局部重复是在小区域内发生的对称元素的出现(以100 bp为单位)。所有四种局部重复都可以参与特殊的DNA结构的形成 - 最著名的是十字形,可以通过倒重复序列形成。镜面重复序列可以形成非常不同的结构:分子内三链DNA,也称为triplex DNA和H-DNA [8]。加上三链部分,Triplex DNA还由一个单链部分组成,可以与另一个DNA混合;这被认为是同性重组的可能机制[21]。也存在与直接重复序列相关的特殊DNA结构,并且也存在重复的重复。直接重复可以形成所谓的滑动链DNA(S-DNA),这可能会导致框架移动muta-