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组织和液体活检样本中的敏感变异分析
根据 Illumina 无细胞 DNA 富集制备用户指南中的详细说明，从碎片化的 FFPE DNA 或 cfDNA 制备 Illumina 无细胞 DNA 富集制备文库。对于 FFPE DNA，超声处理后，将 45 μl 碎片 DNA（~40 ng）转移到 96 孔 PCR 板中以进行最终修复反应。对于 ctDNA 样本，将 20 ng DNA 输入文库制备中。对“浓缩索引文库”步骤进行了更改，按质量而不是体积进行汇集，以适应在本研究期间测试的单个文库制备中的 1 重、4 重和 12 重文库汇集。使用 Qubit dsDNA BR 检测（Thermo Fisher Scientific，目录号 Q32853）对文库进行量化。为了适应更大的体积，每个文库汇集了 250 ng，并对协议进行了一些修改。富集是使用定制的 79 基因探针面板进行的，如 Illumina 无细胞 DNA 富集准备用户指南中所述。
最大程度地减少数量不足的影响（QN）在接下来...
3。Heeke S，Benzaquen J，Long-Mira E等。 （2019）“使用离子oncomine™TML和FoundationOne™测定法与常规临床FFPE组织样品比较肿瘤突变负担，以预测肺癌和黑色素瘤患者的持久临床益处 - 一种多元分析，将PD-L1和CD8⁺评估整合。” 2019年3月29日至4月3日，佐治亚州亚特兰大，2019年3月29日至4月3日，美国癌症研究年会。 https://cancerres.aacrjournals.org/content/79/13_supplement/4889Heeke S，Benzaquen J，Long-Mira E等。（2019）“使用离子oncomine™TML和FoundationOne™测定法与常规临床FFPE组织样品比较肿瘤突变负担，以预测肺癌和黑色素瘤患者的持久临床益处 - 一种多元分析，将PD-L1和CD8⁺评估整合。” 2019年3月29日至4月3日，佐治亚州亚特兰大，2019年3月29日至4月3日，美国癌症研究年会。 https://cancerres.aacrjournals.org/content/79/13_supplement/4889
UCLA基因组学技术中心和生物信息学中心
库构造：批量测序：rnaseq rnaseq用rRNA耗竭☐miRNaseq☐chipseq☐chipseq physeq（wgbs）☐甲基甲基（RRBS）☐人wes☐人wes☐小鼠wes☐小鼠wes☐小鼠☐ tcr tcr☐bcr☐fb☐ATAC☐多组件（3'GEX+ATAC）☐ffpe/固定/固定☐bd Rhapsody☐ HD：☐人类全转录分析（WTA）☐小鼠全转录分析（WTA）10x Xenium：☐新鲜的10x Xenium ffpe 10x 10x xenium（用户需要提供面板。): Please specify: ________________________ GeoMx DSP: ☐ Dry Run ☐ hWTA ☐ mWTA ☐ hCTA ☐ Protein Panel (Specify):____ ☐ Other (please specify): ____ CosMx SMI: ☐ Human Universal Panel (1000 genes) ☐ Human Immuno-Oncology (100 genes) ☐ Mouse Neuro Panel (1000 genes) ☐ Human免疫肿瘤蛋白面板（64个蛋白质）☐其他（请指定）：____ stereoseq：stereoseq（1 cm x 1 cm）如果您需要定制的细胞染色抗体，请指定染色的名称和稀释因子：
固定和石蜡包埋的新鲜脑组织染色......
