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癌症将直接影响超过三分之一人口的生活。DNA损伤反应 (DDR) 是一个复杂的系统，涉及损伤识别、细胞周期调控、DNA 修复以及最终的细胞命运决定，在癌症病因和治疗中发挥着核心作用。涉及 DDR 靶向的两种主要治疗方法包括：采用抗癌基因毒性剂的组合疗法；以及合成致死，利用散发性 DDR 缺陷作为癌症特异性治疗的机制。尽管许多 DDR 蛋白已被证明“无法用药”，但基于片段和结构的药物发现 (FBDD、SBDD) 已推进了治疗剂的鉴定和开发。FBDD 已促成 4 种药物（另有约 50 种药物处于临床前和临床开发阶段），而据估计，SBDD 已促成 200 多种 FDA 批准药物的开发。基于蛋白质 X 射线晶体学的片段库筛选，特别是针对难以捉摸或“无法用药”的靶标，可以同时生成命中结果以及蛋白质-配体相互作用和结合位点（正构或变构）的详细信息，从而为化学可处理性、下游生物学和知识产权提供信息。使用一种新型的高通量基于晶体学的片段库筛选平台，我们筛选了五种不同的蛋白质，命中率约为 2 e 8%，晶体结构约为 1.8 至 3.2 Å。我们考虑了当前的 FBDD/SBDD 方法和一些设计针对 DDR 核酸酶减数分裂重组 11（MRE11，又名 MRE11A）、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶 1（APE1，又名 APEX1）和 flap 核酸内切酶 1（FEN1）的抑制剂的示例性结果。© 2020 作者。由 Elsevier Ltd. 出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。
肽：解锁本质上无序蛋白的治疗潜力
围绕二鸟类蛋白蛋白蛋白蛋白蛋白体（包括许多在健康和疾病中至关重要的人）都是IDP的，并且在整体或部分结构上都在结构上不稳定，假设其形状和形式取决于其细胞上下文。在隔离时没有固定结构，它们不适合经典的DrugdiscoveryMethods，而遗传序列则无法准确预测其结构特性。因此，寻找和开发靶向靶向和结合这些蛋白质的严格设计的药物的努力可能会失败。转化生物物理公司peptone正在改变这一切。通过结合实验性生物物理学，原子级别的应用程序，高性能超级计算（HPC）和机器学习（ML），Peptone可以解锁IDP的潜力，并开拓了NovelepelapeuticsAgainStthisEntthisEntthisEntthisEntthisenterelynewlelynewclass的潜力。
片段 - 印第安纳大学印第安纳波利斯分校 ScholarWorks
癌症将直接影响超过三分之一人口的生活。DNA损伤反应 (DDR) 是一个复杂的系统，涉及损伤识别、细胞周期调控、DNA 修复以及最终的细胞命运决定，在癌症病因和治疗中发挥着核心作用。涉及 DDR 靶向的两种主要治疗方法包括：采用抗癌基因毒性剂的组合疗法；以及合成致死，利用散发性 DDR 缺陷作为癌症特异性治疗的机制。尽管许多 DDR 蛋白已被证明“无法用药”，但基于片段和结构的药物发现 (FBDD、SBDD) 已推进了治疗剂的鉴定和开发。FBDD 已促成 4 种药物（另有约 50 种药物处于临床前和临床开发阶段），而据估计，SBDD 已促成 200 多种 FDA 批准药物的开发。基于蛋白质 X 射线晶体学的片段库筛选，特别是针对难以捉摸或“无法用药”的靶标，可以同时生成命中结果以及蛋白质-配体相互作用和结合位点（正构或变构）的详细信息，从而为化学可处理性、下游生物学和知识产权提供信息。使用一种新型的高通量基于晶体学的片段库筛选平台，我们筛选了五种不同的蛋白质，命中率约为 2 e 8%，晶体结构约为 1.8 至 3.2 Å。我们考虑了当前的 FBDD/SBDD 方法和一些设计针对 DDR 核酸酶减数分裂重组 11（MRE11，又名 MRE11A）、无嘌呤/无嘧啶核酸内切酶 1（APE1，又名 APEX1）和 flap 核酸内切酶 1（FEN1）的抑制剂的示例性结果。© 2020 作者。由 Elsevier Ltd. 出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。
