摘要 精确确定大脑细胞类型的数量和身份是详细概述中枢神经系统 (CNS) 基因和蛋白质表达的先决条件。然而,目前仅对秀丽隐杆线虫的神经系统实现了细胞数量的严格量化。本文,我们描述了一种协同分子遗传、成像和计算技术流程的开发,旨在实现高通量、精确定量,并以细胞分辨率对具有复杂细胞结构的完整组织(如大脑)中的基因表达报告基因进行定量。我们已采用该方法精确确定整个完整的果蝇幼虫 CNS 中的功能性神经元和神经胶质细胞的数量,结果发现神经元数量比之前预测的要少,神经胶质细胞数量要多。我们还发现在这个幼虫发育阶段,两性之间存在意想不到的差异,雌性 CNS 的神经元数量明显多于雄性。对我们的数据的拓扑分析表明,这种性别二态性延伸到 CNS 组织的更深层特征。我们还扩展了分析范围,以量化整个中枢神经系统中电压门控钾通道家族基因的表达,并发现丰度方面的巨大差异。我们的方法能够可靠而准确地量化完整器官内细胞的数量和定位,从而促进对细胞身份、多样性和基因表达特征的复杂分析。