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摘要 人畜共患病占新发传染病的 60%，其中 70% 来自野生动物。蝙蝠是许多传染源的宿主，特别是导致人类人畜共患病的病毒，如埃博拉病毒、尼帕病毒或亨德拉病毒。在过去的二十年中，源自蝙蝠的新病毒在人类和动物种群中出现，对公众和兽医健康以及经济产生了重大影响。严重急性呼吸综合征 (SARS)、中东呼吸综合征 (MERS) 和急性猪腹泻综合征 (SADS) 等冠状病毒 (CoV) 的情况尤其如此，它们导致数千人死亡以及大量死亡。养猪场的死亡率。尽管大量研究已在全球范围内发现了蝙蝠冠状病毒，但目前对热带岛屿生态系统中冠状病毒出现的多样性和风险的了解仍有待准确评估。本论文的目的是研究蝙蝠种群中冠状病毒的生态和进化。最初，我们对宿主接触 x CoV 的程度以及这些病毒在西印度洋岛屿的系统发育地理学背景下的进化历史感兴趣。基于对 1088 个样本的分子生物学分析，这项研究首次强调了 εayotte、εozambique、留尼汪岛和马达加斯加的食虫蝙蝠中存在 CoV。蝙蝠感染冠状病毒的总体患病率为 8.0% ± 1.2%，非洲大陆和岛屿之间以及蝙蝠科之间也存在显着差异。我们发现了 α-CoV 和 β-CoV 的巨大遗传多样性，其中一些在系统发育上与人类 CoV 接近（例如HCoV-NL63、HCoV-229E、MERS-CoV）。最后，这些 CoV 在系统发育上由蝙蝠家族构成，支持西印度洋蝙蝠与其 CoV 之间共同进化的悠久历史。然后，我们对留尼旺岛特有物种小莫洛瑟尔 (Mormopterus francoismoutoui) 产妇群体中 CoV 感染的动态进行了纵向研究。基于对环境样本（粪便和鸟粪）中病毒基因组的检测，我们探讨了连续两年内人口结构对感染动态的影响。结果显示，蝙蝠感染率在季节变化中存在非常明显的变化，存在两个感染高峰：在产房洞穴定殖期间（与宿主密度增加有关），以及大约一个月分娩后（与新生儿免疫力丧失有关）。所有这些工作表明，西印度洋蝙蝠体内冠状病毒的进化主要是由于宿主与其病毒之间的共同进化，尽管岛屿环境也可能导致蝙蝠家族内岛屿内的物种形成。在种群水平上影响感染动态的生态和生物因素的识别突出表明，冠状病毒传播给其他宿主的风险因每个岛屿上现有的蝙蝠群落而异，也取决于宿主种群的结构和它的时间变化。
留尼汪大学论文
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