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World File Search System解旋酶
DNAA复合物的协同作用，具有DNA-Undine序列的复制和侧翼复制起源ORIC促进DNAB Helicase Poading 牙周病原体诱导的肠道营养不良对同种异性皮肤移植模型中移植免疫的影响 使用相变材料（PCM）的光伏面板集成：评论 COVID-19期间能量转化的挑战和机遇 对不同建筑类型的基于深入学习的深入学习能源管理的系统审查 在亚洲国家的Covid-19的疫苗接受和付费意愿：假设评估调查 油和石油产品的土壤和水净化生物产品 Thermotoga Maritima Oric涉及具有独特模块的DNA放松元件，并且具有新颖方向结合模式的DNAA-Oligomerized区域 通过多元回归分析方法（MRAA）实施供应链管理过程中的机器学习过程 一项关于水库计算及其跨学科应用的调查以外的传统机器学习 基于网络攻击检测的过滤方法的特征选择技术的调查
放松复制起源和DNA解旋酶的负载是染色体复制的启动。在大肠杆菌中，最小起源oric包含一个双链放松元素（欠款）区域和结合起始蛋白DNAA的三个（左，中和右）区域。左/右区域带有一组DNAA结合序列，构成了左/右DNAA子复合物，而中间区域具有一个单个DNAA结合位点，该位点刺激了左/右DNAA亚复合物的锻炼。此外，群集元素（tattaaaaagaa）位于最小oric区域外。左DNAA子复合物促进了由于暴露TT [A/G] T（T）序列的放松，然后结合到左DNAA亚复合物，稳定DNAB Helicase载荷所需的未能状态。然而，右DNAA亚复合物的作用在很大程度上不清楚。在这里，我们表明，左/右DNAA子复合物的应有的放松，而不是仅由左DNAA子复合物，这是由应有的末端次区域刺激的。一致地，我们发现了右DNAA子复合物 - 绑定的单链应育成区域和群集区域。此外，左/右DNAA子复合物独立地结合了DNAB解旋酶。仅对于左DNAA子复合物，我们表明该群集对于DNAB加载至关重要。体内数据进一步支持了右DNAA子复合物的Unwound DNA结合的作用。综上所述，我们提出了一个模型，其中右DNAA子复杂与UNWOUND应变动态相互作用，有助于适当的放松和有效的DNAB解旋酶负载，而在没有Right-DNAA子复杂性的情况下，在这些过程中没有在这些过程中进行群集的辅助，以支持重复的鲁棒性。
经理Tomáš Liďák 教育 出版物 资助 会议
利达克，T.；巴洛霍娃，N.；科里内克，V.；塞德拉切克，R.； Balounova，J.；卡斯帕雷克，P.； Cermak，L. CRL4-DCAF12 泛素连接酶在精子发生和 T 细胞活化过程中控制 MOV10 RNA 解旋酶。诠释。 J。莫尔。科学2021，22，5394，doi：10.3390/ijms22105394。 *
2025.01.29.634372.full.pdf
通过解旋酶RECQL5 ALFREDO JOSE FLOREZ ARIZA 1,2， *，NICHOLAS Z. LUE 1， *，PATRICIA GROB 1,3，BENJAMIN KAESER 4，BENJAMIN KAESER 4，JIE FANG 3，JIE A. KASSUBE 2,5,5,5,5,5,4;定量生物科学（QB3），加利福尼亚大学，伯克利分校，伯克利，加利福尼亚州，美国2生物物理学研究生集团，加利福尼亚大学，伯克利分校，加利福尼亚州伯克利，加利福尼亚州，美国3霍华德·休斯医学研究所，加利福尼亚大学，加利福尼亚大学，伯克利大学，伯克利大学，伯克利，加利福尼亚州伯克利，加利福尼亚州，美国4个分子和伯克利亚伯克里尔，伯克利亚，加利福尼亚州。 