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已经开发了大量资源和工具来分析基因组序列。已经开发了基因组学工具来分析基因组序列中潜在的或预测的开放阅读框 (ORF)，并且通常依赖于与已知序列的同源性进行识别。这催生了比较基因组学，其中比较了来自类似生物体的完整基因组。这在识别细菌和病毒中的毒力因子方面特别有用，特别是当一种相关菌株表现出高毒性而另一种菌株没有时。蛋白质组学专门研究单个生物体不同位置或不同但相关的生物体之间的蛋白质表达模式。
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