剂盒 3.0 为部分样本制备 HiFi 文库,并使用 SPRQ™ 化学方法在 Revio 系统上进行测序。每个样本都在一个 Revio SMRT 测序池上进行测序。表 1 总结了五个代表性样本的测序数据。这些样本产生了 4.7 到 15.9 µg 的 HMW DNA。HiFi 测序产量为 119 到 133 Gb 的 HiFi 数据,每个基因组的覆盖率为 27 到 40 倍,足以进行全面的 WGS 变异检测。 75% 到 95% 的读数映射到人类参考基因组 (GRCh38)。
HiFi 制备试剂盒 96 和工作流程专为 NGS 液体处理自动化而设计。因此,该协议旨在描述 SRE、剪切、文库制备酶促反应和珠子清理,以指导自动化方法开发,或在某些情况下进行手动制备。由于自动化仪器之间存在差异,可能需要进行本文未描述的修改,以使协议适应您的特定仪器。请访问 WGS 页面或联系您当地的支持团队,获取具有 PacBio 合格方法的仪器列表。该协议是使用 Hamilton NGS STAR MOA 系统开发的。
该试剂盒非常适合定量 RNA,用于下一代测序 (NGS) 或逆转录 PCR (RT-PCR) 等敏感应用。与基于吸光度的测量不同,RNA Broad Range Dye 对 RNA 的选择性高于双链 DNA (dsDNA),并且可以耐受样品中等摩尔量的 dsDNA,而不会对 RNA 定量产生显著影响(图 4)。仍然建议使用纯化的 RNA 样品。该测定还可用于定量小 RNA,例如 miRNA(图 5)以及单链 DNA (ssDNA),尽管与 RNA 相比,ssDNA 发出的荧光信号较低(图 6)。与总 RNA 相比,该测定对 dsRNA 发出的信号非常低(图 7)。
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根据Bioneer Corporation的预期用途索赔的预期用途,“ Accupater HIV-1定量RT-PCR试剂盒是一种体外诊断试剂盒,用于量化HIV-1(人类免疫缺陷病毒类型1)RNA在人EDTA-Plasma样品中通过实时时间反应(PCR)使用的常见通用系统。该系统包括用于自动核酸提取的ExiPREP DX仪器和实时PCR的外赛车。Accupater HIV-1定量RT-PCR试剂盒旨在与临床表现和其他实验室制造商结合使用,用于HIV-1受感染患者的临床管理。该测试可通过测量基线HIV-1水平来评估患者预后,或者通过测量抗逆转录病毒治疗过程中HIV-1 RNA水平的变化来监测抗逆转录病毒疗法的影响。HIV-1基因型对8.0 log 10 IU/ml(7.74 log 10 cp/ml)的范围内。该试剂盒不打算用作包括血液和血液产品在内的临床样本中HIV-1感染的筛查测试。它不打算对HIV-1感染的初始临床诊断,例如HIV-1筛查。预期的用户
如果您的样本产生了强劲的阳性结果,则数据解释不需要内部提取控制,并且可以忽略。如果您的样品产生了负结果,则内部提取控制对于解释结果很有用。内部提取控制中的CQ值会根据样品中的DNA量而有所不同。晚期信号(CQ> 28)表明您的样品中只有少量的宿主衍生DNA。您可能希望重复样本收集,然后重复测试以确认负面结果。