XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemPacBio
各种微生物组的综合宏基因组分析
犬类肠道微生物组是兽医和人类健康研究的关键模型，但由于方法上的变化而出现了不一致的发现。本研究提出了一个三部分的数据集，以阐明DNA提取，底漆选择和测序平台如何影响微生物分析。首先，我们使用五个DNA隔离试剂盒，多个库协议和四个测序平台（Illumina Miseq/Novaseq，Ont Minion，Pacbio Sequel IIE），启用16S RRNA和Shotgun测序技术的直接比较。第二，我们使用Zymo高分子量（ZHMW）和Zymo Magbead（ZMB）提取试剂盒分析了八只共同犬的40个粪便样品，以评估纵向提取效果。第三，我们使用合成模拟群落和人/犬粪便样品评估了三个16S引物系统（标准ONT，PACBIO，并用退化碱基修饰）来量化底漆偏见。通过整合合成和生物学重复，该数据集提供了标准化资源，用于基准生物信息学管道并改善跨研究可比性。该研究生成了75.3FGB的新测序数据：ZHMW- ZMB比较的43.45FGB，22.61FGB用于引物评估，而单样本分析中的9.19FGB。与先验数据的31.5FGB结合在一起，总数据集超过106FGB，包括所有分析输出。这些资源提高了不同实验室工作流程的犬类肠道微生物组研究的方法论透明度和准确性。
桑格生命之树HMW DNA碎片：Covaris g- ...
本协议描述了通过生命HMW DNA提取方案制备的样品中的HMW DNA的离心介导的HMW DNA片段化。该协议使用Covaris g-tube产生8–10 kb尺寸范围的片段。剪切的DNA适用于下游长读取测序，包括超低输入（ULI）库制备后的PACBIO测序。这个过程对于生命树计划中所有分类学组的DNA提取物非常有效。该协议的输出是剪切的DNA，可以使用手动或自动SPRI协议将其针对碎片的DNA清除。
使用 HiFi 制备试剂盒 96 制备全基因组文库
HiFi 制备试剂盒 96 和工作流程专为 NGS 液体处理自动化而设计。因此，该协议旨在描述 SRE、剪切、文库制备酶促反应和珠子清理，以指导自动化方法开发，或在某些情况下进行手动制备。由于自动化仪器之间存在差异，可能需要进行本文未描述的修改，以使协议适应您的特定仪器。请访问 WGS 页面或联系您当地的支持团队，获取具有 PacBio 合格方法的仪器列表。该协议是使用 Hamilton NGS STAR MOA 系统开发的。
白皮书 - 人类疾病研究的全长和单细胞同工型测序
转录本同工型是人类发育和疾病的关键动力。在散装和单细胞转录组中的全长同工型测序可以表征复杂的替代剪接，开放式读取框（ORF）的预测以及鉴定细胞类型特异性，等位基因特异性的同工型表达式。简短的读数只能提供基因级信息，并且通常呈现同工型的不完整或错误组装的表示。PACBIO®ISO-SEQ®方法和Kinnex™试剂盒利用高度准确的HIFI测序来捕获全长的转录本，而无需组装。这可以使同工型水平的转录组进行更高的分辨率图，这对于理解人类生物学和疾病中的功能性细胞多样性和动态表达至关重要。
NBCC下一代测序（NGS）指南
A.基因函数分析基于CRISPR的功能筛选（基因敲除或激活）将基因型的变化连接到表型输出，通常用于查找特定实验条件必不可少的基因。在这些测定中，使用了一个合并的慢病毒单导向（SG）RNA库，其中每个SGRNA都通过唯一的条形码识别。典型的屏幕涉及端点读取，其中NGS鉴定出不同实验条件的细胞群中SGRNA频率的变化。使用Illumina简短读取序列进行分析，以识别和量化每个独特的SGRNA的条形码。可以使用PACBIO Revio系统上的长阅读测序进行确认（如果需要），请确认靶向集成。这还将确定引入等位基因特异性CAS9裂解的任何遗传变异，例如单核苷酸变异（SNV）。B.整个基因组测序我们使用短或长读测序提供整个基因组测序能力。简短的读取测序提供更高的深度，通常更便宜，并且仍然是分析特征良好的基因组的有效途径。使用PACBIO Revio进行的长阅读测序提供了鉴定复杂的结构变化（大插入/缺失，反转，重复和重复以及易位）的优势，并且最适合于从头开始基因组组装以及将单核苷酸聚糖（SNP）逐渐变化为单位基因组（SNP）。C.