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图 1. SD108 中全基因组整合位点的计算机筛选算法。(A)选择基因间位点中的 gRNA 进行 iCas9 介导的整合。扫描基因组中的“NGG”PAM 以获得向导 RNA 文库。筛选 ​​gRNA 以尽量减少潜在的脱靶,并根据其基因组位置进行过滤。(B)结合各种因素对实验筛选的基因组位点进行优先排序。根据寡核苷酸合成和质粒克隆标准对 gRNA 及其相应的同源臂进行改进。实施设计规则以确保菌株稳定性,避免破坏调控元件并包括基因必需性信息,同时添加基因密度作为开放染色质的代理。结合转录组学数据来选择靠近转录活性基因的位点。

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