Department of Biochemistry, Universität Zürich, Zurich, CH 6 Molecular Biophysics and Integrated Bioimaging Division, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, CA, USA * These authors contributed equally: Alfredo Jose Florez Ariza & Nicholas Z. Lue # Correspondence to enogales@lbl.gov Abstract Transcription and its regulation pose a major challenge for genome 稳定。已提出了解旋酶RECQL5作为帮助保护基因组的重要因素，并且是人类RECQ解旋酶家族的唯一成员，直接与RNA聚合酶II（POL II）直接结合并影响其进展。RECQL5减轻细胞中的转录应力和基因组不稳定性，但这种现象的分子机制尚不清楚。在这里，我们采用冷冻电子显微镜（冷冻EM）来确定与RECQL5结合的停滞pol II伸长复合物（EC）的结构。我们的结构揭示了分子相互作用稳定RECQL5与Pol II EC结合，并突出了其作为转录障碍的作用。此外，我们发现RECQL5可以调节POL II易位状态。在其无核苷酸状态下，RECQL5机械地扭曲了EC中的下游DNA，并且在核苷酸结合下，它经历了构象变化，从而使POL II诱导POL II朝向转移后状态。我们提出这种机制可能有助于重新启动pol II伸长率，因此有助于减少转录应力。
癌症中的 DNA 缺失及其可能的治疗用途
图 1 RBSD（针对缺失的复制阻滞）的概念。（A）复制解旋酶、复制叉和复制体，后者是含有至少 50 种动态相关蛋白质的复合体，可介导 DNA 复制和相关过程。图中仅显示 DNA 解旋酶。在真核生物中，主要的复制解旋酶从 3′ 转移到 5′。另一种复制酶从 5′ 转移到 3′。冈崎 DNA 片段的合成方向用虚线箭头表示。序列特异性复制阻滞（参见正文）用红色星号表示。（B）在 RBSD 中，两个序列特异性复制阻滞分别位于癌细胞特有的两个缺失位点，位于两个汇聚的复制叉前方。如图 2A 和正文所述，由于两个纯合 DNA 缺失，存在用于结合两个障碍的癌症特异性 DNA 位点，这两个纯合 DNA 缺失仅限于癌细胞，并被选为放置障碍的位置。在早期阶段，如图 (B) 所示，两个相邻复制子中的两个复制起点启动四个复制叉的移动，其中两个开始接近两个序列特异性的障碍。 (C) 两个汇聚的复制叉（图中的四个）与两个障碍相撞的阶段。 (D) 四个复制叉中的两个继续移动，复制 DNA，而其他两个复制叉被两个障碍阻止，导致路障之间出现一段未复制的亲本 DNA（蓝色）。 (E) 如果一段未复制的亲本 DNA 持续存在直到有丝分裂期间，则会导致染色体不分离。后者会导致非整倍性或细胞死亡，具体取决于细胞类型和其他条件。如正文所述，RBSD 可以通过在几条不同的染色体上放置序列特异性、癌症限制的复制障碍对来扩展。这些染色体在癌细胞中同时不分离会进一步增加 RBSD 的癌症特异性毒性。复制体用绿色椭圆表示。箭头对表示叉运动的方向。单链亲本和子代 DNA 分别用黑色和橙色表示。未复制的亲本 DNA 用蓝色表示。
使用核酸探针鉴定微生物
核酸杂交技术，包括聚合酶链反应（PCR），连接酶或解旋酶依赖性扩增以及转录介导的扩增，是由于高特异性和灵敏度而引起的血液培养和其他临床标本中病原体检测的有益工具（Khan，2014）。在临床实验室环境中使用基于核酸的方法检测细菌病原体，其特异性，敏感性，时间的降低和高吞吐能力，提供了“对传统微生物技术的敏感性和特异性”；但是，“污染潜力，缺乏标准化或某些测定法的验证，结果的复杂解释以及成本增加是这些测试的可能局限性”（Mothershed＆Whitney，2006年）。
使用核酸探针鉴定微生物
核酸杂交技术，包括聚合酶链反应（PCR），连接酶或解旋酶依赖性扩增以及转录介导的扩增，是由于高特异性和灵敏度引起的血液培养和其他临床标本的病原体检测的有益工具（Khan，2014）。在临床实验室环境中使用基于核酸的方法检测细菌病原体，其特异性，敏感性，时间的降低和高通量能力，提供了“对传统微生物技术的敏感性和特异性”；但是，“污染潜力，缺乏标准化或某些测定法的验证，结果的复杂解释以及成本增加是这些测试的可能局限性”（Mothershed＆Whitney，2006年）。
N-乙酰转移酶10的功能表征（...
