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杂交问题要求将一组冲突的系统发育树调和为具有最小数量的网状节点的单个系统发育网络。此问题在计算上是硬性的,以前的解决方案仅限于小和/或严格受限的数据集,例如,一组具有相同分类单元集的二进制树,或者只有两个具有非平等分类单元集的非二进制树。在我们以前在二元树上的工作中构建了fhynch,这是第一个算法框架,可以启发解决杂交问题的大型多型树木的杂交问题。我们的启发式方法结合了樱桃采摘技术,该技术最近提议解决二进制树的相同问题,以及两个精心设计的机器学习模型。我们证明我们的方法是实用的,并且通过对合成和真实数据集的实验产生了定性的良好性能。

分子系统发育和进化

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