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1 用于多拷贝基因整合的着陆垫系统...
图 1. SD108 中全基因组整合位点的计算机筛选算法。（A）选择基因间位点中的 gRNA 进行 iCas9 介导的整合。扫描基因组中的“NGG”PAM 以获得向导 RNA 文库。筛选 gRNA 以尽量减少潜在的脱靶，并根据其基因组位置进行过滤。（B）结合各种因素对实验筛选的基因组位点进行优先排序。根据寡核苷酸合成和质粒克隆标准对 gRNA 及其相应的同源臂进行改进。实施设计规则以确保菌株稳定性，避免破坏调控元件并包括基因必需性信息，同时添加基因密度作为开放染色质的代理。结合转录组学数据来选择靠近转录活性基因的位点。
Issatchenkia Orientalis
图1。SD108中全基因组整合位点的硅筛选算法算法。 （a）用于ICAS9介导的整合的基因基因座中的GRNA。 扫描基因组以获取“ NGG” PAM以获得指南RNA库。 筛选GRNA以最大程度地减少潜在的脱靶，并根据其基因组位置过滤。 （b）纳入各种因素以优先考虑基因组基因局进行实验筛查。 GRNA及其相应的同源臂是根据寡核苷酸合成和质粒克隆标准来完善的。 设计规则是通过避免调节元素的破坏和包括基因本质信息的中断来确保应变稳定性的，而基因密度则是添加基因密度作为开放染色质的代理。 转录组数据纳入了接近转录活性基因的选择位置。算法。（a）用于ICAS9介导的整合的基因基因座中的GRNA。扫描基因组以获取“ NGG” PAM以获得指南RNA库。筛选GRNA以最大程度地减少潜在的脱靶，并根据其基因组位置过滤。（b）纳入各种因素以优先考虑基因组基因局进行实验筛查。GRNA及其相应的同源臂是根据寡核苷酸合成和质粒克隆标准来完善的。设计规则是通过避免调节元素的破坏和包括基因本质信息的中断来确保应变稳定性的，而基因密度则是添加基因密度作为开放染色质的代理。转录组数据纳入了接近转录活性基因的选择位置。
在人类血吸虫曼氏血吸虫的基因安全港进行定向插入和报告转基因活性
基因组安全港位点 (GSH) 的识别和表征旨在促进一致的转基因活动而不破坏宿主细胞基因组。我们结合基因组注释和染色质结构分析，通过计算方法预测四种 GSH 在人类血吸虫曼氏血吸虫（一种热带地区的主要传染性病原体）中的位置。使用 CRISPR/Cas 辅助的同源定向修复和重叠向导 RNA 将转基因引入寄生虫的卵中。观察到基因编辑效率为 24%，75% 的基因编辑血吸虫卵具有转基因编码荧光。这些结果通过提供一条使用同源定向修复催化转基因插入的转基因蠕虫的可处理途径，推动了血吸虫功能基因组学的发展。这种方法应该普遍适用于蠕虫。
Diverse viral cas genes antagonize CRISPR immunity
Prokaryotic CRISPR–Cas immunity is subverted by anti-CRISPRs (Acrs), which inhibit Cas protein activities when expressed during the phage lytic cycle or from resident prophages or plasmids 1 . Acrs often bind to specific cognate Cas proteins, and hence inhibition is typically limited to a single CRISPR–Cas subtype 2 . Furthermore, although acr genes are frequently organized together in phage- associated gene clusters 3 , how such inhibitors initially evolve has remained unclear. Here we investigated the Acr content and inhibition specificity of diverse Listeria isolates, which naturally harbour four CRISPR–Cas systems (types I-B, II-A, II-C and VI-A). We observed widespread antagonism of CRISPR, which we traced to 11 previously unknown and 4 known acr gene families encoded by endogenous mobile elements. Among these were two Acrs that possess sequence homology to type I-B Cas proteins, one of which assembles into a defective interference complex. Surprisingly, an additional type I-B Cas homologue did not affect type I immunity, but instead inhibited the RNA-targeting type VI CRISPR system by means of CRISPR RNA (crRNA) degradation. By probing viral sequence databases, we detected abundant orphan cas genes located within putative anti-defence gene clusters. Among them, we verified the activity of a particularly broad-spectrum cas3 homologue that inhibits type I-B, II-A and VI-A CRISPR immunity. Our observations provide direct evidence of Acr evolution by cas gene co-option, and new genes with potential for broad-spectrum control of genome editing technologies.
卫生技术简报2023年10月
iCosema是一种称为胰岛素ICODEC的新胰岛素和称为semaglutide的GLP-1受体类似物的组合。2胰岛素ICODEC是一种新型的长效胰岛素类似物，旨在涵盖每周一次的皮下给药的基础胰岛素需求。3 semaglutide是与人GLP-1同源为94％序列同源性的GLP-1类似物。semaglutide充当GLP-1受体激动剂，可有选择地结合并激活GLP-1受体，这是天然GLP-1的靶标。semaglutide通过刺激胰岛素分泌并在血糖高时降低胰高血糖素的分泌，以葡萄糖的方式降低血糖。降低血糖的机理还涉及餐后早期胃排空的较小延迟。在低血糖期间，半卢比德会减少胰岛素的分泌，不会损害胰高血糖素的分泌。4
醛固酮合酶抑制剂用于治疗高血压和慢性肾脏疾病
血清醛固酮值与CKD进展的11％有关，无论是否存在糖尿病[2]。实际上，甲状腺醛固酮受体拮抗剂螺内酯对醛固酮受体抑制醛固酮受体可在心力衰竭和射血分数降低的患者中降低30％的死亡风险[3]。此外，在2型糖尿病和CKD患者中，非甾体醛固酮受体拮抗剂的使用与心血管（CV）事件的减少有关[4]。实现醛固酮阻滞的另一种方法是干扰醛固酮合酶的合成。由于后一种酶与11-β-羟化酶具有93％的同源性，因此负责皮质醇合成的酶设计的ASIS应具有高度选择性，可高度选择性抑制醛固酮合酶而不抑制11-β-羟基酶和皮质醇的生产[5]。
改进的欧洲山杨染色体规模基因组组装和群体遗传学资源。
图 1 P. tremula v2.2 基因组概览。(A) P. tremula 1 号染色体 47.1 Kbp 区域的比较，显示 P. tremula v2.2 基因模型和 P. tremula v1.1 基因组和转录本的复制，在 PlantGenIE 中的 JBrowse 工具中呈现。绿松石色区域突出显示了 P. tremula v1.1 中包含基因的较长支架的示例。(B) P. tremula 和 P. trichocarpa 之间的同源性和结构重排。点表示两个物种之间的同源序列。红色表示同源序列之间的相同方向，蓝色表示相反方向。(C) 使用 PlantGenIE 中的 Venn 工具创建的维恩图，显示 P. tremula 特定区域中的基因交集和从同源性分析中识别出的 P. tremula 特定基因。
通过顺序统计分析人类大脑网络的拓扑数据分析
了解整个群体中人类大脑网络的共同拓扑特征对于理解大脑功能至关重要。将人类连接组抽象为图形对于了解大脑网络的拓扑特性至关重要。在考虑到异质性和随机性的同时开发脑图中的组级统计推断程序仍然是一项艰巨的任务。在本研究中，我们使用顺序统计量开发了一个基于持久同源性的稳健统计框架来分析大脑网络。顺序统计量的使用大大简化了持久条形码的计算。我们使用全面的模拟研究验证了所提出的方法，并随后应用于静息态功能磁共振图像。我们发现男性和女性的大脑网络之间存在统计上显着的拓扑差异。