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亚克隆体细胞拷贝数变异在复发性骨肉瘤中出现并占主导地位 Michael D. Kinnaman 1,2 , Simone Zaccaria 3,4 , Alvin Makohon-
摘要 ◥ 人们在骨肉瘤中进行了多项大规模基因组分析，以确定肿瘤发生、治疗反应和疾病复发的基因组驱动因素。肿瘤内空间和时间的异质性也可能在促进肿瘤生长和治疗耐药性方面发挥作用。我们对 8 名复发或难治性骨肉瘤患者的 37 个肿瘤样本进行了纵向全基因组测序。每位患者至少有一个来自原发部位和转移或复发部位的样本。除一名患者外，所有患者均发现了亚克隆拷贝数变异。在 5 名患者中，来自原发性肿瘤的亚克隆出现并在随后的复发中占主导地位。在 7 名具有多个克隆的患者中，6 名患者的治疗耐药性克隆中 MYC 增益/扩增富集。在耐药拷贝数克隆中还观察到了其他潜在驱动基因（如 CCNE1 、 RAD21 、 VEGFA 和 IGF1R ）的扩增。染色体重复时间分析显示，复杂的基因组重排通常发生在诊断之前，支持宏观进化的进化模型，其中大量基因组畸变在短时间内获得，然后进行克隆选择，而不是持续进化。复发性肿瘤的突变特征分析表明，同源修复缺陷 (HRD) 相关的 SBS3 在每个
RB1改变和高级女性的预后不良...
目的：描述高级神经内分泌宫颈癌（NECC）标本中的基因改变状态，并探讨独特基因改变与生存的潜在关联。方法：对神经内分泌宫颈肿瘤注册中心中高级NECC女性的标本的基于肿瘤的分子测试的结果进行了综述和分析。肿瘤标本可以来自原发性或转移性部位，并在初始诊断，治疗或复发时获得。结果：109名高级NECC女性可获得分子测试结果。最常见的基因是PIK3CA（在18.5％的患者中突变），TP53（17.4％）和MYC（14.5％）。确定的其他可靶向变化是试剂盒（7.3％），KRAS（7.3％）和PTEN（7.3％）的变化。患有RB1改变的女性（6.4％）的总生存期中位（OS）为13个月，而没有RB1改变的肿瘤女性为26个月（P = 0.003）。评估的其他基因均未与OS相关。结论：尽管在大多数肿瘤标本中没有发现高级NECC患者的肿瘤标本，但这种疾病的大部分女性至少会有一种可靶向的改变。基于这些基因改变的治疗可以为患有复发性疾病的女性提供其他有针对性的疗法，这些疗法目前的治疗方法非常有限。 携带RB1改变的肿瘤患者的OS减少。可以为患有复发性疾病的女性提供其他有针对性的疗法，这些疗法目前的治疗方法非常有限。携带RB1改变的肿瘤患者的OS减少。携带RB1改变的肿瘤患者的OS减少。
动态强化学习揭示了奖励学习过程中战略的时间依赖性转变
人为时代的生物多样性损失危机需要研究非模型生物的新工具。大象既是一种濒危物种，又是研究复杂表型（例如大小，社会行为和寿命）等复杂表型的出色模型，但它们仍然严重研究。在这里，我们报告了通过化学媒体诱导和菌落选择的两个步骤，然后对大象转录因子Oct4，Sox2，Sox2，sox2，klf4，myc±nanog and Lin28a和MADENATION进行过度表达，然后通过化学媒体诱导和菌落选择过度表达了大象诱导的多能干细胞（EMIPSC）的第一个推导。自Shinya Yamanaka进行重新编程以来，已经报道了来自许多物种在内的许多物种的IPSC，包括功能灭绝的北部白鼻菌，但EMIPSC仍然难以捉摸。对于多种物种，与小鼠和人类（如小鼠和人类）相比，采用了重编程方案，但我们的EMIPSC方案几乎没有变化，但我们的EMIPSC方案需要更长的时间表和抑制TP53扩张基因，这些基因被认为可以在大象中赋予独特的癌症。IPSC解锁了探索细胞命运，细胞和组织发育，细胞疗法，药物筛查，疾病建模，癌症发展，配子发生及其他方面的巨大潜力，以进一步了解我们对这一标志性的巨型巨型。这项研究为遗传拯救和保护的晚期非模型生物细胞模型打开了新的边界。
普达非洛通过以下方式抑制胃癌细胞增殖......