167 168图1。L.（L。）墨西哥具有保存良好的NAT10同源物。A.在人类，墨西哥L.和S. cerevisiae中分布169个Nat10域。所有三个物种共享Nat10酶功能的170个必需域：TMCA，解旋酶，GNAT和TRNA。每个域上方的数字171表示每个域内氨基酸的起点和末端位置。172不同利什曼原虫物种和酿酒酵母之间Nat10的序列身份约为173，约为36％，而L.（L。）墨西哥和人类Nat10之间的身份为39.4％。174 L.（L。）墨西哥的GNAT结构域分别显示为43.86％和46.43％的序列身份，分别与175个酿酒酵母和人类中的175个相应域。B.预测了L.（L。）墨西哥，酿酒酵母的176 Nat10蛋白的3D结构，以及人类突出了GNAT（蓝色），177个TRNA结合（红色），TMCA（紫色）和解旋酶（绿色）（绿色）领域，表明L.（L.）178墨西哥蛋白质具有高度的水平。179 C. GNAT结构域的结构覆盖层显示了三种蛋白质中的高度结构保护180，进一步说明了该关键功能域中的相似性。181 182
DNA解旋酶FANCJ（BRIP1）在双链破裂修复过程中的功能，但在雄性小鼠的减数分裂预言I期间不形成跨界
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年10月8日。 https://doi.org/10.1101/2023.10.06.561296 doi：Biorxiv Preprint
G4分解DHX36具有预后的意义，并通过非小细胞肺癌的多种因果法规发挥肿瘤抑制功能
肺癌是全球男女最普遍的癌症之一。核酸G4结构已与某些癌症（例如肺癌）的癌症相关基因的转录程序有关。然而，主要的G4分解DHX36在肺癌进展中的作用尚不清楚。在这项研究中，通过对公共数据集的生物信息学分析（TCGA和GEO），我们发现DHX36是具有亚型依赖性的非小细胞肺癌（NSCLC）的独立预后指标。DHX36的稳定慢病毒敲低导致肺癌细胞中S期亚群的加速迁移和聚集。DHX36水平的降低消除了肺癌细胞对化学治疗药物（如紫杉醇和细胞依赖性）的增殖反应。该解旋酶的敲低导致肿瘤生长，这是由3D荧光球体肺癌模型所证明的，并且刺激细胞集落形成，如单细胞培养所示。高吞吐量蛋白质组学阵列表明，DHX36通过调节多种信号传导途径在肺癌细胞中的功能，包括蛋白质活性的激活，蛋白质自体磷酸化，FC受体信号信号通路，对肽激素激活的蛋白质激活蛋白蛋白激酶信号助理的反应。因果转录组分析表明，DHX36与mRNA监视，RNA降解，DNA复制和MYC靶标显着相关。因此，我们公布DHX36提出了临床意义，并在肺癌的肿瘤抑制中起作用，并提出了基于解旋酶特异性靶标的抗癌治疗的潜在新概念。
DNA极性对其电子激发态放松的影响
1。Alberts，b。约翰逊（Johnson）刘易斯（J。）；拉夫（M。）罗伯茨，K。 Walter，P。DNA的结构和功能。 在细胞的分子生物学中，第四版。 ;加兰科学：纽约，2002年。 2。 Hazel，P。; Huppert，J。； Balasubramanian，S。； Neidle，S。循环长度依赖性g-四链体的折叠。 J. am。 化学。 Soc。 2004，126，16405-16415。 3。 Bansal，A。; Prasad，M。；罗伊（Roy） Kukreti，S。人类甘露糖受体基因编码区的短含GC的短壁画显示出构象开关。 生物聚合物2012，97，950-962。 4。 sket，p。; Korbar，T。； Plavec，J。 D（TGGGGT）内极性位点反转的3'-3'反转对四重奏间阳离子结合的影响。 J. Mol。 结构。 2014，1075，49-52。 5。 Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Alberts，b。约翰逊（Johnson）刘易斯（J。）；拉夫（M。）罗伯茨，K。 Walter，P。DNA的结构和功能。在细胞的分子生物学中，第四版。;加兰科学：纽约，2002年。2。Hazel，P。; Huppert，J。； Balasubramanian，S。