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通过NMR光谱和分子动力学建模
摘要：人类唾液 - 酸性结合免疫球蛋白样凝集素-9（SIGLEC-9）是在几个免疫细胞上表达的糖免疫检查点受体。SIGLEC-9与含糖酸（唾液聚糖）的唾液酸的结合已充分记录，以调节其作为抑制受体的功能。在这里，我们首先使用良好的三维核磁共振（NMR）方法分配了SIGLEC-9 V-SET结构域（Siglec-9 D1）的氨基酸骨架。然后，我们将溶液NMR和分子动力学模拟方法结合在一起，以解释Siglec-9与天然配体α2,3和α2,62,6 siAllyl乳糖胺（SLN）（SLN）（SAIALYL LEWIS X（SALEX）（SALEX）和6-O硫的分子细节，并与两个固定型结合，并将其与两个固定型结合。正如预期的那样，在规范的唾液酸结合位点的F和Gβ链之间容纳了neu5ac。在NEU5AC的C9位置添加杂型支架9 N -5-（2-甲基噻唑-4-基）噻吩磺酰胺（MTTS）会产生与位于Siglec-9的N-末端区域的疏水性残基的新相互作用。同样，在neu5ac的C5位置添加芳族取代基（5- n-（1-二苯基 - 1 H-1 H- 1,2,3-三唑-4-基）甲基（BTC））稳定在SigleC-9中存在长长的B'-c loop的构象。这些结果暴露了负责SIGLEC-9对这两个改良的唾液聚糖的增强的亲和力和特异性的基本机制，并阐明了针对Siglec-9的下一代修改后的Sialoglycans的合理设计。■简介
人乳寡糖：结构和功能
寡糖（来自希腊语ὀλίγοςOlígos，“少数”和σάκχαρSácchar，“糖”）是糖（糖）聚合物，其中包含少量数量（通常为3-10个或更多）单糖（简单糖）。与大多数其他哺乳动物的牛奶不同，人乳是独特的，因为它含有高浓度的150多种不同且结构上不同的寡糖。实际上，对于5-15 g/L，成熟牛奶中的人牛奶寡糖（HMO）的总浓度通常超过人奶蛋白的总浓度，使HMOS成为仅次于简单的牛奶糖乳糖和脂质的第三大分子，而不是计算水[1]。HMO包含多达5个不同的构建块（单糖）：葡萄糖（GLC），半乳糖（GAL），N-乙酰基葡萄糖胺（GLCNAC），Fucose（FUC）和唾液酸（SIA）。根据使用了哪些构建块以及如何将它们链接在一起[1]，从而生成不同的HMO。图1a显示了HMO结构组件的蓝图。所有HMO在还原端携带乳糖（GALβ1-4GLC）。乳糖可以通过二糖乳糖-N-生物（GALβ1–3GLCNAC）或n-乙酰氨基胺（GALβ1-4GLCNAC）的添加来拉长。乳糖或细长链可以用唾液酸在α2-3-或α2-6-链接中修饰，在α1-2-，α1-3-或α1-3-或α1-4链接中进行葡萄糖基化，从而大大扩展了HMO结构组合的多样性。对于外部，每种唾液酸单糖都包含一个羧基，并引起对HMO分子的负电荷，从而改变了其结构特性。HMO结构通常决定其功能[2]。尽管HMO组成遵循基本的蓝图和150多个不同的HMO，但迄今已确定了150多个不同的HMO，但重要的是要注意，每个女性都合成并分泌出不同的HMO组成曲线，在不同女性之间有很大的不同（图1b），但在同一妇女的哺乳过程中保持相当恒定[3]。到目前为止，我们的实验室已经分析了从世界各地女性收集的10,000多个牛奶样本中的HMO组成，作为各种协作项目的一部分。图1C列出了主成分（PC）图中的某些数据，再次强调了女性之间的HMO组成图谱有所不同，但也存在明显的HMO剖面簇或HMO lactotypes。
小儿神经病学
