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基因分型
或者，您可以使用依赖于 Sanger 测序的 EditCo 的 CRISPR 编辑推断 (ICE) 工具来分析单指导、多指导和敲入 CRISPR 编辑。值得注意的是，EditCo 的 ICE 工具目前是分析多指导衍生的 CRISPR 编辑的唯一公开可用选项。CRISPR 编辑推断 (ICE) 工具是一款免费的在线软件，可分析 Sanger 测序数据以确定编辑效率。在使用 ICE 之前，必须准备编辑和对照 DNA 样本进行 Sanger 测序。该协议提供了如何设计引物、分离基因组 DNA 和进行 PCR 的说明。这些说明可用于每个靶标使用一个 sgRNA（或 cr:tracr）或每个靶标使用多个 sgRNA（即 EditCo 的多指导设计）的敲除实验。该协议也可用于敲入实验。如果您需要 Sanger 测序引物，可以联系 Technicalsupport@editco.bio。请注意，Sanger 引物建议是使用标准生物信息学算法计算得出的。EditCo 并未对其进行功能验证。
PCR基因分型
Reagent/Material Vendor Stock Number Molecular grade H20 Sigma-Aldrich W4502 * GoTaq® G2 Colorless Master Mix Promega M7833 DNeasy® Tissue Kit Qiagen 69506 Agarose Sigma-Aldrich A9414 1kb+ DNA ladder Life Technologies 10787-018 SYBR SAFE DNA stain Life Technologies S33102 100% ETOH Gold Shield Chemicals DSP-CA-151 *GOTAQ®G2无色主混合混合物是一种预混合的现成溶液，其中含有GOTAQ®G2DNA聚合酶，DNTP，MGCL2和反应缓冲液，可在最佳浓度下以PCR有效地放大DNA模板。GOTAQ®G2DNA聚合酶表现出5´→3´外切核酸酶活性。gotaq®G2无色主混合物，2x：GoTaq®G2DNA聚合酶在2x无色GOTAQ®G2反应缓冲液（pH 8.5），400μMDATP，400μMDGTP，400μMDCTP，400μMDCTP，400μMDTTP和3MM DTTP和3MM MGCL2中提供。
协议 FORMBP-PDGFB 小鼠基因分型
72 ˚C，10 分钟 4 ˚C， PCR 混合物 10 x PCR 缓冲液 II (Life technologies) 2.0 l MgCl 2 (25 mM) 1.2 l dNTP 混合物 (每种核苷酸 25 mM) 0.16 l Cre FW (100 M) 0.1 l Cre REV (100 M) 0.1 l AmpliTaq Gold (5 U/ l) 0.13 l DNA 模板 ( 0.5 g 尾部 DNA) 1.0 l H 2 O 15.31 l 20 l PCR 后分析 1.5% 琼脂糖凝胶。预期模式为 Tg:250bp
基因分型和 DNA 测序方法
Lorraine Meisner 博士 Forrest Spencer 博士 “…不因他人的言论而灰心丧气是不可能的。这种心态还必须伴随着兴奋和动力，否则就没有动力继续尝试。”
通过PCR协议形式的基因分型
等位基因描述：使用优化的CRISPR CAS9 KI技术创建了鼠标R565Q模型，该技术利用核糖核蛋白（RNP）在存在带有所需KI的合成单链DNA修复模板的情况下创建了。zygotes被电穿孔，并通过同源性修复（HDR）筛选后后代，以确定正确靶向等位基因的存在。Ki核苷酸破坏了PAM位点（NGG），为4和5 bp，与裂解位点并设计为SSODN，以保护HDR衍生的基因座免受CAS9自动切割。关键后代。
CYP2D7 混合等位基因分型
CYP2D6 是一种非常重要的药物基因，因为它负责 20% 至 30% 临床使用药物的代谢或生物活化。然而，尽管它的长度相对较短（只有 4.4 kb），但由于与邻近假基因的高度相似性以及 CYP2D6-CYP2D7 杂交的频繁出现，它是基因分型最困难的药物基因之一。不幸的是，大多数当前的基因分型方法无法正确确定完整的 CYP2D6-CYP2D7 序列。因此，我们开发了一种基因分型检测方法，通过优化无 PCR 纳米孔 Cas9 靶向测序 (nCATS) 方法与自适应测序相结合，并开发了一种新的综合长读基因分型 (CoLoRGen) 流程，以生成复杂区域的完整等位基因特异性共识序列。 CoLoRGen 流程首先生成两个等位基因的一致序列，然后确定大结构变异和小变异，最终分配正确的星号等位基因。在参考样本中，我们的基因分型检测证实了 CYP2D6-CYP2D7 大结构变异、单核苷酸变异 (SNV) 以及小插入和缺失 (INDEL) 的存在，而这些是大多数当前检测无法检测到的。此外，我们的结果提供了直接证据，表明 NA12878 DNA 的 CYP2D6 基因型应更新为包括 CYP2D6-CYP2D7 * 68 杂交和与现有参考相比的几个额外的单核苷酸变异。最终，nCATS-CoLoRGen 基因分型检测还可以通过检测和分期从头突变以及已知的大结构变异和小变异，从而实现更准确的基因功能预测。
