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可以将微观结肠炎的发生率与几个欧洲国家的IBD（溃疡性结肠炎和克罗恩病）的发生率进行比较。丹麦病理学登记册在2001年至2016年之间对丹麦的患者进行了全国范围的研究。在1980年至2013年期间，克罗恩病的发病率从5.2升至每10万居民，而溃疡性结肠炎的发生率从10.7升至18.6（Lophaven等人（Lophaven等）2017）。相比之下，丹麦的显着性结肠炎的总体发病率从2001年的每100,000人的2.3例增加到2016年的每10万人的24.3例。2011年，观察到的微型结肠炎的最高发生率为每100,000人32.3人（Weimers等人。2020）。
微观结肠炎 - 胶原性结肠炎和淋巴细胞炎
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