软件成本估计(SCE)是构建网络物理 - 社会系统(CPSS)的研究重点和挑战之一。在CPSS中,要准确处理环境和社会信息并使用它来指导社会实践。因此,在回应SCE的预测准确性低,鲁棒性和可解释性差的问题时,本文提出了基于自动编码器和随机森林的SCE模型。首先,预处理项目数据,删除异常值,然后构建回归树以在数据中缺少属性中填充。第二,构建一个自动编码器,以降低影响软件成本的因素的维度。随后,使用三个数据集上的XGBoost框架(Cocomo81,Albrecht和Desharnais)对模型的性能进行了训练和验证,并与常见的成本预测模型进行了比较。实验结果表明,COCOMO81数据集上提出的模型的MMRE,MDMRE和PRED(0.25)值分别达到0.21、0.16和0.71。与其他模型相比,所提出的模型在准确性和鲁棒性方面取得了重大改进。