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全基因组测序的遗传多样性，传播动力学和抗药性突变，在西部埃塞俄比亚西部肺外结核病患者中分离出的结核分枝杆菌
结核病（TB）是全球第二大流行的疾病，仅次于冠状病毒病（Covid-19）。全球，2022年，大约有1060万人因结核病生病，反映了2020年增长4.5％。中，有130万人死于结核病，其中包括与人类免疫缺陷病毒（HIV）共同感染的病例（1）。虽然肺结核（PTB）主要影响肺部，但肺外结核病（EPTB）涉及体内其他器官和组织（2）。根据WHO，EPTB占2020年全球新的和复发性结核病病例的16％。在埃塞俄比亚，两种形式的结核病构成了重大的公共卫生威胁，在EPTB案件方面，该国在全球范围内排名第三，超过了许多其他地区观察到的PTB负担（3）。值得注意的是，在2020年，EPTB占埃塞俄比亚报告的病例的30％（4）。
丙戊酸的致致致造性：可以逆转其可能的...
一名54岁的妇女在右侧食指的远端，在初级保健中心出现了一个为期3周的无痛性病变，该病变随着溃疡和排出而进行（图1A）。她很健康，在一家淡水鱼宠物店里工作，用双手压碎蜗牛，与池塘水接触，清洁鱼缸和喂养动物。给予阿莫西林 - 克拉烷酸盐的经验治疗7天。由于缺乏反应，一个月后进行了第一次活检，报告了肉芽肿，部分坏死性炎症过程（图2）。互补的污渍没有显示微生物；来自固定组织的分枝杆菌或巴托氏菌的分子测试为阴性。卫星病变出现在同侧前臂中（图1b），没有对强力霉素的经验治疗10天，而克罗西克林则持续7天。病人被转诊给我们的医院。她的状态良好，没有发烧，淋巴结肿大或内脏肿大。
高通量快速扩增子测序，用于来自存档的临床DNA样品的支原体卵巢卵的多焦点序列
遗传多样性的宿主范围（1，3）。 卵巢支原体的遗传多样性含量很高，表明它们是重要的储层和感染来源的作用，而在BHS中，它很低，表明溢出物是主要的传输来源（1）。 的确，来自多层次序列分型（MLST）序列对祖先序列的状态重建证实了家用绵羊作为BHS的主要感染来源，强调了菌株键入对映射传输动力学的重要性（4）。 在BHS中，最初发生致命支气管瘤的爆发通常是在羔羊中反复发生的致命爆发。 在初始溢出后的2到15年观察到了反复爆发（2，5 - 7）。 最近的证据表明，可能没有跨支架免疫，使存活的动物容易感染（4，8）。 为了减少溢出事件的可能性，联邦和州机构实施了针对国内和野羊的空间分离的政策（9）。 最近在美国西部和加拿大进行了增加的采样工作，以发现10个州和三个省份的Ovipneumoniae大分枝杆菌的流行率（10）。遗传多样性的宿主范围（1，3）。卵巢支原体的遗传多样性含量很高，表明它们是重要的储层和感染来源的作用，而在BHS中，它很低，表明溢出物是主要的传输来源（1）。的确，来自多层次序列分型（MLST）序列对祖先序列的状态重建证实了家用绵羊作为BHS的主要感染来源，强调了菌株键入对映射传输动力学的重要性（4）。在BHS中，最初发生致命支气管瘤的爆发通常是在羔羊中反复发生的致命爆发。在初始溢出后的2到15年观察到了反复爆发（2，5 - 7）。最近的证据表明，可能没有跨支架免疫，使存活的动物容易感染（4，8）。为了减少溢出事件的可能性，联邦和州机构实施了针对国内和野羊的空间分离的政策（9）。最近在美国西部和加拿大进行了增加的采样工作，以发现10个州和三个省份的Ovipneumoniae大分枝杆菌的流行率（10）。
乙曲硼罗对小鼠肺部感染模型中脓肿分枝杆菌的疗效
摘要 脓肿分枝杆菌 (Mab 或 Mycobacterium abscessus) 是一种快速生长的分枝杆菌，在环境中普遍存在，可导致患有肺部合并症和免疫缺陷的人发生机会性疾病。目前尚无美国食品药品监督管理局批准的治疗这种疾病的药物，而重新利用的抗生素的微生物学反应不佳。为了满足对有效新型抗生素的需求，我们在小鼠肺部 Mab 感染模型中确定了 Epetraborole (EBO) 对三种 Mab 临床分离株的疗效。4 周治疗期间肺部 Mab 负担的减少是研究的终点。EBO 以 25 和 50 mg/kg 的剂量每日口服一次，在人类中达到的暴露量分别接近每日一次的 250 mg 和 500 mg 的剂量。EBO 给药导致肺部 Mab 负担逐渐减少。经过 4 周的治疗，25 和 50 mg/kg EBO 对分离株 ATCC 19977 和 M9501 的疗效相当。然而，对分离株 M9530，50 mg/kg EBO 比 25 mg/kg 更有效，且与肠外注射亚胺培南相当，亚胺培南是抗 Mab 最有效的抗生素之一。我们还进行了一项剂量范围研究，评估了 4 周内每日一次口服 0.5、5、10、25 和 100 mg/kg EBO 对 M9501 的疗效。每日一次口服 100 mg/kg EBO 与每日两次注射 100 mg/kg 亚胺培南一样有效。我们的研究表明，鉴于 Mab 药物耐药率高且可耐受的静脉注射选择有限，EBO 可以满足 Mab 肺病对有效口服治疗选择的未满足需求。