来自细胞，组织或器官的大量基因表达分析大量RNA测序（RNA-SEQ）可以使不同条件之间的基因表达分析。可以使用整个转录组，整个外显子组或有针对性的测序选项。用于差异表达分析，使用短阅读技术对转录本（转换为cDNA）进行测序，以识别和量化RNA表达水平。用于映射全长同工型，以识别转录本的剪接变体或替代性开始点和端点或将SNP分配给特定的同工型，因此使用我们的长读PACBIO REVIO测序仪进行分析。D.在RNA或DNA测序之前，单细胞生物学分离单细胞或单核可以使基因表达，染色质结构和拷贝数改变在混合细胞群体内的单细胞水平上进行评估。也可以使用条形码进行谱系跟踪。NBCC中可用的10倍铬平台是核心技术，可以轻松有效地分配单个细胞映射。E.空间分析我们使用纳米弦的GEOMX数字空间分析器耦合到Illumina测序。剖面区域。通过新授予的CFI授予Wrana和Pelletier，我们将从10倍基因组学获得10倍的Xenium和10倍Xenium和visium HD功能。
CEPAMS 新闻简讯 - 2024 年 2 月
Shen 等人 2023 . 小麦蔗糖合酶基因 TaSus1 是决定每穗粒数的因素。Shen 和 Feng，2024 . NIN — 固氮根瘤共生的核心。Zhang 等人 2023 . 表观遗传修饰调节小麦品种特异性根系发育和对氮利用的代谢适应。Zhang 等人 2023 . 利用 PacBio 高保真测序发现小麦结构变异。Zhang 等人 2024 . 揭示 GRP7 在脱落酸信号介导的 mRNA 翻译效率调控中的调控作用。Zhao 等人 2024 . 揭示小麦胚乳发育的机理：表观遗传调控和提高产量和品质的新调控因子。
食品安全世界的快进繁殖
测序和表型技术用于理解基因组变异的高质量参考基因组（请参阅词汇表）是给定农作物中基因组学研究的先决条件，以获得作物性能的准确和准确的结果[2]。高构型变体通过高质量参考基因组的可用性促进，对于基因发现和操纵等遗传研究至关重要。与先进信息学工具的测序技术的“民主化”改善了现有和基因组组件的连续性和完整性。由于单个参考基因组无法捕获物种的所有基因组变异，因此可用于几种农作物的金铂或铂标准参考基因组。长阅读或链接阅读的测序平台，例如PACBIO，10X Chromium和Oxford Nanopore，并补充了来自下一代测序（NGS）的简短读数
桑格生命之树HMW DNA提取：手动magAttract
该方案描述了从多种不同物种的多个不同组织样品中手动提取HMW DNA，不包括植物和真菌，用于使用Qiagen MagAttract HMW DNA提取试剂盒进行长阅读测序。此过程对于生命之树计划所涵盖的各种分类群体都是有效的。该方案对于组织可用性有限的样品特别有用，因为它始终从这些较小的样品中产生的DNA比等效的自动化方法更多。The output of this protocol is HMW DNA, which depending upon yield and the genome size of the species, can be directed towards HMW DNA Pooling, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI HiFi, HMW DNA Fragmentation: Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio or HMW DNA Fragmentation: g-Tube for ULI PacBio.
学术研究助理（M/F/X）-PhD
•关于科学编程的强大知识（C ++ / Python / R，或类似），现代软件工程和有效算法。•可以舒适地使用基于UNIX的操作系统和根据CLI-Tools工作。•关于生物信息学驱动的数据分析原理的强大知识，即以全面的方式处理大型数据集，以便得出可靠有效的结论。•关于分子生物学，人类遗传学，免疫学和神经科学的广泛基本知识。•以前从短读中评估shot弹枪宏基因组学测序的经验（即Illumina）或长阅读平台（即牛津纳米波尔，Pacbio）。•不需要关于如何在实验室操作的知识，尽管对重要的湿lab技术的基本了解肯定是有利的。•独立工作并以结果为导向•与临床医生合作•支持讲座并偶尔在监督下教书•在论文（学士/师父）期间监督学生（学士/师父）