XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemLoci
定量性状基因座和候选基因，这些基因控制着大豆“ Forrest”中的种子糖含量，由“ Williams 82”重组近交系数
1伊利诺伊州南部伊利诺伊大学农业科学学院，美国伊利诺伊州卡本代尔，伊利诺伊州62901； dounya.knizia@siu.edu（d.k.）; naoufal.lakhssassi@siu.edu（N.L.）; erdem.anil@siu.edu（E.A.）; mohamed.embaby@siu.edu（M.E.）; meksem@siu.edu（k.m.）2 USDA，美国农业研究服务部，农作物研究部，美国MS 38776，实验站路141号； nacer.bellaloui@usda.gov 3植物基因组学和生物技术实验室，生物学和法医学系，费耶特维尔州立大学，美国北卡罗来纳州28301，Fayetteville State University； jyuan@uncfsu.edu 4美国密苏里州密苏里大学植物科学技术部，美国密苏里州65211； vuongt@missouri.edu（t.v.）; nguyenhenry@missouri.edu（H.T.N。）5 USDA，农业研究服务，作物遗传学研究部门，605 Airways Blvd，Jackson，TN 38301，美国； alemu.mengistu@usda.gov *通信：mkassem@uncfsu.edu
在七个环境下，在重组培养花生的重组近交系种群中，在七个环境下为数百种子重量的定量性状基因座（QTL）绘制定量性状基因座（QTL）（Arachis hypogaea L.）
摘要：耕种的花生（Arachis hypogaea L.）是全球重要的油和现金作物。一百个烟和种子的重量是花生产量的重要组成部分。在当前的研究中，为了揭开一百个pod重量（HPW）和百分子重量（HSW）的遗传基础，从JH5（JH5，大豆荚和种子重量和种子重量）之间的十字架开发了一个重组近交系（RIL）人群，并使用M130（小荚和种子重量）（小荚和种子重量），并用来识别QTLS和HPW和HPW。使用SSR，AHTE，SRAP，TRAP和SNP标记构建了一个集成的遗传链接图。该地图由3130个遗传标记组成，分配给20个染色体，并覆盖1998.95 cm，平均距离为0.64 cm。在此基础上，HPW和HSW的31个QTL位于7个染色体上，每个QTL占表型方差的3.7–10.8％（PVE）。其中，在多个环境下检测到了七个QTL，并且在B04和B08上发现了两个主要的QTL。值得注意的是，染色体A08上的QTL热点在2.74 cm的遗传间隔内包含7个QTL，其中包括0.36 MB物理图，包括18个候选基因。Arahy.d52S1Z，Arahy.ibm9rl，Arahy.W18Y25，Arahy.cplc2w和Arahy.14H.14H可能在调节花生荚和种子重量中发挥作用。这些发现可以促进进一步研究培养花生中影响豆荚和种子重量的遗传机制。
对基因组学和人类遗传学方法的年度综述以及单细胞表达定量特质基因座的见解
单细胞技术的最新进步已实现了单细胞分辨率下许多个体的表达定量性状基因座（EQTL）分析。与散装RNA测序相比，该测序平均在细胞类型和细胞状态下平均基因表达，单细胞测定法捕获了单个细胞的转录状态，包括以前所未有的规模和分辨率的细胞，瞬态和难以隔离的群体。单细胞EQTL（SC-EQTL）映射可以识别与细胞态不同的上下文依赖性eqtl，包括一些与基因组关联研究中鉴定出的差异变体共定位的一些。通过揭示这些EQTL行为的精确上下文，单细胞方法可以揭示以前隐藏的调节效应，并确定重要的
花生中映射定量性状基因座的概述（Arachis hypogaea L.）
1植物生物学和生理学系，科学系，Yaunde I大学，Yaunde P.O. 盒337，喀麦隆2植物科学系，农业学院，沃利塔·索多大学，索多P.O. Box 138，埃塞俄比亚3 UMR AGAP，CIRAD，CIRAD，F-34398法国4 AGAP Institute，Institut Agro Institute，Institut Agro，Cirrad，Cirrad，Inrae，Inrae，Inrae，Montpellier大学，F-34060，F-34060 Montpellier，France 5 Center 5 Center 5 Center D'Etudes d'Etudes r l l l l'Am pout l'Am per l'am per l'am s f