脾边缘区B细胞通过塑造细胞因子模式和细胞介导的免疫
Chen-Yu Tsai，1 Myo OO，1 Jih Hou Peh，2 Benjamin C.M.Yeo，3 Ariel Aptekmann，1 Bernett Lee，4,5,6 Joe J.J. Liu, 2 Wen-Shan Tsao, 1 Thomas Dick, 1,7 Katja Fink, 4 and Martin Gengenbacher 1,7,8, * 1 Center for Discovery and Innovation (CDI), Hackensack Meridian Health, 111 Ideation Way, Nutley, NJ 07110, USA 2 Biosafety Level 3 Core, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore (NUS), Level 15, Centre for Translational Medicine (MD6), NUS, 14 Medical Drive, Singapore 117599, Singapore 3 Infectious Diseases Translational Research Programme and Department of Medicine, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore (NUS), Level 2, Blk MD4, 5 Science Drive 2, Singapore 117545, Singapore 4 Singapore Immunology Network (SIgN), Agency for Science Technology and Research, Biopolis, 8A Biomedical Grove, Level 3 & 4, Immunos Building, Singapore 138648, Singapore 5 Centre for Biomedical Informatics, Lee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological University, 50 Nanyang Avenue, Singapore 639798, Singapore 6 A*STAR Infectious Diseases Labs, Agency for Science, Technology and Research, 8A Biomedical Grove #05-13, Immunos,新加坡138648，新加坡7 Hackensack Meridian医学院，Nutley，NJ 07110，美国8铅联系 *通信 *通信：martin.gengenbacher@gmail@gmail.comYeo，3 Ariel Aptekmann，1 Bernett Lee，4,5,6 Joe J.J. Liu, 2 Wen-Shan Tsao, 1 Thomas Dick, 1,7 Katja Fink, 4 and Martin Gengenbacher 1,7,8, * 1 Center for Discovery and Innovation (CDI), Hackensack Meridian Health, 111 Ideation Way, Nutley, NJ 07110, USA 2 Biosafety Level 3 Core, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore (NUS), Level 15, Centre for Translational Medicine (MD6), NUS, 14 Medical Drive, Singapore 117599, Singapore 3 Infectious Diseases Translational Research Programme and