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使用Maboss
由于实验技术的发展以及数据的积累，生物学和分子过程的积累可以描述为信号通路的复杂网络。这些网络通常是定向和签名的，其中节点代表实体（基因/蛋白质）和箭头相互作用。通过将动态层添加到它们中，它们被转化为数学模型。这种数学模型有助于理解和解释非直觉的实验观察结果，并预测对外部干预措施（例如药物对表型的影响）的反应。存在一些用于建模信号通路的框架。适当框架的选择通常是由实验环境驱动的。在这篇综述中，我们提出了Maboss，这是一种基于连续时间方法基于布尔建模的工具，该工具可以预测不同生物学环境中实体的时间依赖性概率。Maboss最初是为了建模非相互作用的均匀细胞弹出中的细胞内信号传导。maboss，以改编成模型的异质细胞群体（Ensemblemaboss）。为了解决更复杂的问题，Maboss扩展了以模拟动态相互作用的种群（UPMABOSS），并具有精确的空间分布（Physiboss）。为了说明所有这些描述级别，我们展示了如何将这些工具中的每一种都用于一个简单的细胞命运决策模型的示例。最后，我们介绍了癌症生物学和免疫反应研究的实际应用。2022由Elsevier B.V.代表计算和结构生物技术的研究网络发布。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
犬口服黑色素瘤基因组和转录组研究定义了两个具有不同治疗靶标的分子亚组 使用带有音频嵌入的EEG信号的跨个体情感检测
由多囊蛋白-1 Shristi Pawnikar 1，Brenda S. Magenheimer 2,4，Ericka Nevarez Munoz 3，Robin L. Maser 2,3,4 * *和Yinglong Miao 1， * 1， * 1计算生物学和Yinglong Miao Center of Cormology and Sciendress，Kans Simplyrence，Simplyrence，Simplyrence，Simplyrence，Simplyrence，Simplyrence，Simplyrence，Simplyrence，Simplyrence; 2生物化学和分子生物学部门，3个临床实验室科学，以及4个Jared Grantham肾脏研究所，堪萨斯大学医学中心，堪萨斯城，堪萨斯州66160。*信函电子邮件：rmaser@kumc.edu and miao@ku.edu
单分散人工中的定向信号级联...
Sunidhi C Shetty †、Naresh Yandrapalli †、Kerstin Pinkwart †、Dorothee Krafft ¶、Tanja Vidakovic-Koch ¶、Ivan
自我更新信号通路和分化...
摘要。多形性胶质母细胞瘤 (GBM) 是一种原发性脑肿瘤，死亡率高，从初次诊断开始的中位生存期约为 14 个月。尽管目前可用的治疗方法取得了进展，但 GBM 的治疗仍然是姑息性的。GBM 包含 GBM 干细胞 (GSC) 亚群，它们具有许多神经干/祖细胞特征，例如干细胞标志物的表达、自我更新和多谱系分化能力，从而导致这些肿瘤的异质性和复杂性。GSC 可能与肿瘤发生有关，它们被认为是肿瘤形成的驱动力，因为它们具有肿瘤增殖潜力并对放射疗法和化学疗法表现出优先抵抗力。靶向癌症干细胞中的自我更新信号通路可以有效减少肿瘤复发并显着改善预后。本综述的目的是总结目前对 GSC 自我更新信号通路的认识，并讨论未来设计分化疗法的潜在靶向策略。
癌症中 Wnt 信号通路的最新进展
Wnt基因在小鼠的正常胚胎发育过程中起着重要作用，它控制着胚胎的轴向发育（1）。Wnt信号通路对细胞增殖、分化、凋亡和迁移的调控至关重要。Wnt基因或Wnt通路成分的突变可导致胚胎发育异常和癌症形成，包括细胞增殖、分化和转移（2）。随着肿瘤生物学的不断发展，发现肿瘤细胞中Wnt通路被异常激活，主要表现在三个方面：组成Wnt通路的蛋白质和转录因子被破坏；更多的Wnt信号使通路活跃，细胞过度增殖；细胞内其他因素通过Wnt通路刺激细胞产生异常反应。此外，β-catenin细胞核内不同比例的突变和不同的
雌激素信号通路重新编程前列腺......
