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此类将向新手介绍基本的UNIX命令,以便在生物信息学中入门。Unix是Windows和MacOS之类的操作系统。但是,在UNIX中,用户通过发出命令而不是通过点击接口来与计算机进行交互。使用UNIX的能力很重要,因为许多生物信息学软件都被编写为在UNIX和UNIX型操作系统上工作。例如,请参阅Bioconda(https://bioconda.github.io/#)存储库中可用的软件列表。此外,生物信息学经常处理大型且复杂的数据集,例如源自下一代测序(NGS)的数据集,这些数据集太麻烦了,无法在具有有限的计算能力的个人计算机上分析。因此,生物信息学通常是在高性能计算系统上执行的,例如NIH的biowulf(https://hpc.nih.gov/systems/)。Biowulf在Linux(一个类似Unix的操作系统)上运行,并安装了大约1000个科学应用程序。Biowulf员工维护和更新系统以及已安装的软件。

初学者的unix命令

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