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xgen-cfdna and ffpe-dna-library-fibrary-for for for-sequencect ...
DNA，并使用贴纸确定DIN评分。使用XGEN CFDNA和FFPE DNA库Prep V2 MC Kit从DNA的25 ng输入中制备示例库，并带有UG库放大套件和自定义IDT索引引物等效于XGEN索引引物，以实现Ultima P1。在图1中，挂毯痕迹（安捷伦）显示了从低质量的FFPE样品中生成的PCR放大库。即使在DIN得分低的情况下也产生了质量库，而没有任何适配器二聚体的证据。表2显示了从UG 100序列上的12 XGEN CFDNA和FFPE库中获得的质量测序指标。图书馆的读取与参考基因组有很高的读数，并且在DIN水平不同的样品中的结果一致。数据显示较低的Indel，不匹配和嵌合体速率以及Q20高的Q20，表明在UG 100系统上生成了质量测序读数。表表示三个重复的平均值。
福尔马林固定石蜡的DNA质量评估 -
竖立的福尔马林固定和石蜡包裹的（FFPE）心脏组织来自载体个体是研究死者个体心脏组织的DNA甲基化的重要资源。可能会降低尸检中FFPE组织的DNA质量，从而影响DNA甲基化测量值。因此，估计DNA质量的廉价筛选方法很有价值。研究了使用Illumina Infinium Infinium HD FFPE QC分析（Infinium QC）和Thermo Fisher的Tormo Fisher量化三重量DNA定量试剂盒（分别用探测器量）和Thermo Fisher的量化量（分别概率的DNA限制）（分别概率的DNA甲基化量），研究了（Infinium QC）和Thermo Fisher的量化量（分别对DNA甲基化的量），研究了（Infinium QC）和Thermo Fisher的量化量的DNA心脏组织的DNA质量，并分别进行DNA量化。无甲基化阵列。我们观察到量化剂量降解指数，di和用芝麻分析的可用DNA甲基化数据的量之间存在很高的相关性（r 2 = 0.75; p <10 -11），而观察到较弱的相关性，而Infinium QC和sesame Prome probe dr dr（r 2 = 0.17; p 基于结果，Quantifilertrio di似乎预测了通过线性模型用Illumina Infinium Infinium甲基化阵列和芝麻分析的可用DNA甲基化数据的比例：芝麻探针DR = 0.80 – LOG 10（di）×0.25。基于结果，Quantifilertrio di似乎预测了通过线性模型用Illumina Infinium Infinium甲基化阵列和芝麻分析的可用DNA甲基化数据的比例：芝麻探针DR = 0.80 – LOG 10（di）×0.25。
法医学
•使用QIAAMP DNA FFPE组织试剂盒（Qiagen）进行DNA提取。•使用该套件的建议总DNA输入量（适用10 ng或100 ng）对五个样品进行了四种不同的处理，并进行了相关的模板量为1NG。•WGA使用GenomePlex®完整WGA试剂盒（Sigma-Aldrich），Illinea™Ready-Go™Genomiphi™V3（GE Healthcare Life Sciences），Repli-G FFPE Kit（Qiagen）进行。•根据制造商的协议，使用Infinium HD FFPE还原套件（Illumina）进行DNA修复。插入/删除（Indels）可以从福尔马林损坏（FD）样本中提供最有证明的信息，以实现人类识别（HID）目的。结果表明，FD样品的生产力方法可能是使用大量平行测序（MPS）技术利用Indel面板或SNP标记。
Duoseq的临床实验室绩效特征，A ...
目标2：使用475个基因面板评估了分析性能，该基因面板包括在已知等位基因频率下具有广泛临床重要变体（SNV，INDELS和SVS）的FFPE病例中大量已知基因驱动因素。通过对FFPE细胞系颗粒的稀释研究，我们确定SNV的LOD为≥5％突变等位基因频率（MAF），Indels的MAF≥10％，SVS的肿瘤纯度≥20％（表1）。duoseq在跑步和运算符精确研究中均达到了> 98％的可重复性（数据未显示）。内部和LAB间的可重复性，并在可比等位基因频率下对事件进行了高度可重复的检测（表2中的数据）。 这些结果表明，杜塞克能够在实验室之间进行均匀的肿瘤分析。内部和LAB间的可重复性，并在可比等位基因频率下对事件进行了高度可重复的检测（表2中的数据）。这些结果表明，杜塞克能够在实验室之间进行均匀的肿瘤分析。
Bruker Spatial Biology：NanoString nCounter 技术
在这项 RNA-Seq 研究中，11 个匹配的 FF& FFPE 样本中只有 3 个获得了有用的结果
灵活应用领域测试清单（18）.xlsx
HCO 2.2 ROS1 检测蛋白质表达 检测 ROS 表达 FFPE 载玻片 免疫组织化学染色 Benchmark Ultra /Ultra Plus Ventana Roche / 克隆 D4D6 方案 18 良性、恶性前期和恶性异常 AZ Sint-Jan nvt HCO 2.2 pan-TRK 检测蛋白质表达 检测 pan-TRK 表达 FFPE 载玻片 免疫组织化学染色 Benchmark Ultra /Ultra Plus Ventana Roche/ 克隆 EPR17341 方案 629 良性、恶性前期和恶性异常 AZ Sint-Jan nvt
全面的基因组分析（CGP）套件的演变，以简化工作流并检测同源重组缺陷
•提取优化：用1或3小时的孵育提取16个FFPE样品。使用随附的QPCR评估提取的DNA的浓度和质量。•连接研究：测试了缩短的程序，并针对原始条件分析了关键的测序指标，以减少图书馆的准备工作。•较高的吞吐量研究：合并，测序并与8个样本进行了汇总，测序。•变体灵敏度：用Avenio CGP KIT V2对317 FFPE DNA样品进行测序。变体检测与参考方法F1CDX进行了比较。样品包括由QPCR评估的多种DNA质量。测序是在每个样品读取> 60m的Illumina NextSeq序列上进行的。使用FoundationOneⓡ分析平台进行数据分析。结果
全面的基因组分析而没有妥协
图3。HRR途径研究，具有oncomine综合测定法。（a）42 HRR途径基因覆盖在Comcomine综合测定法中。（b）oncomine综合测定以及样本级别LOH估计值（y轴）与在相同的FFPE样品上的正交测试（X轴），Oncoscan测定法（X轴）相关。测试样品集由来自各种固体组织类型的FFPE样品组成。Pearson相关（R）显示为关联度量。（c）比较HRR途径中21个基因的基因级LOH精度（一致性定义为在Oncoscan分析和Comcomine综合测定Plus中具有LOH的21个基因的比例），在克隆样品中具有89％的平均精度为89％）。内部研发数据。