； Neidle，S。循环长度依赖性g-四链体的折叠。J.am。化学。Soc。2004，126，16405-16415。 3。 Bansal，A。; Prasad，M。；罗伊（Roy） Kukreti，S。人类甘露糖受体基因编码区的短含GC的短壁画显示出构象开关。 生物聚合物2012，97，950-962。 4。 sket，p。; Korbar，T。； Plavec，J。 D（TGGGGT）内极性位点反转的3'-3'反转对四重奏间阳离子结合的影响。 J. Mol。 结构。 2014，1075，49-52。 5。 Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。2004，126，16405-16415。3。Bansal，A。; Prasad，M。；罗伊（Roy） Kukreti，S。人类甘露糖受体基因编码区的短含GC的短壁画显示出构象开关。生物聚合物2012，97，950-962。4。sket，p。; Korbar，T。； Plavec，J。D（TGGGGT）内极性位点反转的3'-3'反转对四重奏间阳离子结合的影响。J. Mol。 结构。 2014，1075，49-52。 5。 Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。J. Mol。结构。2014，1075，49-52。5。Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。 proc。 natl。 Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Gupta，R。C。; Golub，E。I。; Wold，M。S。; Radding，C。M.由RECA家族的重组蛋白促进的DNA链交换的极性。proc。natl。Acad.Sci。 U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Acad.Sci。U.S.A. 1998，95，9843-9848。 6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。U.S.A. 1998，95，9843-9848。6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。 基因开发。 1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。6。DeLaat，W。L。; Appeldoorn，E。; Sugasawa，K。； n。 Jaspers，N。G. J.; Hoeijmakers，J。H. J. J.人类复制蛋白A的DNA结合极性在核苷酸切除修复中核酸酶位置。基因开发。1998，12，2598-2609。 7。 Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。1998，12，2598-2609。7。Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。 PLOS ONE 2012，7。 8。 nucl。Balasingham，S。V。; Zegeye，E。D。; H. Homberset； Rossi，M。L。； Laerdahl，J.K。; Bohr，V。A。; Tonjum，T。结核分枝杆菌DNA解旋酶XPB的酶活性和DNA底物特异性。PLOS ONE 2012，7。8。nucl。lin，Y。H。; Chu，C.C。; Fan，H。F。; Wang，P。Y。； Cox，M。M。; Li，H。W.在没有ATP水解的情况下，5到3链交换极性是RECA核蛋白丝的内在性。ac。res。2019，47，5126-5140。9。saito，i。;高山Sugiyama，H。； Nakatani，K。通过电子传递通过电子传递进行了光诱导的DNA裂解 - 表明位于5'鸟嘌呤的鸟嘌呤残基是最含电子的位点。J.am。化学。Soc。1995，117，6406-6407。