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有几件事常常会出错。首先，基因编辑工具或“基因剪刀”可以在基因组中与目标位点相似的非预期位置进行切割，从而导致非目标基因发生突变（DNA损伤）。其次，即使在预定的编辑位点也会发生不同类型的无意DNA损伤，这可能导致许多基因功能的意外破坏或中断。第三，整个基因编辑过程（包括必需的植物细胞组织培养阶段）会导致生物体基因组中发生数百或数千个随机突变，其中一些突变会破坏许多基因的功能，即使是无意的。
新转基因：- 旧说法和虚假承诺
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