l' (ceraas/isra), route de kkombole, È è s bp 3320, senegal 6 dispos and recherche et de profile, innovation et am é lioration éri é tale en ed Afrique de l'ouest (Iavao), ceras, route de Khombole, È s bp 3320, Senegal 7 Department of Agriculture, Higher Technical Teachers Training College, University of Buea，Kumba P.O. 盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O. 框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.fr1植物生物学和生理学系，科学系，Yaunde I大学，Yaunde P.O.盒337，喀麦隆2植物科学系，农业学院，沃利塔·索多大学，索多P.O.Box 138，埃塞俄比亚3 UMR AGAP，CIRAD，CIRAD，F-34398法国4 AGAP Institute，Institut Agro Institute，Institut Agro，Cirrad，Cirrad，Inrae，Inrae，Inrae，Montpellier大学，F-34060，F-34060 Montpellier，France 5 Center 5 Center 5 Center D'Etudes d'Etudes r l l l l'Am pout l'Am per l'am per l'am s f l' (ceraas/isra), route de kkombole, È è s bp 3320, senegal 6 dispos and recherche et de profile, innovation et am é lioration éri é tale en ed Afrique de l'ouest (Iavao), ceras, route de Khombole, È s bp 3320, Senegal 7 Department of Agriculture, Higher Technical Teachers Training College, University of Buea，Kumba P.O. 盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O. 框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.frBox 138，埃塞俄比亚3 UMR AGAP，CIRAD，CIRAD，F-34398法国4 AGAP Institute，Institut Agro Institute，Institut Agro，Cirrad，Cirrad，Inrae，Inrae，Inrae，Montpellier大学，F-34060，F-34060 Montpellier，France 5 Center 5 Center 5 Center D'Etudes d'Etudes r l l l l'Am pout l'Am per l'am per l'am s f l' (ceraas/isra), route de kkombole, È è s bp 3320, senegal 6 dispos and recherche et de profile, innovation et am é lioration éri é tale en ed Afrique de l'ouest (Iavao), ceras, route de Khombole, È s bp 3320, Senegal 7 Department of Agriculture, Higher Technical Teachers Training College, University of Buea，Kumba P.O.盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O. 框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.fr盒子249，喀麦隆8园艺和植物科学系，吉玛大学吉玛大学农业与兽医学院，Jimma P.O.框378，埃塞俄比亚 *通信：joel-romamaric.nguepjop@cirad.fr