摘要：胃癌是一种恶性肿瘤，目前有效的治疗药物有限。普达非洛在多种癌症中均表现出抗肿瘤作用；然而，它是否可能抑制胃癌生长仍是未知数。本研究的目的是研究普达非洛在胃癌中的作用。使用细胞计数试剂盒-8、菌落形成和细胞周期测定分别检测普达非洛对细胞增殖和细胞周期的作用。使用微阵列检测普达非洛在胃癌细胞中诱导的转录变化。本研究的结果表明普达非洛抑制胃癌细胞增殖和菌落形成。普达非洛在 AGS 和 HGC-27 细胞中的半数最大抑制浓度分别为 2.327 和 1.981 nM。此外，普达非洛治疗可诱导 G 0 /G 1 细胞周期停滞。基于微阵列数据的分子分析表明，podofilox 改变了参与细胞周期、c-Myc 和 p53 信号传导的基因的表达水平。微阵列分析和免疫印迹的结果显示，在 GC 组织中高度表达的自噬相关 10 (ATG10) 也被podofilox 下调。为了确定 ATG10 在 GC 中的作用，通过小干扰 RNA 敲低 GC 细胞中的 ATG10，与对照转染细胞相比，这抑制了 GC 细胞的增殖和集落形成。总之，本研究的结果表明，podofilox 可能抑制 GC 细胞增殖
大象诱导多能干细胞的推导
人为时代的生物多样性损失危机需要研究非模型生物的新工具。大象既是一种濒危物种，又是研究复杂表型（例如大小，社会行为和寿命）等复杂表型的出色模型，但它们仍然严重研究。在这里，我们报告了通过化学媒体诱导和菌落选择的两个步骤，然后对大象转录因子Oct4，Sox2，Sox2，sox2，klf4，myc±nanog and Lin28a和MADENATION进行过度表达，然后通过化学媒体诱导和菌落选择过度表达了大象诱导的多能干细胞（EMIPSC）的第一个推导。自Shinya Yamanaka进行重新编程以来，已经报道了来自许多物种在内的许多物种的IPSC，包括功能灭绝的北部白鼻菌，但EMIPSC仍然难以捉摸。对于多种物种，与小鼠和人类（如小鼠和人类）相比，采用了重编程方案，但我们的EMIPSC方案几乎没有变化，但我们的EMIPSC方案需要更长的时间表和抑制TP53扩张基因，这些基因被认为可以在大象中赋予独特的癌症。IPSC解锁了探索细胞命运，细胞和组织发育，细胞疗法，药物筛查，疾病建模，癌症发展，配子发生及其他方面的巨大潜力，以进一步了解我们对这一标志性的巨型巨型。这项研究为遗传拯救和保护的晚期非模型生物细胞模型打开了新的边界。
人工智能分析基因表达数据预测弥漫大 B 细胞淋巴瘤患者预后
目的：我们旨在利用深度学习技术识别弥漫性大 B 细胞淋巴瘤 (DLBCL) 中的新生物标志物。方法和结果：在 GSE10846 系列中执行多层感知器 (MLP) 分析，分为发现 (n = 100) 和验证 (n = 414) 集。根据其对结果预测 (死亡/存活) 的标准化重要性，从总共 54,614 个基因探针中选出前 25 个基因探针。通过基因集富集分析 (GSEA) 确认了与不良预后的关联。在验证集中，通过单变量 Cox 回归分析，ARHGAP19、MESD、WDCP、DIP2A、CACNA1B、TNFAIP8、POLR3H、ENO3、SERPINB8、SZRD1、KIF23 和 GGA3 的高表达与较差的结果相关，而 SFTPC、ZSCAN12、LPXN 和 METTL21A 的高表达与良好的结果相关。多变量分析证实 MESD、TNFAIP8 和 ENO3 为风险因素，而 ZSCAN12 和 LPXN 为保护因素。使用风险评分公式，这 25 个基因确定了两组具有不同生存率的患者，这些生存率与来源细胞的分子分类无关（5 年 OS，低风险 vs. 高风险）：分别为 65% vs. 24%（风险 = 3.2，P < 0.000001）。最后，与已知 DLBCL 标记物的相关性表明，MYC、BCL2 和 ENO3 的高表达与最坏结果相关。结论：通过人工智能，我们确定了一组具有预后相关性的基因。
大象诱导多能干细胞的推导 大象诱导多能干细胞的推导 与深色小胶质细胞相关的综合应力反应促进了小胶质细胞脂肪形成，并有助于神经变性 RNA3DB：用于训练和基准的RNA结构预测的深度学习模型 sparta：... 的可解释功能分类