靶向转录因子的小分子方法
转录因子活性失调是各种癌症类型的决定性特征。因此，长期以来，针对致癌转录依赖性一直被视为一种潜在的治疗方法。然而，由于转录因子的结构高度无序且缺乏明确的结合位点，它们历来被视为不可治疗的靶点。尽管如此，近年来人们对其药理抑制和破坏的兴趣并未减少。在这里，我们讨论了针对各种转录因子的新型小分子方法。具有不同作用机制的配体，例如抑制剂、分子胶降解剂和靶向蛋白水解的嵌合体，最近在临床前和临床上都取得了成功。我们回顾了这些策略如何克服针对转录因子所带来的挑战。
靶向蛋白质降解和诱导接近
诱导邻近靶向蛋白质降解 (TPD) 是近十年来出现的突破性药物研发策略。1–3 在 TPD 中，无法用药的致病蛋白质被招募并通过泛素-蛋白酶体途径快速破坏和消除，这是蛋白质降解和体内平衡的主要机制。1–5 泛素-蛋白酶体途径是细胞内务管理过程的一部分，通过酶级联发生，导致蛋白质泛素化和随后的降解。4,5 泛素-蛋白酶体系统 (UPS) 是细胞蛋白质降解和维持蛋白质体内平衡的主要机制，是细胞常规内务管理过程的一部分。因此，这意味着 TPD 应用的潜在广度几乎是无限的。UPS 过程涉及酶级联，导致目标蛋白质 (POI) 泛素化。
基于生物聚合物的纳米系统用于将 siRNA 药物输送至乳腺癌等实体肿瘤
摘要：纳米生物聚合物（如壳聚糖、明胶、透明质酸、聚谷氨酸、脂质、肽、外泌体等）输送系统有望解决将 siRNA 药物输送至实体肿瘤（包括乳腺癌细胞）时遇到的生理困难。纳米生物聚合物具有良好的刺激响应特性，因此可用于改进 siRNA 输送平台，以输送至无法用药的 MDR 转移性癌细胞。这些生物聚合物 siRNA 药物可以保护药物免受 pH 降解、细胞外运输和非靶向结合位点的影响，因此适合以控释方式进行药物内化。本综述将讨论多种生物聚合物化合物（如 siRNA 药物输送系统）在 MDR 实体肿瘤（包括乳腺癌）中的应用。
高通量 PROTAC 化合物筛选工作流程，用于在 Orbitrap Astral 质谱仪上进行靶向蛋白质降解，并进行准确的无标记定量
靶向蛋白质降解 (TPD) 是药物发现中一种新兴的变革性策略，它利用细胞蛋白质降解过程来选择性消除有害蛋白质。通过实现与泛素化蛋白酶体系统的诱导接近，小分子促进致病蛋白质的降解，为以前所未有的精度和功效针对多种疾病靶向以前无法用药的蛋白质打开了大门 (图 1)。直接设计能够选择性促进诱导接近的化合物在实践中具有挑战性，因此具有可靠定量准确性的化合物筛选是 TPD 领域药物发现的关键阶段。需要对大量化合物进行准确定量筛选，这使得基于高通量质谱的工作流程成为确保准确鉴定先导化合物的不二选择。
KRAS、BRAF、BRCA1 和 EGFR 突变特异性面板...
针对突变的疗法已成为一种变革性技术，在许多方面，它已成为癌症患者治疗的新范式。早期开发用于治疗非小细胞肺癌的厄洛替尼为 EGFR 治疗铺平了道路，无论肿瘤适应症亚型如何。最近推出的用于治疗 KRAS G12C 突变的 Sotorasib 标志着曾经无法用药的突变的转折点。基因特异性治疗的出现需要重新配置临床前模型，以更有效地代表不同背景和肿瘤适应症人群中的上述突变。3D 模型能够重现癌症的主要特征 - 例如生长、侵袭、免疫浸润和抑制、基质转化、药物扩散以及基因突变特征 - 对于推动快速和可扩展的化合物功效筛选具有重要意义。
2023年中期报告
过去几十年来，癌症生物学取得了巨大进步，阐明了与癌症有关的几条关键细胞通路，包括 Kirsten 大鼠肉瘤 2 病毒致癌基因同源物 (KRAS)、MYC 原癌基因 (MYC)、P53 和视网膜母细胞瘤 (RB)，以及某些免疫检查点，如程序性细胞死亡蛋白 1 或其配体 (PD-(L)1) 检查点和肿瘤代谢通路，这些通路与 70% 以上的癌症发病率有关。然而，这些通路中许多已知靶点包括在肿瘤发生中发挥关键作用的蛋白酪氨酸磷酸酶 (PTP)，如 Src 同源区 2 结构域磷酸酶 2 (SHP2) 和 GTP 酶，如 KRAS，直到最近才被认为是“无法用药的”，因为存在各种药物研发挑战。
