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MDM192 - ETIC 电信
MDM192 调制解调器提供 PLC 之间的半双工数据传输（举例来说），通过两线电缆传输距离可达 30 公里。 点对点或多点传输 16 个 PLC（甚至更多）可连接到同一条线路上。 （两根双绞屏蔽线）数据速率高达 19200 b/s。 可靠性 调制解调器与线路并联。如果一个调制解调器发生故障，并不会影响网络其余部分的正常传输。 线路隔离 调制解调器通过一个 4000 VRMS 变压器与线路隔离。 本地接口 调制解调器提供 RS232、RS422 和 RS485 异步接口。数据速率范围为 1200 至 19200 b/s（7 或 8 位，有或无奇偶校验，1 个起始位，1 或 2 个停止位）。 传输延迟时间 所用的数字技术可实现非常低的传输延迟（仅 3 个字符的时间）。兼容性 MDM 192 能够传输大多数 PLC 协议，其中包括： Rockwell：DF1、DH485 Siemens：PROFIBUS DP Schneider Electric：MODBUS、UNITELWAY Omron：SYSMACWAY ... 以及一般来说任何主/从异步协议。
RNA 转录和修饰
启动子因它“促进”基因表达而得名。该碱基序列控制转录起始的准确位置。大部分启动子位于基因转录实际开始位点的正前方或上游。按照惯例，启动子序列中的碱基是相对于转录起始位点进行编号的。此位点是用作转录模板的第一个碱基，记为 +1。此位点之前的碱基按负方向编号。没有碱基被编号为零。因此，大部分启动子都用负数标记，以描述转录开始前的碱基数。启动子序列内有两个重要序列，位于大约 −35 和 −10 位点。−35 位点顶部 DNA 链中的序列为 5′–TTGACA–3′，−10 位点的序列为 5′–TATAAT–3′。 TATAAT 序列以 1975 年首次发现该序列的 David Pribnow 的名字命名为 Pribnow 盒。
通过优化SGRNA ...
摘要aflysam/crispra系统最近已成为果蝇果蝇（Drosophila Melanogaster）的功能性研究的强大工具。该系统包括GAL4/UAS驱动的DCAS9激活剂和U6促进器控制的SGRNA。建立了超过其他组合的DCAS9激活剂，以进一步提高靶向激活剂的效率，我们系统地优化了SGRNA的参数。有趣的是，发现最有效的SGRNA在转录起始位点（TSS）上游的-150bp到-450bp的区域积累，并且激活效率显示与SGRNA靶向序列的GC含量的正阳性相关性很强。此外，目标区域主要是GC含量，因为SGRNA的靶向区域超过-600BP，即使含有75％的GC，TSS的SGRNA都会降低效率。令人惊讶的是，当将靶向sgrNA的活性与DNA链的活性进行比较时，靶向非模板链的SGRNA靶向均优于互补的模板链，无论是在细胞和体内。总而言之，我们定义了SGRNA设计的标准，这将极大地促进CRISPRA在功能奖励研究中的应用。
CTCF 拓扑边界的解剖揭示了增强子-致癌基因调控的原理
增强子-基因通讯依赖于拓扑关联域 (TAD) 和由 CCCTC 结合因子 (CTCF) 绝缘子强制执行的边界，但其潜在的结构和机制仍然存在争议。在这里，我们研究了一种通常隔离成纤维细胞生长因子 (FGF) 致癌基因但在胃肠道间质瘤 (GIST) 中被 DNA 高甲基化破坏的边界。该边界包含一系列 CTCF 位点，可强制相邻的 TAD，一个包含 FGF 基因，另一个包含 ANO1 及其推定的增强子，它们在 GIST 及其可能的起源细胞中具有特异性活性。我们表明，边界中四个 CTCF 基序的协调破坏会融合相邻的 TAD，允许 ANO1 增强子接触 FGF3，并导致其强烈诱导。高分辨率微 C 图揭示了 ANO1 增强子和 FGF3 启动子中的转录起始位点之间的特定接触，这种接触与 FGF3 诱导呈定量关系，因此接触频率的适度变化会导致表达的强烈变化，与因果关系一致。
ASCL1 和 NEUROD1 依赖基因的启动子是 SCLC 细胞中 lurbinectedin 的特定靶点
小细胞肺癌 (SCLC) 是一种恶性神经内分泌肿瘤，预后较差。本文重点研究神经内分泌 SCLC 亚型 SCLC-A 和 SCLC-N，其转录依赖性由 ASCL 1 和 NEUROD 1 转录因子驱动，这些转录因子靶向 E-box 基序以激活高达 40% 的总基因，根据 ATAC 和 H 3 K 27 Ac 标记，这些基因的启动子保持在稳定开放的染色质环境中。海洋因子 lurbinectedin 利用了这一优势，它优先靶向位于转录起始位点下游的 CpG 岛，从而阻止 RNAPII 延长并促进其降解。这消除了 ASCL 1 和 NEUROD 1 及其依赖基因（如 BCL 2 、 INSM 1 、 MYC 和 AURKA ）的表达，这些基因负责相关的 SCLC 致瘤特性（如抑制细胞凋亡和细胞存活）以及其部分神经内分泌特征。总之，我们展示了这些细胞的转录成瘾如何成为它们的致命弱点，以及 lurbinectedin 如何有效地利用这一点作为一种新的 SCLC 治疗手段。
在人性线粒体复制过程中，DNA在体外重新建立
