要开发新的疗法,临床前动物模型对于分析胶质母细胞瘤(GBM)的生物学至关重要,确定新的治疗靶标并评估新的治疗策略的潜力。虽然多种动物模型用于研究GBM,但绝大多数临床前研究都涉及小鼠。在这项研究中,我们利用了一种空间表型应用,该应用允许在健康和GBM脑组织的微环境中全面表征关键蛋白。我们的工作涵盖了自定义抗体面板的开发,成像工作流以及一种新颖的生物信息学分析方法。根据生物标志物谱和空间分布,该工作流程在FFPE小鼠GBM和正常组织上的部署使我们能够研究不同的细胞群体。
方法:就本研究而言,来自肺,肝,结肠和肾脏的人FFPE活检组织是从单个中心的生物座席中获得的。基因喷气基因组DNA纯化试剂盒(目录#K0722)从Thermo Fisher Scientific和Recocousal kecouseall总核酸分离试剂盒中获得了从生活技术中获得的总核酸分离试剂盒,并分别用于提取DNA和RNA。简要地,修改涉及扩展试剂孵育时间,增加样品体积和洗涤步骤,并增加最终核酸的恢复和浓度步骤。将每个组织样品的8-10μm厚约8-10μm,并用于提取。使用纳米体分光光度计验证了获得的核酸的纯度。
虽然患者可能有特定的诊断,但根据切除组织制备的每个块可能不能代表该诊断。我们的过程在我们历史的整个过程中,确保数据和图像与机器学习相关联并支持机器学习。” Bioivt的收集和相关数据也遵循相关的监管和道德准则,仅通过条形码来识别样品,以确保无偏见的评估和患者的机密性每个样本都有患者的同意或IRB批准的同意书,以在广泛的研究中使用,包括商业产品或服务的开发。盲目的IRB和知情同意文件在购买前向客户提供,以确保所有标本和监管文件都符合其客户的要求。2016年,Bioivt将Aperio数字病理学纳入其组织病理学审查过程。 客户现在能够以良好的质量,速度和可靠性来查看全滑动图像。 “我们还扫描了许多历史案例,因为已为所有采购的标本维护了与每种情况相关的H&E幻灯片和数据,” Miller博士说。 实际上,现在可以在使用其数字门户购买之前预览Bioivt网站上的每个FFPE组织块。 “您可以使用我们的数字门户网站搜索我们的库存或使用我们将亲自选择的专家搜索工程师团队的策划搜索输出2016年,Bioivt将Aperio数字病理学纳入其组织病理学审查过程。客户现在能够以良好的质量,速度和可靠性来查看全滑动图像。“我们还扫描了许多历史案例,因为已为所有采购的标本维护了与每种情况相关的H&E幻灯片和数据,” Miller博士说。实际上,现在可以在使用其数字门户购买之前预览Bioivt网站上的每个FFPE组织块。“您可以使用我们的数字门户网站搜索我们的库存或使用我们将亲自选择
研究人员还可以使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成仅含 DNA 或仅含 RNA 的文库。这是市场上第一款可兼容多种输入样本的 NGS 多模态试剂盒,包括血液、福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样本和无细胞 DNA (cfDNA)。这在转化研究中尤其重要,例如在癌症研究中,可能会有不同类型的样本。该试剂盒灵敏度高,可检测 DNA 和 RNA 稀有变异。使用 QIAseq 多模态 DNA/RNA 文库试剂盒生成的 DNA 和 RNA 文库可直接与不同的测序平台兼容,例如 Illumina 仪器和 Element Aviti,并且可以通过增加转换步骤在其他测序仪上进行测序(Complete Genomics/MGI、Singular Genomics 和 Ultima Genomics)。
缩写:AcCC,腺泡细胞癌;AdCC,腺样囊性癌;EOLP,糜烂性口腔扁平苔藓;F,冰冻;Fe,女性;FFPE,福尔马林固定石蜡包埋;FoM,口底;HNSCC,头颈部鳞状细胞癌;HPV,人乳头瘤病毒;M,男性;MEC,粘液表皮样癌;N,数量;NEOLP,非糜烂性口腔扁平苔藓;NR,未报告;OKC,口腔角化囊肿;OL,口腔白斑;OLP,口腔扁平苔藓;OP,口腔癌前病变;OPSCC,口咽鳞状细胞癌;OSCC,口腔鳞状细胞癌;PA,多形性腺瘤;PBMC,外周血单核细胞;R,范围;rOSCC,复发性口腔鳞状细胞癌; SGT,涎腺肿瘤;WA,沃辛瘤。
