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软物质和生物物质中的拓扑
Luca Tubiana 1 , 2 , ∗ , Gareth P. Alexander 3 , Agnese Barbensi 4 , Dorothy Buck 5 , Julyan HE Cartwright 6 , 7 , Mateusz Chwastyk 8 , Marek Cieplak 8 , Ivan Coluzza 9 , Simon Čopar 10 , David J. Craik 11 , Marco Di Stefano 12 , Ralf Everaers 13 , Patrícia FN Faísca 14 , 15 , Franco Ferrari 16 , Achille Giacometti 17 , 18 , Dimos Goundaroulis 9 , 19 , Ellinor Haglund 20 , Ya-Ming Hou 21 , Nevena Ilieva 22 , Sophie E. Jackson 23 , Aleksandre Japaridze 24 , Noam Kaplan 25，Alexander R. Klotz 26，Hongbin Li 27，Christos N. Likos 28，Emanuele Locatelli 28，29，30，TeresaLópez-León31，Thomas Machon 32，Cristian Micheletti 33，Davide Michieletto 34，34，35，35，Antti niiem 33，33 39，Francesco Nitti 40，Enzo Orlandini 29，30，Samuela Pasquali 42，Agata P. Perlinska 39，Rudolf Podgornik 43，44，45，Raffaello Potestio 1，2拉夫尼克 10,48, 伦佐·里卡 49,50, 克里斯蒂安·M·罗沃 51,52, 安杰洛·罗萨 33, 扬·斯姆雷克 28, 安东·苏斯洛夫 53, 安德烈·斯塔西亚克 54,55, 达尼埃莱·斯蒂尔 40,41, 乔安娜·苏乌科夫斯卡 39, 皮奥特·苏乌科夫斯基 56, 德威特·L·萨姆纳斯 57, 卡斯滕·斯瓦内博格 58, 皮奥特·希姆扎克 56, 托马斯·塔伦齐 59, 鲁伊·特拉瓦索 60, 彼得·维尔瑙 61, 迪米特里斯·弗拉索普洛斯 62,63, 普里莫日·齐赫尔 10,48, 斯洛博丹·尤默 10,48
四氢吡啶肢体抑制剂：结构活性研究和生物学特征
lim激酶，limk1和limk2，已成为开发抑制剂的有希望的靶标，并潜在地治疗多种主要疾病。limk在细胞骨架重塑中起着至关重要的作用，作为Rho-GTPase家族的小G蛋白的下游效应子，以及作为肌动蛋白去聚合因子Cofilin的主要调节剂。在本文中，我们描述了新型四氢吡啶吡咯吡汀limk抑制剂的概念，合成和生物学评估。同源性模型首先是为了更好地说明初步化合物的结合模式并解释生物学活性的差异。产生了60多种产品的文库，并在中低纳莫尔范围内测量了体外酶促活性。然后在Cofilin磷酸化Inhi Bition的细胞中评估了最有希望的衍生物，这导致了52的鉴定，该鉴定在激酶选择性面板中对LIMK表现出极好的选择性。我们还证明了52个通过干扰肌动蛋白丝影响细胞细胞骨架。使用该衍生物使用三种不同细胞系的细胞迁移研究对细胞运动表现出显着影响。 最后，解决了与52复合的Limk2的激酶结构域的晶体结构，从而大大改善了我们对52和Limk2活性位点之间相互作用的概念。 报告的数据代表了开发更有效的肢体抑制剂以用于未来体内临床前验证的基础。使用该衍生物使用三种不同细胞系的细胞迁移研究对细胞运动表现出显着影响。最后，解决了与52复合的Limk2的激酶结构域的晶体结构，从而大大改善了我们对52和Limk2活性位点之间相互作用的概念。报告的数据代表了开发更有效的肢体抑制剂以用于未来体内临床前验证的基础。
在炎症性风湿病中经济高效地使用生物和靶向合成 DMARD 需要考虑的要点：综合评估的结果