Department of Medicine, Yong Loo Lin School of Medicine, National University of Singapore (NUS), Level 2, Blk MD4, 5 Science Drive 2, Singapore 117545, Singapore 4 Singapore Immunology Network (SIgN), Agency for Science Technology and Research, Biopolis, 8A Biomedical Grove, Level 3 & 4, Immunos Building, Singapore 138648, Singapore 5 Centre for Biomedical Informatics, Lee Kong Chian School of Medicine, Nanyang Technological University, 50 Nanyang Avenue, Singapore 639798, Singapore 6 A*STAR Infectious Diseases Labs, Agency for Science, Technology and Research, 8A Biomedical Grove #05-13, Immunos,新加坡138648，新加坡7 Hackensack Meridian医学院，Nutley，NJ 07110，美国8铅联系 *通信 *通信：martin.gengenbacher@gmail@gmail.com
LncRNA NFYC-AS1 通过自噬、细胞凋亡和 MET/c-Myc 致癌蛋白促进肺腺癌的发展
肺癌是全球最常见的癌症之一，也是癌症死亡的主要原因（1）。大约10年前，在没有靶向药物的情况下，晚期肺癌的总生存期（OS）仅为10-12个月。随着越来越多靶向药物的不断应用，接受靶向治疗的晚期肺癌患者的OS延长至3年以上（2,3）。在EGFR突变的早期肺癌患者中，使用EGFR TKI作为辅助化疗也出现了同样的趋势（4,5）。靶向治疗的前提是发现更有针对性的驱动基因。长链非编码RNA（lncRNA）是一类RNA分子。它们不会翻译成蛋白质，通常长度超过200个核苷酸。LncRNA与癌症的发展密切相关（6-9）。异常表达的lncRNA已被发现是多种癌症的致癌基因（10-12）。然而，大多数 lncRNA 的功能仍不清楚。阐明它们在致癌作用中的功能和机制可能提供新的治疗靶点（13）。Li 等人分析了 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库中肺腺癌 (LAUD) 的 RNA-seq 数据和 miRNA-seq 数据，以识别关键 lncRNA 并确定分子发病机制。核转录因子 Y 亚基 C 反义 RNA 1 (NFYC-AS1) 被发现是一种潜在的预后生物标志物 (14)。然而，作者并没有进一步验证 NFYC-AS1 在肺癌细胞系中的作用。关于 NFYC- AS1 功能的研究很少。例如，van der Plaat 等人通过分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据发现 NFYC- AS1 可能在从不吸烟者的气流阻塞中发挥作用 (15)。然而，作者也没有在细胞系或动物模型中进一步验证NFYC-AS1的功能。到目前为止，还没有关于NFYC-AS1基因的分子功能、表型、动物模型、miRNA、转录因子靶点或HOMER转录等的数据。以下分子检测表明，NFYC-AS1可能通过自噬和凋亡以及MET / c-Myc致癌蛋白促进LAUD的增殖。有报道称，癌症中的自噬既是肿瘤抑制因子，也是肿瘤促进因子（16）。针对自噬相关途径可能是癌症治疗的一种有前途的策略。众所周知，细胞凋亡在癌症中起着关键作用
在定量聚合酶链反应中优化DNA扩增温度，用于鉴定结核分枝杆菌抗co骨的抗抑郁剂
