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CRISPR-Cas 基因编辑的成功在很大程度上依赖于 gRNA 设计的效率和 gRNA-Cas 复合物与目标 DNA 序列的结合亲和力。我们的一位客户在为其应用选择最佳 gRNA 设计时面临挑战。初始 gRNA 候选物是使用计算机工具设计的,尽管被设计为针对相同的基因组区域,但表现出不一致的结合和编辑效率。为了解决这个问题,我们使用了 CRISPR Analytics 平台的 DNA 结合检测来评估与 Cas9 复合的几种 gRNA 候选物与目标 DNA 扩增子的结合亲和力。该检测包括阳性对照 gRNA 和混乱的阴性对照以供比较。结果显示,gRNA 候选物之间的目标 DNA 结合亲和力存在显著差异,其中两种 gRNA(5 和 6)表现出优于其他 gRNA 的结合(图 1)。

加速 CRISPR-Cas 优化

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