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和去甲肾上腺素一样，血清素在情绪调节中起着重要作用。血清素水平低与抑郁情绪有关。血清素再摄取抑制剂是一种抗抑郁药，通过阻止血清素的摄取来增加大脑中的血清素水平。百忧解、左洛复和帕罗西汀是治疗抑郁症的常用药物，也是血清素再摄取抑制剂。由于血清素在调节睡眠和食欲方面也很重要，因此它也用于治疗饮食失调症——暴食症。
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