结核病（TB）是由结核分枝杆菌引起的疾病，对全球健康是严重威胁。可用于检测和鉴定引起TB的细菌的方法是定量聚合酶链反应（QPCR）。在这种方法中，变性和延长温度是需要优化成功的决定因素之一。这项研究旨在优化DNA M.结核病的扩增中的变性和延长温度。使用准实验设计的研究。最优化的温度为93、94、95、96和97°C，用于扩展为58、59、60、61和62°C。测试样品是从结核分枝杆菌的患者收集的痰液样本，对异念珠菌具有抗性。优化是使用七个测试引物，即S315T，S315N，S315I，S315R，S315G，S315G，S315L和R463B，具有KATG基因的靶标。优化数据通过MS Excel处理最低的CT值。结果表明，使用的每个引物的最佳变性温度各不相同。主要的S315T，S315R和S315G在96°C的变性温度下最佳，最佳S315N在94°C时，主要S315i和R463B在93°C下最佳的R463B，最佳的S315L引物在95°C，最佳的S315L引物，最佳使用的温度为96°C. 96°C. 在58°C下的最佳延伸温度，用于原代S315N，S315N，S315I和R463B，初级S315R和S315G在60°C下，初级S315L在61°C下为61°C。 可以得出结论，变性研究的最佳温度为96°C，延伸为58°C。。在58°C下的最佳延伸温度，用于原代S315N，S315N，S315I和R463B，初级S315R和S315G在60°C下，初级S315L在61°C下为61°C。可以得出结论，变性研究的最佳温度为96°C，延伸为58°C。
Ag85B 与 c-di-AMP 作为粘膜佐剂对小鼠持续性结核分枝杆菌感染具有免疫治疗作用
结核病 (TB) 是由结核分枝杆菌引起的，是全球单一感染病原体导致死亡的主要原因。结核分枝杆菌感染还可能导致临床慢性感染，称为潜伏性结核感染 (LTBI)。与目前有限的治疗方法相比，几种亚单位疫苗表现出免疫治疗效果，并被纳入临床试验。在本研究中，Ag85B 亚单位疫苗与新型粘膜佐剂 c-di-AMP (Ag85B:c-di-AMP) 经鼻腔内注射给持续性结核分枝杆菌 H37Ra 感染小鼠模型，该模型也表现出 LTBI 的无症状特征。与Ag85B免疫相比，Ag85B:c-di-AMP疫苗接种诱导了更强的体液免疫反应，显著更高的CD4 + T细胞募集，增强了肺中Th1/Th2/Th17谱反应，减轻了肺病理损害，并降低了小鼠体内的结核分枝杆菌负荷。总之，Ag85B:c-di-AMP黏膜途径免疫对持续性结核分枝杆菌H37Ra感染具有免疫治疗作用，而c-di-AMP作为一种有希望的潜在黏膜佐剂，可进一步用于持续性结核分枝杆菌感染以及LTBI的治疗或预防疫苗策略。
在秘鲁耐多药结核病高发区常规条件下对结核分枝杆菌进行全基因组测序
全基因组测序 (WGS) 是全球抗击结核病 (TB) 的一个有前途的工具。本研究的目的是评估在秘鲁耐多药结核病热点地区常规使用 WGS 检测耐药标志物和传播簇的情况。为此，前瞻性地选择了来自利马和卡亚俄的 140 种耐药结核分枝杆菌菌株，并同时通过常规（GenoType MTBDR sl 和 BACTEC MGIT）和 WGS 工作流程进行处理。根据世界卫生组织突变目录确定耐药性。计算了利福平、异烟肼、吡嗪酰胺、莫西沙星、左氧氟沙星、阿米卡星和卷曲霉素的 WGS 和 BACTEC 结果之间的一致性。使用不同的单核苷酸多态性差异截止值确定传播簇。 100% (140/140) 的菌株对 13 种抗结核药物具有有效的 WGS 结果。然而，最终确定的表型 BACTEC MGIT 结果的可用性因药物而异，七种比较药物的无效结果为 10-17%。获得全套药物 WGS 结果的中位时间为 11.5 天，而常规工作流程为 28.6-52.6 天。比较药物的 WGS 和 BACTEC MGIT 的总体分类一致性为 96.5%。除莫西沙星外，Kappa 指数良好 (0.65 k 1.00)，但所有病例的敏感性和特异性值都很高。 97.9% (137/140) 的菌株仅具有一个亚谱系（134 株属于“谱系 4”，3 株属于“谱系 2”），2.1% (3/ 140) 为混合菌株，呈现两个不同的亚谱系。5、10 和 12 个 SNP 截止值的聚类率分别为 3.6% (5/ 140)、17.9% (25/140) 和 22.1% (31/140)。综上所述，常规 WGS 对检测对当前主要抗结核药物的耐药性具有很高的诊断准确性，可通过一次分析获得结果，并有助于迅速切断秘鲁耐药结核病的传播链。
在不同种植实践下的引言区域（LaRéunion）中的香草·普莱里亚（Vanilla Planifolia）的菌根社区
表1在LaRéunion的香草植物的根中检测到的主要菌根作战分类单元（OTU）的GenBank上的最佳爆炸量。指定了检测到每个OTU的培养实践。我们，林下； Openfield； SHB，带渣酱的阴影屋； SHDL，带有枯叶的阴影房屋。BOLD中的培养实践表明，在> 10％的样品中检测到OTU，而括号中的OTU表示<10％。具有> 95％身份的三个最佳命中（由电子价值排名）与作者提供的相应隔离或放大源和位置给出了> 95％的身份。身份> 97％被粗体。