测验(占期末成绩的 15%):测验占课程期末成绩的 15%,课程中涉及的每个主要主题有一次测验。期末测验成绩将计算为所有测验成绩的平均值。测验将包括 8-10 个多项选择题答案,用于测试相应主题所涵盖的事实概念。将根据需要分配阅读材料。期中报告(占期末成绩的 35%):期中报告将重点关注课程第 2 部分中涵盖的主题,该部分涵盖了基本的合成生物学方法。将根据学生将所学技术应用于实际合成生物学研究场景的能力进行评估——包括分析的适当性和深度。期中报告将分为三个部分,每个学生被分配一个不同的人类酶进行报告。报告的第 1 部分涉及设计实验工作流程,将编码酶的基因克隆到大肠杆菌蛋白质表达骨架中。在第 2 部分中,学生选择从最合适的模型生物中纯化蛋白质的最佳策略,并提出实验工作流程。最后,在第 3 部分中,学生将设计用于 CRISPR/Cas9 的向导 RNA(gRNA),以促进人类细胞中指定基因的内源性敲除和表达调节。由于期中报告涵盖了课程的第 2 部分的全部内容,学生可以随着课堂上涉及相关主题而逐步完成期中报告的各个部分。期中报告的截止日期为 3 月 13 日,即完成期中报告所需的所有课堂材料后的一个月。期末报告(占期末成绩的 40%):期末报告将要求学生应用课堂上涵盖的其余概念 - 即基于合成生物学基础的第 3、4 和 5 部分。该报告测试学生将合成生物学概念应用于实际研究场景的能力。评估将基于学生在报告中提供的分析的准确性,以及学生对期末报告各个方面理由的论证能力。期末报告将分为两部分:第 1 部分将包括使用生物信息学工具合理设计具有潜在更高酶活性的蛋白质突变体。学生将对期中报告中指定的相同酶进行这项工作。这将涉及访问 Uniprot 以获取已知蛋白质同源物的序列,使用多序列比对 (MSA) 和 BLAST 比较同源物的氨基酸序列,以及使用 AlphaFold 比较两个蛋白质同源物的三级结构。第 2 部分包括将指定的蛋白质与其他酶一起掺入代谢途径以产生小分子代谢物的提案。第 2 部分要求学生整合代谢途径工程的基本概念,以最大限度地提高代谢物的产量和产量。学生还必须讨论如何结合遗传电路设计方面,使这种工程代谢途径可由小分子药物控制,从而调节代谢物的产生。与期中报告类似,学生可以在课程的后半段逐步涵盖主题,从而完成期末报告。期末报告将于 4 月 22 日截止,即所有必要的课堂主题讲完三周后。课堂参与(占期末成绩的 10%):学生将根据课堂出勤情况进行评分。此外,还将根据他们在讨论期间回答问题、提问和发表评论的参与程度进行评分。
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