过去十年，啮齿动物的记录技术取得了巨大进步，使用户可以同时从多个大脑区域采样数千个神经元。这促使人们需要数字工具包来帮助整理解剖数据，但是，现有工具要么功能有限，要么要求用户精通编码才能使用它们。为了解决这个问题，我们创建了 HERBS，这是一种针对啮齿动物用户的综合新工具，它通过用户友好的图形用户界面提供广泛的功能。在实验之前，HERBS 可用于规划植入电极、靶向病毒注射或示踪剂的坐标。实验后，用户可以注册记录电极位置（例如 Neuropixels、四极体）、病毒表达或其他解剖特征，并以 2D 或 3D 形式可视化结果。此外，HERBS 可以描绘组织切片中多次注射的表达并获得单个细胞计数。 HERBS 中的区域划分基于来自 Sprague Dawley 大鼠脑 Waxholm 空间图集或 Allen 小鼠脑图集的带注释的 3D 体积。HERBS 允许用户滚动浏览数字脑图集，并提供自定义角度切片，并支持将组织切片自由转换为图集切片。此外，HERBS 还允许用户使用来自单个动物的组织重建 3D 脑网格。HERBS 是一个多平台开源 Python 包，可在 PyPI 和 GitHub 上获取。