背景：Kearns-Sayre综合征（KSS）是由线粒体DNA（MTDNA）的重复和/或缺失引起的，通常是基于经典的经典症状来诊断的，该症状经典的慢性渐进性外部外科治疗（CPEO）（CPEO）（CPEO），视网膜炎），年龄在20岁之前。本研究旨在诊断两名患者，以怀疑KSS。方法：其中一名患者经过了诊断性的奥德赛，在遗传上确定诊断之前，来自血液和肌肉的几个mtDNA分析的正常结果。结果：两名患者在脑脊液（CSF）中表现出增加的tau蛋白和低5-甲基四氢叶酸（5-mTHF）水平。在CSF样品上未靶向的代谢组学还显示出游离唾液酸和鞘磷脂C16：0（D18：1/C16：0）的水平，与四个对照组相比（与线粒体疾病，非注射型疾病，非骨骼疾病，低5-mthf，或增加5-mthf和tau蛋白相比， 。 结论：这是升高的鞘磷脂C16：0（D18：1/c16：0）和KSS中的Tau蛋白。 使用未靶向的代谢组学方法和标准实验室方法，该研究可以对KSS中的代谢有了新的启示，以更好地了解其复杂性。 此外，这些发现可能表明升高的游离唾液酸，鞘磷脂C16：0（D18：1/c16：0）和tau蛋白以及KSS诊断诊断中的新生物标志物的tau蛋白以及低5-mTHF。 ©2023作者。 由Elsevier Inc.出版 这是CC下的开放访问文章（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）。。 结论：这是升高的鞘磷脂C16：0（D18：1/c16：0）和KSS中的Tau蛋白。 使用未靶向的代谢组学方法和标准实验室方法，该研究可以对KSS中的代谢有了新的启示，以更好地了解其复杂性。 此外，这些发现可能表明升高的游离唾液酸，鞘磷脂C16：0（D18：1/c16：0）和tau蛋白以及KSS诊断诊断中的新生物标志物的tau蛋白以及低5-mTHF。 ©2023作者。 由Elsevier Inc.出版 这是CC下的开放访问文章（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）。。结论：这是升高的鞘磷脂C16：0（D18：1/c16：0）和KSS中的Tau蛋白。使用未靶向的代谢组学方法和标准实验室方法，该研究可以对KSS中的代谢有了新的启示，以更好地了解其复杂性。此外，这些发现可能表明升高的游离唾液酸，鞘磷脂C16：0（D18：1/c16：0）和tau蛋白以及KSS诊断诊断中的新生物标志物的tau蛋白以及低5-mTHF。©2023作者。由Elsevier Inc.出版这是CC下的开放访问文章（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）。
基于两种受体的 SARS-CoV-2 策略的计算机模拟证据
我们提出了一种新颖的数值方法，能够有效确定蛋白质表面各部分之间的互补关系。这种创新而通用的程序基于用 2D Zernike 多项式表示分子等电子密度表面，可以快速定量地评估相互作用蛋白质之间的几何形状互补性，而这在以前的方法中是无法实现的。我们首先用大量已知蛋白质复合物数据集测试了该方法，在结合位点的盲识别中获得了 0.76 的 ROC 曲线下总面积，然后将其应用于研究 SARS-CoV-2 的刺突蛋白与人类细胞受体之间相互作用的特征。我们的结果表明，SARS-CoV-2 使用了双重策略：除了已知的与血管紧张素转换酶 2 的相互作用外，其刺突蛋白还可以与上呼吸道细胞的唾液酸受体相互作用。
靶向选择素，siglecs和哺乳动物聚糖
聚糖参与细胞和有机生物学的基本方面，例如受体介导的细胞与正常过程和病原过程的基础的细胞相互作用。的确，细胞表面上的聚糖的致密层（糖蛋白）可以从某些细胞上的质膜延伸超过30 nm。细胞表面蛋白因此被嵌入在聚糖基质中。聚糖的各种功能与它们的各种结构相匹配。Glycans can be conjugated to proteins (to form glycoproteins , proteoglycans and glycosylphos- phatidylinositol (GPI)-anchored proteins) and lipids (to form glycolipids), or they can be secreted without conju- gation to other macromolecules (in the form of glycos- aminoglycans such作为透明质酸）。