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World File Search System扩增子
缺水会影响植物根际的微生物间的微生物连接
由于人为气候变化，干旱的频率和严重程度正在增加，并且已经限制了世界许多地区的农作物系统生产力。在植物微生物组中，很少有微生物基团有可能有助于其在包括水的非生物压力事件下其宿主的锻炼和生产力。但是，考虑到多个共存的生物群体，微生物群落是复杂而综合的工作，以更好地了解整个微生物组如何对环境压力的反应。我们假设水应力将在玉米和甜菜的橄榄球中降低细菌，真菌和protistan微生物组组成以及王国间微生物相互作用的影响。，我们使用扩增子测序来对玉米和甜菜根刺激群中的细菌，真菌和protistan群落进行生长，并在炎症下生长并定义水。水定义
在Witloof（cichorium intybusvar。Floiosum）中建立CRISPR/CAS9基因组编辑
cichorium intybus var。叶子（witloof）是一种经济上重要的作物，由于许多专门的代谢产物，例如多酚和萜类化合物，其营养价值很高。然而，Witloof植物富含倍半萜烯内酯（SL），这对于植物防御很重要，但也具有苦味的味道，从而限制了工业应用。SL生物合成途径中的特定基因灭活可能会导致SL代谢物含量的变化，并导致苦味改变。在这项研究中，从witloof实施了CRISPR/CAS9基因组编辑工作流量，从聚乙烯乙二醇（PEG）介导的原生质体转染开始，用于CRISPR/CAS9载体递送，然后进行全植物再生和突变分析。原生质体转染效率范围为20％至26％。将靶向植物去饱和酶（CIPDS）基因的第一个外显子的CRISPR/CAS9载体转染到witloof protoplasts中，并导致了CIPDS敲除，从而在23％的再生植物中引起了白化表型。进一步实施我们的方案，SL生物合成途径基因生物氨基烯A合酶（GES），生殖A氧化酶（GAO）和Costunolide合酶（COS）在独立实验中靶向。在基因组靶点基因座的高度多重（Hiplex）扩增子测序中揭示了用CIRSPR/CAS9载体靶向CIGA，CIGAO和CICOS转染的再生植物中的植物突变频率为27.3、42.7和98.3％。这些结果证明了基于转染和witloof protoplasts的再生和随后的Hiplex扩增子测序的基因组编辑的直接工作流。我们观察到整个基因座的不同突变光谱，范围从独立的突变线跨CICOS中的相同 + 1个核苷酸插入到跨独立突变线的CIGAO中的20种突变类型的复杂集。我们的CRISPR/CAS9工作流可以使基因功能研究和更快地纳入精英Witloof系列中，从而促进了Witloof的新型工业应用的发展。
Quick-Its™加上NGS图书馆预备套件（UDI）
7。样品冷却至4°C后，停止程序。在板旋转器中离心板，以在井中收集冷凝器，然后将板放在冰上。继续进行第2节，或在≤-20°C下存放板以供以后使用。如果没有板振动器，则可以将1个PCR反应混合在一起。2建议实时热环体，因为它可以启用所有井的库库，如附录A所示。如果不需要定量，则可以使用非定量系统。3如果未使用实时PCR，放大后进行了几个样品以及阳性对照的PCR清理。对Tapestation®进行分析以确认正确的扩增子大小（〜606 bp）。4 PCR程序用于42个周期，因此从阴性对照中看到一些扩增是正常的。负面对照应与其他样品一起测序。如果适合您的项目，则可以从分析中减去负面控制的分类单元。
在（混杂）人类微生物组研究中识别差异丰富的分类单元的现实基准
结果在这里我们开发了一个模拟框架，该框架将校准信号植入实际的分类学概况，包括模仿混杂因素的信号。使用几个全元素组和16S rRNA基因扩增子数据集，我们验证我们的模拟数据与疾病关联研究的真实数据相比，其程度要比以前的基准更大。使用广泛的参数化模拟，我们基准了18种DA方法的性能，并进一步评估了混杂模拟的最佳方法。只有线性模型，Limma，Fastancom和Wilcoxon测试以相对较高的灵敏度正确控制虚假发现。在考虑混杂因素时，这些问题会加剧，但是我们发现事后调整可以有效地减轻它们。在大型心脏代谢性疾病数据集中，我们展示了未能说明诸如药物等协变量的情况，这会导致现实世界中的虚假关联。
数字液滴 PCR 和 IDAA 用于检测疟疾物种斯氏按蚊中的 CRISPR 插入/缺失编辑
摘要 CRISPR/Cas9 技术是设计基因驱动系统以控制和/或改变蚊媒种群的有力工具；然而，CRISPR/Cas9 介导的非同源末端连接突变可能对产生抗驱动的等位基因产生重要影响，从而对驱动效率产生重要影响。我们展示并比较了两种技术在疟疾媒介蚊子斯氏按蚊中的插入或缺失 (indel) 检测能力：扩增子分析插入缺失检测 (IDAA™) 和液滴数字™ PCR (ddPCR™)。这两种技术在含有不同比例和不同大小的插入缺失的蚊子样本中都显示出插入缺失频率的准确性和可重复性。此外，这些技术具有优势，使它们可能更适合在基因驱动蚊子的笼养试验和封闭式现场测试中进行高通量非同源末端连接分析。
益生菌治疗引起性别特异性神经保护...
