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Illumina 文库制备解决方案
Illumina NGS 文库制备产品组合可为 DNA 和 RNA 测序提供高质量、高精度和易用性。方案可满足各种通量需求，从低通量测序研究到大型实验室的全自动文库制备。现有试剂盒支持多种样本类型，从细胞系到新鲜组织、FFPE 样本、血液和其他具有挑战性的样本类型。本手册概述了热门应用，并在 Illumina 网站上提供了其他解决方案和应用。
PMGC样本提交指南批量DNA分析指南
避免最小输入量，以防止连接损害，降低产量和图书馆质量的不一致性和较低的图书馆复杂性。最小样本输入量增加了库的准备失败率。它们还需要更多的PCR周期，导致高百分比重复率和降低的映射率。低样品浓度在准确的定量和归一化方面构成了挑战，尤其是在RNA污染中，这可能会偏向归一化的努力并引入噪声（所有样品的关键点，但对于低输入和低质量样品（如FFPE）尤其如此）。
临床适用微环境分类器作为软组织肉瘤肿瘤缺氧生物标志物的技术开发和验证
背景：软组织肉瘤 (STS) 是罕见的异质性肿瘤，需要生物标志物来指导治疗。我们之前得出了一个预后肿瘤微环境分类器（24 基因缺氧特征）。在这里，我们开发/验证了一种用于临床应用的检测方法。方法：在 28 份前瞻性收集的福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 活检样本中比较了靶向检测 (Taqman 低密度阵列、nanoString) 的技术性能。通过与临床样本中的 HIF- 1 α /CAIX 免疫组织化学 (IHC) 进行比较，对 nanoString 检测进行了生物学验证。曼彻斯特 (n = 165) 和 VORTEX III 期试验 (n = 203) 队列用于临床验证。主要结果是总生存期 (OS)。结果：两种检测均表现出极好的可重复性。 nanoString 检测在体外缺氧条件下检测到 24 个基因特征的上调，而在体内 CAIX 表达高的肿瘤中，16/24 个缺氧基因上调。在曼彻斯特队列（HR 3.05，95% CI 1.54 – 5.19，P = 0.0005）和 VORTEX 队列（HR 2.13，95% CI 1.19 – 3.77，P = 0.009）中，缺氧高肿瘤患者的 OS 较差。在合并队列中，缺氧高肿瘤患者的 OS 独立预后（HR 2.24，95% CI 1.42 – 3.53，P = 0.00096）并与较差的局部无复发生存期相关（HR 2.17，95% CI 1.01 – 4.68，P = 0.04）。结论：本研究全面验证了更适合 FFPE STS 活检的微环境分类。未来用途包括：(1) 选择高风险患者进行围手术期化疗；(2) 生物标志物驱动的缺氧靶向治疗试验。
Quick-DNA/RNA 微量提取试剂盒
• 样本来源 – 任何细胞（动物、细菌、血细胞等）、所有组织（难裂解、FFPE 等）、血液、生物体液、酶反应（例如，经 DNase I 处理的）和 DNA/RNA Shield ™ 或其他保存试剂中的样本。 • 样本保存和灭活 – DNA/RNA Shield ™ 可裂解细胞、灭活核酸酶和传染因子（例如，病毒、病原体），是常温下样本安全储存和运输的理想选择（第 11 页）。 • 大小 – 基因组 DNA（≥ 40 kb）、线粒体和病毒 DNA（如果存在）以及包括小/microRNA（≥ 17 nt）在内的总 RNA。
Quick-DNA/RNA 微量提取试剂盒
• 样本来源 – 任何细胞（动物、细菌、血细胞等）、所有组织（难裂解、FFPE 等）、血液、生物体液、酶反应（例如，经 DNase I 处理的）和 DNA/RNA Shield ™ 或其他保存试剂中的样本。 • 样本保存和灭活 – DNA/RNA Shield ™ 可裂解细胞、灭活核酸酶和传染因子（例如，病毒、病原体），是常温下样本安全储存和运输的理想选择（第 11 页）。 • 大小 – 基因组 DNA（≥ 40 kb）、线粒体和病毒 DNA（如果存在）以及包括小/microRNA（≥ 17 nt）在内的总 RNA。
使用 Enrichment Dx 进行 Illumina DNA 制备
Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 是一种文库制备和富集解决方案，符合欧盟 (EU) 关于体外诊断医疗器械的法规 2017/746，并受美国食品药品管理局 (FDA) 监管。它支持来自人体细胞和组织的各种基因组 DNA (gDNA) 的文库制备，包括从全血或福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 组织中提取的 gDNA（表 1）。作为下一代测序 (NGS) 工作流程的一部分，Illumina DNA Prep with Enrichment Dx 使临床实验室能够将有针对性的测序富集面板添加到其诊断应用程序中（图 1）。
一种有效，易于使用的方法，用于从福尔马林固定和石蜡包裹的胃组织中提取幽门螺杆菌DNA
福尔马蛋白固定石蜡包裹的（FFPE）组织作为活检或通过手术切除，代表了遗传信息的宝贵来源（1，2）。使用此类样品的主要优点是将患者的遗传分析结果与临床疾病的遗传分析结果相关联（3，4）。此外，比较了过去对一名患者的样品的分子研究结果和当前时间可以提供重要数据，以显示疾病的发育或严重程度的趋势（5）。尽管如此，由于最初采样后几年通常收集了后续临床信息，因此用于制备和存储存档标本的程序的详细信息不容易到达，甚至可能未知（6，7）。因此，归档标本的处理，例如提取
通过Primerless PCR拯救高度退化的DNA
1医学实验室科学系，应用医学科学学院，国王阿卜杜勒齐兹大学，吉达，沙特阿拉伯2分子诊断实验室，国王阿卜杜勒齐兹大学医院，国王阿卜杜勒齐兹大学，沙特阿拉伯国王阿卜杜勒阿拉伯，阿拉伯人，mol。res。22（4）：GMR19097于2023年8月30日收到2023年10月26日，于2023年12月26日发表，doi http://dx.doi.org/10.4238/gmr19097摘要。下一代测序（NGS）平台现在作为治疗前结肠癌患者的K-RAS突变的常规分析实施。NGS平台中使用的DNA是从结肠癌福尔马林固定的石蜡包裹（FFPE）块中提取的。在这项研究中，我们利用了20个FFPE结肠癌块。通常，优质的DNA样品包括紧凑的高分子量DNA。通过琼脂糖凝胶电泳检查提取的DNA的质量。由于自动分解和自发脱尿，或细菌污染和提取的DNA的自然机制，发现某些样品被高度退化，然后通过超声处理将其定期碎片。在这项研究中，进行了PCR来重建较大的DNA片段，而不是扩增DNA片段。无原始PCR依赖于PCR循环的两个段的自然力量来重建碎片的PCR，作者：变性DNA可以随机退火为其互补序列（退火）和TAQ聚合酶在3'端（扩展）扩展DNA。通过重复150个循环，产生较大的DNA片段而不是扩增DNA。碎片的DNA通过无底漆PCR重建150个周期。然而，每50个周期将TAQ聚合酶的1U添加到PCR反应中。为这项研究选择的样品被高度降解。样品的降解程度为