检测山地毛的棉叶病毒抗性定量性状基因座和iCottonqtl一个新的R/Shiny应用，以简化遗传映射
1 1，北卡罗来纳州立大学，北卡罗莱纳州立大学，北卡罗来纳州27695，美国2作物和土壤科学系，北卡罗来纳州立大学，北卡罗来纳州罗利，北卡罗来纳州27695，美国3 USDA农业研究服务，基因和生物学家研究单位，Raleigh for for Raleigh for for Raleigh for for Raleigh，NC 276695，Instict，Instict，Instict，Instict，密西西比州立大学，斯塔克维尔，MS 39762，美国5植物基因组学和分子繁殖实验室，国家生物技术与遗传工程学院，巴基斯坦工程与应用科学研究所，（NIBGE-C，PIEAS，PIEAS） 2006年，澳大利亚7基因组科学与社会研究所，德克萨斯农工大学，大学站，德克萨斯州77843，美国8 USDA农业研究服务，基因组学和生物信息信息研究单元，斯通维尔，MS 38776，美国9 USDA农业研究服务，Crop Lricultural Research Service，Crop Genetics Research Nut，Crops Genetics Research Nut，Stoneville，Stoneville，Stoneville，Stoneville，MS 3877776，美国 * docentersence，美国 * docenteresces， amanda.hulse-kemp@usda.gov（A.M.H.-K。）; jodi.schef fler@usda.gov（J.A.S.）1，北卡罗来纳州立大学，北卡罗莱纳州立大学，北卡罗来纳州27695，美国2作物和土壤科学系，北卡罗来纳州立大学，北卡罗来纳州罗利，北卡罗来纳州27695，美国3 USDA农业研究服务，基因和生物学家研究单位，Raleigh for for Raleigh for for Raleigh for for Raleigh，NC 276695，Instict，Instict，Instict，Instict，密西西比州立大学，斯塔克维尔，MS 39762，美国5植物基因组学和分子繁殖实验室，国家生物技术与遗传工程学院，巴基斯坦工程与应用科学研究所，（NIBGE-C，PIEAS，PIEAS） 2006年，澳大利亚7基因组科学与社会研究所，德克萨斯农工大学，大学站，德克萨斯州77843，美国8 USDA农业研究服务，基因组学和生物信息信息研究单元，斯通维尔，MS 38776，美国9 USDA农业研究服务，Crop Lricultural Research Service，Crop Genetics Research Nut，Crops Genetics Research Nut，Stoneville，Stoneville，Stoneville，Stoneville，MS 3877776，美国 * docentersence，美国 * docenteresces， amanda.hulse-kemp@usda.gov（A.M.H.-K。）; jodi.schef fler@usda.gov（J.A.S.）
野生大豆（Glycine Soja）种子蛋白和油含量的定量性状基因座（QTL）分析
摘要：大豆种子由大约40％的蛋白质和20％的油组成，使其成为世界上最重要的栽培豆类之一。但是，这些化合物的水平彼此负相关，并由由多个基因控制的定量性状基因座（QTL）调节。在这项研究中，总共使用Daepung（Glycine Max）与GWS-1887（G. Soja，高蛋白质的来源）衍生的190 F 2和90 Bc 1 F 2植物，用于蛋白质和油含量的QTL分析。在F 2：3中，平均蛋白质和油含量分别为45.52％和11.59％。在Chr上的GM20_29512680上检测到与蛋白质水平相关的QTL。20的可能性（LOD）为9.57，R 2为17.2％。在Chr上的GM15_3621773上也检测到与石油水平相关的QTL。15（LOD：5.80; R 2：12.2％）。 在BC 1 F 2：3种群中，平均蛋白质和油含量分别为44.25％和12.14％。 在Chr上的GM20_27578013上检测到与蛋白质和油含量相关的QTL。 20（LOD：3.77和3.06; R 215（LOD：5.80; R 2：12.2％）。在BC 1 F 2：3种群中，平均蛋白质和油含量分别为44.25％和12.14％。在Chr上的GM20_27578013上检测到与蛋白质和油含量相关的QTL。20（LOD：3.77和3.06; R 2