国家基因分型计划-ICBF
国家基因分型计划是一项合作倡议，使爱尔兰能够迈出完全基因分型的民族牛群的第一步。基于农业，食品和海洋，牛肉和乳制品行业与参与农民之间的成本分担模型。基因分型国民群将为乳制品和牛肉行业提供巨大的机会，以加速我们国家育种指数的收益率（例如，ebi，欧洲之星和DBI），它将增强农场的可持续性。
高度敏感的HPV检测和基因分型
人乳头瘤病毒（HPV）是宫颈癌以及头颈癌的良好危险因素。对HPV疫苗的研究需要细致的遗传分析，以查明各种（高风险）HPV基因型。同样，流行病学研究要求对普遍的HPV菌株进行全面的基因审查。在多种临床状况中，对普遍的HPV菌株进行了详细分析，例如肛门生殖器和头颈癌（包括口腔和喉癌）以及肛门，阴茎和外阴鳞状细胞癌。
大肠杆菌基因分型的新方法
摘要：目前迫切需要一种操作简便、快速且成本低廉的大肠杆菌菌株种级鉴别方法。本文提出了两种用于大肠杆菌分离株基因分型的新型原始工具。所开发的第一种方法是 PCR-RFLP（聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性）检测，它使用一个高度可变的 fliC 基因，该基因编码 H 抗原作为分子靶标。在设计通用引物对和选择最佳限制性酶 Rsa I 之前，先对编码 53 种不同血清型 H 抗原（大肠杆菌鞭毛蛋白）的基因序列进行计算机比较分析。在对 16 个大肠杆菌基因组的完整序列进行生物信息学分析的基础上，选择了 MLST 方法的大肠杆菌基因组的目标片段。最初提出了七个分子靶点（七对引物），其中五种被发现可用于有效进行大肠杆菌菌株基因分型。两种开发的方法都显示出很高的区分能力，并且观察到所测试菌株的高度遗传多样性。在测试的 71 个菌株中，用 fliC RFLP-PCR 和 MLST 方法分别发现了 29 个和 47 个簇。用参考 BOX-PCR 方法区分菌株发现了 31 种不同的基因型。计算机分析显示，新 MLST 方法的鉴别能力与 Pasteur 和 Achtman 方案相当，并且高于 Clermont 开发的方法的鉴别能力。从流行病学的角度来看，我们的调查结果显示，在大多数情况下，患者感染了独特的菌株，可能来自环境来源。然而，从儿科、内科和神经内科病房的不同患者身上分离出的一些菌株在综合考虑三种方法的结果时被归类为同一基因型。这可能表明这些菌株在患者之间转移了。
振兴农业：下一代基因分型和...
生产力（Abbass等，2022）。因此，它们对与食品相关的独特品质和地理指示构成了威胁。在过去的几十年中，气候变化已经开始影响茄科作物，极端的天气模式将显着影响番茄，胡椒和茄子的产量和质量（Lee等，2018; Bhandari et al。，2021; 2021; Suman，2022; 2022; 2022; 2022; Toppino等。，2022年）。尽管某些农业实践和耕种技术可能会提供临时应对机制，但需要实施长期策略来应对脆弱地区气候变化的挑战。繁殖策略在开发气候富裕品种以及常规育种技术（CBT）和新育种技术（NBT）方面起着至关重要的作用，为增强低输入生产系统中农作物弹性提供了强大的工具（Razzaq等人，2021年，2021年； Xiong等，20222）。从历史上看，育种计划一直集中在开发抗疾病的品种上以确保可持续生产（Poczai等，2022）。通过选择性地育种自然抗性或纳入野生亲戚的抗药性基因，育种者可以增强农作物对常见疾病的韧性，例如晚枯萎病，细菌枯萎病和病毒感染。繁殖工作还针对农艺性状，可以减轻气候变化对溶阿酸作物的影响，包括干旱耐受性，耐热性，耐水性（WUE）和营养吸收效率（NUE）。同时，增强水果质量的属性是番茄，胡椒和茄子的关键育种目标（Bebeli和Mazzucato，2009年）。因此，主要的育种重点是改善特征，例如avor，营养含量，质地和保质期，将它们纳入新品种，以确保这些农作物对消费者保持吸引力并适应不断变化的市场需求。在本文中，将审查有关下一代基因分型和 - 组技术的最新技术，用于审查茄科家族中多种弹性特征的分子预测，旨在为恢复和弹性设施（RRF）NextGeneration externeration Ensteration eutlanting Plans建立研究活动的起点。