供体选择是FMT中非常关键的一步。尽管来自FDA的基于证据的指南含糊不清,但通常通过进行初步访谈来评估捐助者的危险因素,临床检查,粪便检查,以检测艰难梭菌,沙门氏菌,志贺氏菌,志甲基,shigella,Campylobacter,Escherichia coli,Giari,Giardia和Helminths和Helminths。还进行了血液学筛查,以检测巨细胞病毒,Ebstein Barr病毒和乙型肝炎A,B和C。完全的血液计数,C反应蛋白,肝功能测试和肾功能测试。一般排除标准包括传染病风险因素,慢性疾病,近期抗生素使用,新出现的胃肠道症状,最近摄入有害物质以及无法经常捐款,孕妇,哺乳母亲和吸烟者[14,15,18]。自体FMT(已加工和重新引入自态微生物)也有效地恢复肠道微生物群[19]。