全基因组对定量性状基因座的检测和候选基因对早期大豆中种子糖组成的预测
摘要：种子糖成分，主要包括果糖，葡萄糖，蔗糖，raf鼻和stachyose，是大豆[甘氨酸Max（L.）Merr。]种子质量。但是，对大豆糖成分的研究是有限的。为了更好地了解大豆种子中糖成分的遗传结构，我们使用了323个大豆种质添加剂的种群进行了全基因组关联研究（GWAS），这些研究在三种不同的环境下进行了生长和评估。在GWAS中选择并使用了总计31,245个单核苷酸多态性（SNP）≥5％（MAFS）≥5％，缺少数据≤10％。与单个糖相关的分析72定量性状基因座（QTL），与总糖相关的14个。在六个染色体的铅SNP的100 kb旋转区域内的十个候选基因与糖含量显着相关。根据GO和KEGG分类，大豆中的糖代谢涉及八个基因，并在拟南芥中显示出相似的功能。另外两个位于与糖相关的已知QTL区域中，可能在大豆的糖代谢中发挥作用。这项研究促进了我们对大豆糖组成的遗传基础的理解，并促进了控制这种特征的基因的鉴定。认同的候选基因将有助于改善大豆中的种子糖成分。
脑疾病和血小板特征的多特征关联分析确定了重大抑郁症，阿尔茨海默氏症和帕金森氏病的新型易感位点
摘要：在候选神经退行性/神经精神上的风险预测生物标志物中，血小板计数，平均血小板体积和血小板分布宽度与重大抑郁症（MDD），阿尔茨海默氏病（AD）和帕金森氏病（PD）和基因学研究的风险有关。我们使用上述所有特征的全基因组关联研究（GWASS）的公开摘要统计数据来利用这些统治进行多特征关联分析。进行了基于基因的富集测试，以及对显着富集基因的网络分析。我们分析了分析的GWASS中共有的4,540,326个单核苷酸多态性，观察到149个全基因组的多特征LD独立关联（P <5×10-8）的AD，PD的PD和139的MDD。在其中，AD检测到27个新型关联，PD检测到34个，MDD检测到40个。在±10 kb以内的带注释变体的18,781个基因中，有62个基因富含与AD的关联，70与PD和125个与MDD的关联（P <2.7×10-6）。，七个基因是AD（EPPK1，TTLL1，PACSIN2，TPM4，PIF1，PIF1，ZNF689，AZGP1P1）的新敏感性基因座，PD（SLC26A1，EFNA3）和两个用于MDD（HSPH1，TRMTMT6611A）。所得网络显示出显着的相互作用过量（富集p = 1.0×10-16）。被鉴定出的新基因参与了细胞骨架结构的组织（EPPK1，TTLL1，PACSIN2，TPM4），端粒缩短（PIF1），调节细胞老化，“ ZNF689，ZNF689，AZGP1P1）和NEUREDISTION INSINGE INSTIST INSTIST INSIGTION（eFREDINES INSTIDER INSIGTION（EFRESITION）（EFRESITCTIONT（EFRESITION）（EFLENNA3），EFLENNA3），EFRESIGHT（EFRESIGHT），EFRESIGHT（EFLENA3），，eflyna3）疾病和血小板参数。
与杂交肉牛受孕率相关的基因座
肉牛无法维持足月妊娠已成为牛肉行业的一个经济问题。畜群管理和营养改善减轻了环境对胚胎和胎儿损失的影响，但通过基因组选择还可以获得额外的收益。本研究的目的是确定杂交肉牛小母牛中与怀孕所需交配次数 (TBRD) 和小母牛首次交配受孕率 (HCR1) 相关的基因座和基因集。来自商业肉牛场的小母牛 (n = 709) 经过一轮人工授精，然后与公牛自然交配 50 天。在繁殖季节后 35 天通过超声波确定怀孕和受孕时间。使用 GeneSeek (Lin-coln, NE) Bovine GGP50K BeadChip 对小母牛进行基因分型，然后使用 EIGENSTRAT 类模型进行全基因组关联分析 (GWAA)，以确定与 TBRD 和 HCR1 相关的基因座 (P < 1 × 10 − 5)。一个基因座与 BTA19 上的 TBRD 相关 (P = 8.97 × 10 − 6)，包括位置候选基因 ASIC2（该基因在生育力分类小母牛的子宫内膜中存在差异表达）和位置候选基因 SPACA3。使用 SNP（GSEA-SNP）数据进行基因集富集分析，并确定了一个基因集，即氧化还原酶活性，作用于配对供体，通过 TBRD 富集（NES = 3.15）分子氧的掺入或还原，并包含九个有助于基因集富集的前沿基因。富集的基因集参与催化氧化还原反应，这与影响妊娠成功的氧化应激源有关。没有与 HCR1 相关的基因座或富集的基因集。识别富集生育力的基因座、位置候选基因、基因集和前沿基因有助于基因组选择，使生产者能够选择繁殖能力优良的牛，降低与不育相关的成本，并增加小牛产量百分比。