使用NF核心工作流程的NF核/Ampliseq版本2.8.0进行了使用，利用Bioconda和Biocontainers项目的可重复的软件环境[35-38]。使用FASTQC（版本0.12.1）评估数据质量，并用MultiQC（版本1.18）进行汇总[39]。序列，以消除Phix污染，修剪读数（以275 bp为单位读取和265 bp的反向读数；丢弃的读数短于265 bp），以> 2的预期错误，以更短的读数，以纠正错误，以纠正poirors real paie paik＆remoge paik＆remoge paike＆删除paike＆remaas chimeras chimeras chimeras chimeras。最终，在所有样品中获得了3880个扩增子测序变体（ASV）[40]。保留了每个样品读数的29.81％和44.06％（平均36.8％）。ASV计数表包含
实时定量PCR优化指南
荧光PCR检测化学物质可以在很大程度上分为两类：基于染料和核酸探针探针的测定。基于染料的检测依赖于DNA结合染料，该染料比在溶液中（例如SYBR®Green，Evagreen®和Syto™染料）中未结合时更强烈地荧光染料。基于染料的检测仅需要在PCR主混合物中添加底漆，因此可以具有成本效益，并且相对简单设计。然而，互化染料将检测反应中产生的任何dsDNA，例如脱靶和非板块放大或引物二聚体，可能导致不准确的定量。变性（熔体）分析可以在PCR之后进行，以区分目标和非构成产品或用于基因型分析。基于染料的PCR不能多重用于定量检测，因为在PCR循环过程中无法区分不同的扩增子。
一个快速高效地设计多编辑工程的平台...
图 1：(A) Notch 的多重基因编辑平台使用属于 2 类 VA 型 CRISPR-Cas 家族的 MAD7 核酸酶，该核酸酶可识别富含胸腺嘧啶的 PAM ′YTTV′ 并产生双链交错断裂。(B) Notch 的符合 GMP 标准的 iPSC 系使用专有编辑协议针对临床相关基因进行批量编辑效率。我们的高通量 gRNA 筛选工作流程结合了通过 Synthego 的 CRISPR 编辑干扰 (ICE) 工具进行的可行性评估和插入缺失检测，然后通过靶向扩增子测序进行深入分析（左）。原代 T 细胞中敲除的表型验证（右）（C）与其他多重方法相比，我们的多重编辑方法实现了显着更高的编辑效率（左图）和显着降低的靶向易位率（中图）
crispr-finder-a-High-Throughtup and-ost-sost效率 - 方法...
使用CRISPR/CAS（群集的定期间隔短的plindromic重复序列/CRISPR相关蛋白）进行基因组编辑系统允许使用CAS核酸酶和人工指导RNA诱变基因组的靶向区域。由于出现这种突变的效率可变，并且由于修复过程会产生一系列突变，因此需要确定许多经历诱变的个体的靶向基因座的基因组序列。，我们为生成扩增子提供完整的方案，直到识别目标区域的确切突变为止。crispr-发现可以用来在一次测序中处理数千个人。我们成功地识别了一系列合酶1突变型线，其中与野生型相比，水杨酸的产生受损。TESE特征将CRISPR-FIDER建立为一种使用CRISPR/CAS9系统对基因组的个体的高通量，成本效率和有效的基因分型方法。
加速 CRISPR-Cas 优化
CRISPR-Cas 基因编辑的成功在很大程度上依赖于 gRNA 设计的效率和 gRNA-Cas 复合物与目标 DNA 序列的结合亲和力。我们的一位客户在为其应用选择最佳 gRNA 设计时面临挑战。初始 gRNA 候选物是使用计算机工具设计的，尽管被设计为针对相同的基因组区域，但表现出不一致的结合和编辑效率。为了解决这个问题，我们使用了 CRISPR Analytics 平台的 DNA 结合检测来评估与 Cas9 复合的几种 gRNA 候选物与目标 DNA 扩增子的结合亲和力。该检测包括阳性对照 gRNA 和混乱的阴性对照以供比较。结果显示，gRNA 候选物之间的目标 DNA 结合亲和力存在显著差异，其中两种 gRNA（5 和 6）表现出优于其他 gRNA 的结合（图 1）。