In humans, glycans are primarily constructed from ten monosaccharides: glucose (Glc), galactose (Gal), N -acetylglucosamine (GlcNAc), N -acetylgalactosamine (GalNAc), fucose (Fuc), xylose (Xyl), sialic acid (Neu5Ac), glucuronic acid (GlcA), mannose (Man) and id酸酸（IDOA）。通过与内质网和高尔基体相关的酶，将这些单糖的组装到聚糖中。单糖通过一种糖的异构碳和另一种羟基的糖苷碳连接在一起。糖苷键相对于异体碳（α与β）的方向影响聚糖的整体形状。因此，例如，乳糖galβ1-4Glc的符号是指通过葡萄糖C4上的β-糖苷键与羟基的半乳糖相关的。仅考虑这些因素，就有
口服可食用的鸟巢补充的安全性和功效
营养补充剂越来越多地生产并用于动物的营养益处，改善生理功能和增强健康[9，10]。例如，Li等人。[7]发现，用50 g l-citrulline补充Yili马的饮食增加了精氨酸和瓜氨酸的血浆浓度，从而改善了运动性能。可食用的鸟巢[EBN]是Swiftlet物种的唾液分泌物中的一种产品，是中国人中有价值的产品，由于其药物和营养特性，已被消耗了几个世纪，包括抗衰老，抗氧化，抗氧化，抗癌和抗炎[11，12]。EBN富含唾液酸（SA），它是一种具有代谢增强和抗氧化特性的生物成分，对马健康具有积极影响[12]。虽然营养补充剂通常用于增强赛马的健康和性能，但在阿拉伯种族种马中补充（EBN）补充的安全性和功效的研究有限，尤其是在减少运动引起的炎症和支持免疫功能方面。
藻类伙伴的热应激阻碍了定植成功并改变了刺胞动物-藻类共生体中的藻类细胞表面糖基化
摘要 珊瑚的生态成功归功于它们与甲藻 (Symbiodiniaceae) 的共生关系。虽然人们对热应激对这种共生关系的负面影响进行了深入研究，但对热应激如何影响共生关系的开始和共生体特异性的研究较少。在这项工作中，我们使用模型海葵 Exaiptasia diaphana (通常称为 Aiptasia) 及其本地共生体 Breviolum minutum 来研究热应激对藻类对 Aiptasia 的定殖以及藻类细胞表面糖组的影响。热应激导致藻类对 Aiptasia 的定殖减少，这并不是由于藻类运动或氧化应激等混杂变量造成的。利用质谱分析和凝集素染色，我们鉴定出热诱导的聚糖富集（以前发现与自由生活的藻类菌株有关，高甘露糖苷聚糖），同时鉴定出与共生藻类菌株有关的聚糖（半乳糖基化聚糖）减少。我们还鉴定出特定唾液酸聚糖的差异富集，尽管它们在这种共生关系中的作用仍不清楚。我们还讨论了用于分析藻类细胞表面糖组的方法，评估了当前的局限性，并为藻类-珊瑚糖生物学的未来工作提供了建议。总体而言，这项研究深入了解了压力如何通过改变共生生物伙伴的糖组来影响刺胞动物与其藻类共生体之间的共生关系。
基础编辑纠正常见的salla病slc17a5 c.115c> t变体