人为时代的生物多样性损失危机需要研究非模型生物的新工具。大象既是一种濒危物种，又是研究复杂表型（例如大小，社会行为和寿命）等复杂表型的出色模型，但它们仍然严重研究。在这里，我们报告了通过化学媒体诱导和菌落选择的两个步骤，然后对大象转录因子Oct4，Sox2，Sox2，sox2，klf4，myc±nanog and Lin28a和MADENATION进行过度表达，然后通过化学媒体诱导和菌落选择过度表达了大象诱导的多能干细胞（EMIPSC）的第一个推导。自Shinya Yamanaka进行重新编程以来，已经报道了来自许多物种在内的许多物种的IPSC，包括功能灭绝的北部白鼻菌，但EMIPSC仍然难以捉摸。对于多种物种，与小鼠和人类（如小鼠和人类）相比，采用了重编程方案，但我们的EMIPSC方案几乎没有变化，但我们的EMIPSC方案需要更长的时间表和抑制TP53扩张基因，这些基因被认为可以在大象中赋予独特的癌症。IPSC解锁了探索细胞命运，细胞和组织发育，细胞疗法，药物筛查，疾病建模，癌症发展，配子发生及其他方面的巨大潜力，以进一步了解我们对这一标志性的巨型巨型。这项研究为遗传拯救和保护的晚期非模型生物细胞模型打开了新的边界。
Alu 插入变异改变基因转录水平
Alu 是高拷贝数散在重复序列，在灵长类和人类进化过程中积累在基因附近。它们是现代人类结构变异的普遍来源。Alu 插入对基因表达的影响尚不明确，但有些影响与表达数量性状位点 (eQTL) 有关。在这里，我们直接测试多态性 Alu 插入与相同单倍型上的其他变体分离的调控作用。为了筛选具有此类影响的插入变体，我们使用了异位荧光素酶报告基因检测并评估了 110 种 Alu 插入变体，其中 40 多种可能在疾病风险中发挥作用。我们观察到了一系列效应，其中有显著的异常值会上调或下调荧光素酶活性。使用一系列报告基因构建体（包括 Alu 周围的基因组背景），我们可以区分 Alu 破坏另一个调节器的情况和 Alu 引入新调节序列的情况。接下来，我们重点研究了与乳腺癌相关的三个多态性 Alu 基因座，这些基因座在报告基因检测中表现出显著的影响。我们使用 CRISPR 修改内源序列，建立 Alu 基因型不同的细胞系。我们的研究结果表明，Alu 基因型可以改变与癌症风险有关的基因的表达，包括 PTHLH 、 RANBP9 和 MYC 。这些数据表明，常见的多态性 Alu 元素可以改变转录水平并可能导致疾病风险。
聚焦CRISPR-CAS9遗传筛查揭示了USO1是B细胞急性淋巴细胞白血病的脆弱性
转录后基因调节，包括RNA结合蛋白（RBP），最近被描述为癌症的重要机制。我们以前已经确定了一组RBP，这些RBP在B细胞急性淋巴细胞白血病（B-All）中具有高度失调的RBP，其预后较差。在这里，我们试图通过在B-all细胞系中进行重点的CRISPR辍学屏幕来在功能上表征这些失调的RBP基因，从而发现对包括EIF3E，EPRS和USO1在内的多种基因的依赖性。验证了我们的发现，CRISPR/CAS9介导的USO1在MLL易位的B-ALL细胞中造成的破坏可降低细胞生长，促进细胞死亡并改变细胞周期。对USO1缺陷细胞的转录组分析显示，与MTOR信号传导，RNA代谢和MYC靶标有关的途径发生了变化。此外，这些实验样品中USO1调节的基因在B-All患者收集的主要样本中与USO1表达显着，并一致相关。最后，我们发现USO1的损失抑制了来自Cas9 -EGFP小鼠的原代骨髓细胞中MLL的菌落形成。一起，我们的发现证明了一种执行集中的亚基因组CRISPR筛选的方法，并突出了MLL转移的B-All中推定的RBP脆弱性，从而鉴定了该疾病中的潜在治疗靶标。
RAS 介导的肿瘤应激适应及其提供的靶向机会
简介 RAS 通路通过激活调节多种生物过程（包括细胞生长、分裂和分化）的基因来响应外部生长因子。该通路始于生长因子与细胞表面的同源受体结合，导致小 GTPase RAS 的三种异构体（HRAS、KRAS 和 NRAS）的激活。RAS 激活会启动多个信号级联，最终导致转录因子的激活，例如 c-Myc（也称为 MYC）、c-JUN（也称为 JUN）以及 ETS 和 CREB 蛋白（Chang 等人，2003 年）。由于获得 RAS 中的激活突变而导致的 RAS 通路过度激活是恶性转化的起始事件；大约 19% 的癌症患者携带 RAS 基因之一的激活突变（Prior 等人，2020 年）。因此，这种普遍存在的致癌驱动因素为治疗多种癌症亚型提供了一个绝佳的靶点。然而，由于多种原因，在临床环境中抑制 RAS 蛋白已被证明具有挑战性（Choi et al., 2019）。这些原因包括其活性位点隐藏在蛋白质深处，因此无法与小分子结合，其对 GTP 的亲和力高，以及特定 RAS 突变体的结构和水解速率存在差异（Smith et al., 2013; Cagir and Azmi, 2019）。多项研究表明，致癌 RAS 和细胞应激共同驱动肿瘤发生。细胞应激是一把双刃剑，它促进肿瘤发生，但也可能导致细胞