术中组织学对于手术指导和决策至关重要。然而，冷冻切片苏木精和伊红 (H&E) 染色的准确性较低，而金标准福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) H&E 染色时间过长，不适合术中使用。受激拉曼散射 (SRS) 显微镜已显示出具有脂质/蛋白质对比的脑组织学快速组织学，但很难产生与病理学家可解释的基于核酸/蛋白质的 FFPE 染色相同的图像。在这里，我们报告了一种半监督受激拉曼 CycleGAN 模型的开发，该模型使用未配对的训练数据将新鲜组织 SRS 图像转换为 H&E 染色。在 3 分钟内，可以生成与真实 H&E 完美匹配的受激拉曼虚拟组织学 (SRVH) 结果。盲检结果表明，经认证的神经病理学家能够在 SRVH 上区分人类神经胶质瘤的组织学亚型，但在常规 SRS 图像上却很难区分。SRVH 可提供比冷冻 H&E 更好的术中诊断，速度和准确性都更高，可扩展至其他类型的实体肿瘤。
Magmax无细胞DNA隔离试剂盒 无菌证书 Genejet FFPE DNA纯化试剂盒 magmax DNA多样本Ultra 2.0套件
工作流程。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。20制备无细胞样品。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。20选项1：裂解样品（使用PK），然后将CFDNA绑定到珠子上。。。。。。。。21选项2：裂解样品（无PK），然后将CFDNA绑定到珠子上。。。。。。。22用洗涤溶液洗涤。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。22用80％乙醇洗涤两次。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>23洗脱cfDNA。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>。 div>23 div>
NEXTFLEX® 快速 DNA 测序试剂盒 2.0 (1 ng
NEXTFLEX® Rapid DNA-Seq Kit 2.0 专为约 3 小时构建 DNA 文库而设计，包含 1 ng – 1 µg 碎片 DNA。此试剂盒不推荐用于 FFPE 样本。该试剂盒可用于使用 Illumina® 和 Element® 平台为单端或双端测序准备多路复用文库。此外，多达 1536 个独特适配器条形码的可用性有助于实现高通量应用。如果执行定量测序应用（如检测低频变异或罕见体细胞突变），请考虑使用我们的 NEXTFLEX® UDI-UMI 条形码。
安全性和有效性数据摘要 (SSED)
FoundationOneCDx (F1CDx) 是专门作为实验室服务进行的，使用从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本中提取的 DNA。该检测采用两种提取方法（DNAx 或 CoExtraction，一种自动化 DNA/RNA 共提取方法）从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 DNA；50-1000 ng DNA 将进行全基因组散弹枪文库构建和基于杂交的捕获，捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、一个启动子区域、一个非编码 (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（有关 F1CDx 中包含的基因的完整列表，请参阅表 2 和表 3）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定文库可测序至高均匀深度（靶向 > 500X 中值覆盖率，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。然后使用定制分析流程处理序列数据，该流程旨在检测所有类型的基因组改变，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数改变（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。表 2 中列出的目标基因之一的重排可与其唯一标识的基因组伴侣一起报告，后者可以是任何基因
授予森林产品的应用程序资源
10倍基因组学的森林平台结合了组织学，蛋白质检测和空间分辨的整个转录组基因表达分析，以在组织环境中定位和量化基因表达。它部分基于空间转录组学方法（1）。visium于2019年进行了商业化，并已用于开创性论文中，证明了其应用的广度，包括癌症（3,4），神经科学（5），免疫学（6）和发育生物学（7）。该测定法已被很好地采用，用于68多个同行审查的出版物和130张预印。当前，森林空间基因表达与任何物种的新鲜冷冻（FF）组织截面兼容。该测定法利用poly（a）捕获和新颖的空间条形码技术来制备图书馆。10x基因组学还为FFPE提供了森林空间基因的表达，它与人和小鼠福尔马林固定石蜡包裹的（FFPE）组织切片兼容。该测定法利用了基因靶探针对的RNA-拟合连接（RTL），以对整个转录组进行高度特异性和敏感的检测。两种分析都利用了相同的分析工具和管道（即太空游侠，Loupe浏览器）的套件来处理和可视化visium数据。此外，研究人员还可以使用10倍基因组学技术专家和组织专家，他们可以通过科学和技术咨询，工作流优化和方法论故障排除提供支持。