大多数生物功能主要取决于大分子与小分子和配体的物理相互作用。这些相互作用有时由复杂的分子间相互作用介导，这取决于大分子的结合位点，也取决于相互作用的配体（图 1）。要理解这些相互作用，我们需要了解配体和蛋白质的原子水平细节。仅仅了解没有结合配体的蛋白质或酶的结构不足以全面了解蛋白质的完整功能或机制。要全面了解蛋白质功能，获得蛋白质的二元或三元结构复合物非常重要。基于结构的药物设计的关键部分是蛋白质结合位点的映射，这将为优化已识别的药物提供所需的重要信息。