自由唾液酸储存障碍（FSASD）是由SLC17A5基因的病原体变异引起的，该基因编码了lyso- somal跨膜蛋白sialin。sialin的损失或缺乏效率会损害FSA从溶酶体中传输，导致细胞功能障碍和神经系统障碍，最严重的FSASD形式导致童年时期死亡。目前尚无FSASD的疗法。在这里，我们评估了针对创始人变体的CRISPR-CAS9介导的定向修复（HDR）和腺嘌呤基础编辑（ABE）SLC17A5 C.115C> t（P.Arg39cys）在人类皮肤上的效果。We observed min- imal correction of the pathogenic variant in HDR samples with a high frequency of undesired insertions/deletions (indels) and signi fi cant levels of correction for ABE-treated samples with no detectable indels, supporting previous work showing that CRISPR-Cas9-mediated ABE outperforms HDR.此外，ABE治疗纯合或复合杂合子SLC17A5 c.115c> t人类皮肤纤维细胞降低了FSA的显着减少，以支持疾病病理学的改善。将这种安倍策略转换为携带slc17a5 c.115c> t变体的小鼠胚胎纤维细胞概括了这些结果。我们的研究将基础编辑作为FSASD变体SLC17A5 c.115c> t的治疗方法的可行性，并突出了基础编辑在单基因疾病中的实用性，而单基膜蛋白功能受损。
甲型流感病毒血凝素：从经典融合抑制剂到抗病毒药物研发中以嵌合体为基础的蛋白水解靶向策略
流感病毒糖蛋白血凝素 (HA) 参与病毒颗粒附着到宿主细胞膜受体和膜融合的关键步骤。由于其在甲型流感感染的初期起着至关重要的作用，HA 成为寻找新型类药物候选物的有希望的靶标。鉴于其在甲型流感感染早期的关键作用，过去几十年来，人们一直在大力开展针对 HA 的药物研发工作。药物研发研究主要依赖于阻止球状头部 (GH) 结构域中的受体结合位点识别唾液酸单元，或阻止病毒和细胞膜融合所需的构象重排。本文旨在总结以 HA 为靶点的小分子融合抑制剂的开发进展。为此，我们将主要关注与融合抑制剂结合的 HA 的 X 射线晶体结构分析。此外，本研究还旨在强调利用结构信息与分子建模技术来辨别融合抑制剂的作用机制以及协助设计和解释新型先导化合物的构效关系的努力。最后一部分将致力于阐明从已知小分子抗病毒药物转化为基于蛋白水解靶向嵌合体 (PROTAC) 的靶向蛋白质降解开始的新型和有前景的抗病毒策略。这些知识将有助于开发经典和新型的基于结构的抗病毒策略，同时更深入地了解作用机制并尽量减少耐药性的影响。
llms and rag用于金融科技域中的财务数据
摘要：粘蛋白O-聚糖siAllyl TN抗原（STN，NEU5ACα2-6GALNACα1 -O -ser/Thr）是与不同类型的癌症相关的抗原，通常与转移和较差的预后风险有关。尽管努力开发具有高特异性和免疫疗法特异性的抗STN抗体，但引发高糖结构的高亲和力抗体的挑战限制了它们的有效性，导致滴度较低和较短的保护持续时间。缺乏对抗STN抗体特异性的实验结构见解，阻碍了它们对癌细胞识别的优化。在这项研究中，我们使用了一种全面的结构方法，结合了X射线晶体学，NMR光谱，计算方法，聚糖/糖肽微阵列和生物物理技术，以彻底研究L2A5的STN识别分子基础L2A5，这是一种新型的抗细流的抗细胞抗细胞抗抗细胞Monoclonal Antoclonal antibody（MAB）。我们的数据明确地表明，L2A5片段抗原结合（FAB）特异性结合了核心STN部分。nmr和X射线结构数据提出了与Ser或Thr和L2A5 Fab相关的STN部分形成的复合物的相似结合模式。糖部分类似地在mAb的副群中定向，而neu5ac部分建立了与受体和Galnac部分的密钥相互作用，提供了其他接触。此外，L2A5对与癌症相关的MUC1和MUC4粘蛋白衍生的STN糖肽表现出良好的特异性，这可能有助于其对肿瘤细胞的选择性靶向。关键字：聚糖，唾液酸，抗体，NMR，X射线晶体学■简介这种新发现的知识有望在诊断和针对STN表达癌症（例如乳腺癌，结肠直肠癌和膀胱癌）的诊断中的合理改善和潜在应用，从而改善患者护理。