FoundationOne®CDx (F1CDx) 是一种基于下一代测序的体外诊断设备,用于检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选定的基因重排,以及基因组特征,包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB),使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA。该测试旨在作为伴随诊断,用于根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外,F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析,供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南针对实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中未列出的基因组学发现并非任何特定治疗产品的标示用途的规定性或决定性发现。
FoundationOne®CDx (F1CDx) 是一种基于下一代测序的体外诊断设备,用于检测 324 个基因中的替换、插入和删除变异 (indel) 和拷贝数变异 (CNA) 以及选定的基因重排,以及基因组特征,包括微卫星不稳定性 (MSI) 和肿瘤突变负担 (TMB),使用从福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤组织标本中分离的 DNA。该测试旨在作为伴随诊断,用于根据批准的治疗产品标签识别可能从表 1 中列出的靶向疗法中受益的患者。此外,F1CDx 旨在提供肿瘤突变分析,供合格的医疗保健专业人员根据肿瘤学专业指南针对实体恶性肿瘤患者使用。表 1 中未列出的基因组学发现并非任何特定治疗产品的标示用途的规定性或决定性发现。
Bioo Scientific的NextFlex®快速DNA-Seq套件允许研究人员在两个小时内从仅1 ng的DNA上构建可在Illumina®测序平台上进行测序的库。此套件非常适合与基因组DNA,FFPE样品,芯片DNA和低输入临床样品一起使用。在样品需求方面,NextFlex快速DNA-Seq试剂盒具有很高的灵活性,可容纳3个库的输入DNA量从1 ng到1 µg。一种基于珠的无凝胶尺寸选择协议消除了尺寸选择中琼脂糖凝胶的需求,最多384个唯一的单个单点适配器条形码可促进高通量应用程序。NextFlex Rapid DNA-Seq套件结合了“增强的衔接连接技术”,该套件有助于长期适配器的连接,从而产生更长,更多样化的测序读数。Bioo Scientific的NextFlex®结扎和聚合酶反应混合物确保了最高质量的库。
图 3 A. 用格列西拉西、JAB-3312 或二者联合处理 SW837 细胞 2 小时后,p-ERK 的蛋白质印迹分析。B. 格列西拉西与 JAB-3312 联合用于携带 KRAS G12C 突变的一组 CDX 和 PDX 模型的体内疗效。JAB-3312:SW837 和 MIA PaCa-2 中为 0.5 mg/kg;CR6243、CR6256 和 LU6405 中为 1 mg/kg。格列西拉西:MIA PaCa-2 中为 3 mg/kg;SW837 中为 10 mg/kg;CR6243、CR6256 和 LU6405 中为 100 mg/kg。联合用药中,JAB-3312 剂量为 0.5 mg/kg,格列西拉西与单药剂量相同。 C. 在 LU6405 异种移植中,绘制了肿瘤生长随治疗时间的变化。D. 在 LU6405 异种移植中,分别通过 IHC 和 qPCR 评估 41 天联合治疗后 FFPE 组织的 p-ERK 水平和 DUSP6 mRNA 表达。E. 显示了代表性 IHC 图像(放大 200 倍)。显示了平均肿瘤体积 ±SEM。
Gleason等级)来自RP标本。构成解密分类器的生物标志物包括细胞周期。prolaris™是一种基于RNA的测定法,测量了31个细胞周期进展(CCP)基因的表达和15个“家政”基因,可作为每个患者样本中内部对照和标准化标准的表达。该测定是对福尔马林固定石蜡填充(FFPE)前列腺癌块进行的。分析结果报告为数值得分以及随附的解释信息。该测试产生风险评分,以帮助预测患有局部前列腺癌男性疾病进展的可能性。ONCOTYPEDX®前列腺癌测定法是前列腺活检的17基因RT-PCR分析,代表四个分子途径(雄激素信号传导,细胞组织,基质反应和增殖),可提供对癌症侵略性的生物学测量。该测定法针对被认为是主动监视的候选者(患有NCCN®非常低风险和低风险前列腺癌)的男性。该测定旨在为AS和立即治疗之间的决定提供信息。II。 标准:CWQI HCS-0225II。标准:CWQI HCS-0225
