启动子因它“促进”基因表达而得名。该碱基序列控制转录起始的准确位置。大部分启动子位于基因转录实际开始位点的正前方或上游。按照惯例,启动子序列中的碱基是相对于转录起始位点进行编号的。此位点是用作转录模板的第一个碱基,记为 +1。此位点之前的碱基按负方向编号。没有碱基被编号为零。因此,大部分启动子都用负数标记,以描述转录开始前的碱基数。启动子序列内有两个重要序列,位于大约 −35 和 −10 位点。−35 位点顶部 DNA 链中的序列为 5′–TTGACA–3′,−10 位点的序列为 5′–TATAAT–3′。 TATAAT 序列以 1975 年首次发现该序列的 David Pribnow 的名字命名为 Pribnow 盒。