图1：（a）人mtDNA的示意图。mRNA，rRNA和tRNA的基因编码区分别显示为蓝色，绿色和橙色。主要的非编码区（NCR）显示为灰色。位于NCR中的两个转录启动子，轻链启动子（LSP）和重链启动子（HSP）。LSP负责1 mRNA和8个TRNA的转录。HSP负责12个mRNA，14个TRNA和2个RRNA的转录。重链复制的起始位点（Orih，O H）也位于NCR中，而光链（Oril，O l）的起始位置位于NCR以外，距LSP转录位点约2/3。（b）内部线粒体膜上氧化磷酸化（OXPHOS）的示意图。由mtDNA编码的蛋白质亚基以深蓝色突出显示。nd1、2、3、4、4l和5（紫色）是Oxphos复合物的亚基。CytB（橙色）是复合物III的亚基。Cox I，II和III（绿色）是复合物IV的亚基。ATP 6和ATP 8（黄色）是复合V的亚基。
Znf143结合DNA并刺激转录起始，以激活和抑制直接靶基因
转录因子与序列基序结合，并充当敏捷因子或阻遏物。带有辅助辅因子星座的转录因子界面，以调节调节转录的不同机械步骤。我们迅速降低了必需和普遍表达的转录因子Znf143，以确定其在转录周期中的功能。ZNF143促进RNA聚合酶起始并激活基因表达。ZNF143结合其几乎所有活化靶基因的启动子。Znf143还结合了遗传转录启动位点，直接抑制基因的子集。尽管Znf143刺激了Znf143抑制基因的启动（即那些在Znf143 depletion上增加表达的人，结合的分子环境会导致顺式代表。Znf143与其他更有效的激活因子竞争启动子的访问，物理遮挡了转录起始位点和启动子序列序列元素，并在早期eLon-grongation期间充当了RNA聚合酶的分子障碍。通常调用上下文术语上下文来描述具有激活和抑制函数的转录因子。我们定义了ZnF143介导的顺式激活和抑制的上下文和分子机制。
摄入单个引导 RNA 可通过激活 CRISPR 来诱导基因过度表达并延长秀丽隐杆线虫的寿命
秀丽隐杆线虫是一种用于研究发育和衰老遗传学的多功能模型生物，通过给线虫喂养表达特定 dsRNA 的细菌可以抑制其基因表达。之前已证实通过常规转基因技术过表达缺氧诱导因子 1 ( hif-1 ) 或热休克因子 1 ( hsf-1 ) 可延长线虫寿命。然而，目前尚不清楚其他基因过表达方法是否可行，尤其是随着基于 CRISPR 的技术的出现。本文中，我们表明，给经过基因改造以稳定表达 Cas9 衍生的合成转录因子的秀丽隐杆线虫喂养表达启动子特异性单向导 RNA (sgRNA) 的细菌也可以激活基因表达。我们证明，通过摄取针对 hif-1 或 hsf-1 各自启动子区域的 sgRNA 激活 CRISPR 可增加基因表达并延长秀丽隐杆线虫的寿命。此外，作为旨在使用 CRISPR 激活秀丽隐杆线虫的未来研究的计算机资源，我们提供了预测的启动子特异性 sgRNA 靶序列，用于超过 13,000 个秀丽隐杆线虫基因，并具有实验定义的转录起始位点。我们预计本文描述的方法和组件将有助于促进全基因组基因过表达研究，例如，通过将表达 sgRNA 的细菌喂给线虫来诱导转录，以识别衰老或其他感兴趣的表型的调节因子。
MicroAnnot：用于精确注释微孢子虫基因组的专用工作流程
摘要：微孢子虫有近 1700 个种，是一类专性胞内真核生物，对兽医、经济和医学有影响。为了帮助了解这些微生物的生物学功能，通常使用全基因组测序。然而，由于它们具有特定于分类单元的进化特征，因此很难正确预测它们的基因目录。由于需要创新的基因组注释策略来获得这些寄生虫整体生活方式的代表性快照，因此开发了 MicroAnnot 工具，这是一种专用的工作流程，使用来自精确注释的微孢子虫基因的精选数据库的数据进行微孢子虫序列注释。此外，还实施了特定模块来执行小基因（<300 bp）和转座因子识别。最后，使用基于签名的 InterProScan 软件进行功能注释。MicroAnnot 的准确性已通过对四个微孢子虫基因组的重新注释得到验证，这些基因组的结构注释之前已经得到验证。 MicroAnnot 通过比较方法和转录信号识别方法，可以准确预测翻译起始位点，有效识别转座因子，并对包括 300 bp 以下的微孢子虫基因具有高特异性和灵敏度。
细胞对染色质和 DNA 损伤的反应比较
DNA 靶向药物可能会损伤 DNA 或染色质。许多抗癌药物会同时损伤 DNA 和染色质，因此很难理解它们的作用机制。我们使用导致 DNA 断裂但不改变核小体结构的分子（博来霉素）或使核小体不稳定但不损伤 DNA 的分子（curaxin），研究了 DNA 或染色质损伤对正常细胞和肿瘤细胞的影响。正如预期的那样，DNA 损伤导致 p53 依赖性生长停滞，随后衰老。染色质损伤导致的 p53 积累高于 DNA 损伤；然而，生长停滞与 p53 无关，不会导致衰老。染色质损伤以 p53 非依赖性方式激活了多个基因的转录，包括经典的 p53 靶标。尽管这些基因在基础条件下表达不高，但它们具有围绕转录起始位点 (TSS) 的染色质组织，这是大多数高表达基因的特征，并且 RNA 聚合酶暂停水平最高。我们假设这些基因 TSS 周围的核小体对染色质损伤最为敏感。因此，curaxin 处理后核小体丢失将使转录无需序列特异性转录因子的协助即可进行。我们证实了这一假设，结果显示 curaxin 处理后这些基因 TSS 周围的核小体丢失较多，染色质损伤剂而非 DNA 损伤剂可激活 p53 缺陷细胞中的 p53 特异性报告基因。