初级治疗后的水不适合饮酒，必须接受进一步的治疗。这是通过二级或生物治疗完成的。一种常用的方法是允许被污染的水散布在一块大床上的石头和砾石上，以便鼓励需要营养和氧气的不同微生物的生长。在一段时间内建立了快速移动的食物链。例如，细菌从污染的水中消耗有机物；原生动物活在细菌上。此过程涉及以下步骤：