引言前列腺癌 (PCa) 是 112 个国家/地区中男性最常见的癌症 (1)。这种疾病高度依赖于雄激素受体 (AR)，这是一种转录因子，可调节 PCa 细胞生长和存活所必需的几种生物途径。值得注意的是，AR 调节癌细胞代谢以合成能量，例如促进糖酵解、线粒体呼吸和脂肪酸 β 氧化，以及诱导癌细胞增殖 (2-5)。PCa 细胞对 AR 活性的这种依赖性是治疗 PCa 的激素疗法要么通过雄激素剥夺疗法 (ADT) 靶向这些激素的产生，要么使用抗雄激素靶向 AR 信号通路 (2, 5) 的原因。肿瘤细胞最初对这些治疗反应良好，但
破译MTOR信号传导的复杂作用和...
哺乳动物/mTOR是丝氨酸 - 硫代激酶。它控制了哺乳动物细胞的许多重要功能，例如细胞存活和蛋白质合成[4]。在2000年代初期，神经科学家开始对MTOR目标的兴趣。4E结合蛋白和P70核糖体S6蛋白激酶1最初研究[5]。在确定MTOR在神经元形态发生，生存和分化中的作用后不久，靶标开始流行，许多科学家在PD和Alzheimer病（AD）等不同疾病中观察到了其在不同疾病中的作用。与MTOR相关的生理状况和神经病理列表迅速增加，但是对MTOR调节及其神经元中其细胞效应子的透彻了解仍然难以捉摸。自噬，翻译，细胞信号传导，转录和细胞骨架动力学都受MTOR活性变化的影响[6]。根据新的研究，MTOR的过表达与PD的发病机理有关[7,8]。结果，mTOR可能是PD的可能治疗靶标之一[9]。MTOR活动很有争议。它具有
细胞琥珀酸酯代谢和炎症中的信号传导
琥珀酸酯传统上被视为三羧酸（TCA）周期的中间体，已成为炎症的关键介体。TCA周期内的破坏导致琥珀酸酯在线粒体基质中的积累。这种多余的琥珀酸酯随后扩散到细胞质中，并释放到细胞外空间中。升高的胞质琥珀酸盐水平通过抑制丙酰羟基酶稳定缺氧诱导因子1 A，从而增强了炎症反应。值得注意的是，琥珀酸酯还通过在免疫细胞上吸收琥珀酸酯受体1来细胞外作为信号分子，从而调节其促炎或抗炎性活性。琥珀酸水平的改变与各种炎症性疾病有关，包括类风湿关节炎，炎症性肠病，肥胖和动脉粥样硬化。这些关联主要是由于夸张的免疫细胞反应。鉴于其在炎症中的核心作用，靶向琥珀酸盐途径为这些疾病提供了有希望的治疗途径。本文对琥珀酸盐参与炎症过程进行了广泛的评论，并突出了未来研究和治疗可能性发展的潜在目标。
Wnt/β-catenin信号传导和对免疫的抗性...
摘要：肺癌是全球与癌症相关死亡的主要原因。没有驱动器基因突变的晚期非小细胞肺癌（NSCLC）的护理标准是抗PD-1/PD-1/PD-L1抗体和化学疗法的组合，或抗PD-1/PD-1/PD-L1抗体和抗CTLA-4 -4抗体与非化学疗法的组合。尽管在组合治疗的早期阶段，疾病进展的病例比单独使用抗PD-1/PD-L1抗体的病例较少，但只有大约一半的患者具有长期反应。因此，有必要阐明对免疫检查点抑制剂的抗性机制。最近关于此类机制的报道包括降低癌症细胞免疫原性，主要的组织相容性复合物的丧失，功能失调的肿瘤内膜干扰素-γ信号传导以及致癌信号传导，导致免疫补习。在其中，Wnt/β-蛋白酶途径是免疫逃逸和对免疫检查点抑制剂抗性的显着潜在机制。在这篇综述中，我们将总结有关NSCLC和其他癌症中这些抗性机制的发现，重点是Wnt/β -catenin信号传导。首先，我们将回顾Wnt/β -catenin信号传导的分子生物学，然后讨论它如何诱导免疫修复和对免疫检查点抑制剂的抗性。我们还将描述免疫检查抑制剂耐药性的其他各种机制。最后，我们将提出克服这些机制的治疗方法。