摘要 目的 制定基于证据的考虑要点，以便在治疗炎性风湿病（特别是类风湿性关节炎、银屑病关节炎和中轴型脊柱关节炎）时经济有效地使用生物和靶向合成的抗风湿药物 (b/tsDMARDs)。 方法 按照 EULAR 程序，成立了一个国际工作组，由来自七个欧洲国家的 13 位风湿病学、流行病学和药理学专家组成。通过个人和小组讨论，确定了 12 种经济有效使用 b/tsDMARD 的策略。对于每种策略，都在 PubMed 和 Embase 上系统地搜索相关的英文系统评价，对于六种策略，另外还搜索随机对照试验 (RCT)。纳入了 30 项系统评价和 21 项 RCT。根据证据，工作组使用德尔菲程序制定了一套总体原则和考虑要点。确定了每个要考虑的要点的证据等级（1a–5）和等级（A–D）。以匿名方式对同意等级（LoA；0（完全不同意）至 10（完全同意）之间）进行个人投票。结果工作组就五项总体原则达成一致。对于 12 种策略中的 10 种，证据足以形成一个或多个要考虑的要点，总共达到 20 个，涉及反应预测、药物处方集使用、生物仿制药、负荷剂量、低剂量初始治疗、同时使用常规合成 DMARD、给药途径、药物依从性、疾病活动指导的剂量优化和非医疗药物转换。10 个要考虑的要点（50%）得到了 1 级或 2 级证据的支持。平均 LoA（SD）在 7.9（1.2）和 9.8（0.4）之间变化。结论 这些需要考虑的要点可用于风湿病学实践，并补充炎症性风湿病治疗指南，以纳入 b/tsDMARD 治疗的成本效益。
基于纵向微生物组数据的深度学习插值为生物学上信息发现
1 Department of Biostatistics, Gillings School of Global Public Health, University of North 8 Carolina at Chapel Hill 9 2 School of Computer Science, Carnegie Mellon University 10 3 North Carolina School of Science and Mathematics 11 4 Research Computing, University of North Carolina at Chapel Hill 12 5 Melbourne Dental School, The University of Melbourne 13 6 Department of Radiology, School of Medicine, University of North Carolina at Chapel Hill 14 7 Department北卡罗来纳大学亚当斯牙科诊断科学诊断科学学院15号教堂山16 8 16 8儿科牙科和牙科公共卫生系，亚当斯牙科学院，北卡罗来纳大学17号教堂山大学17号教堂山18 9 9 9 9 9北卡罗莱纳州吉尔林斯大学，北卡罗莱纳大学吉尔林斯大学，北部19级卡罗莱纳大学，教堂山脉教育部。北卡罗来纳州21号教堂山22
酣睡：摇篮曲作为音乐神经生物学效应的测试案例 Akkermann, M.; Akkaya, UC; Dermiel, C.; Pfluger, D.; Dresler, M. 2021
Carr, D. (2006)。音乐对于道德和精神修养的意义。音乐教育哲学评论，14（2），103 – 117。 Chao, YR (1956)。汉语的声调、语调、歌唱、吟诵、宣叙调、调性作曲和无调性作曲。收录于 M. Halle、HG Lunt、H. McLean 和 CH Van Schooneveld (Eds.) 为罗曼·雅各布森：六十岁生日论文集（第 52 – 59 页）。 Morton。Lai, TC 和 Mok, R. (1981)。玉笛：中国音乐的故事。斯温顿书。 Lindqvist, C. (2006)。秦。Albert Bonniers。 Liu, J. (2014)。古典儒家的音乐艺术与美学。收录于 V. Shen (Ed.)，《道与古典儒家哲学》（第 227 – 244 页）。Springer。https:// doi.org/10.1007/978-90-481-2936-2_10 。Pian, RC (2000)。声调和声调：将音乐元素应用于中文词语。《汉语语言学杂志》，28 (2)，181 – 200。Ross, D., Choi, J., & Purves, D. (2007)。语音中的音乐间隔。《美国国家科学院院刊》，104 (23)，9852 – 9857。https://doi.org/10.1073/pnas。0703140104 。Schellenberg, M. (2012)。在声调语言中，语言决定音乐吗？民族音乐学，56（2），266 – 278。 Tien，A。（2015）。中国音乐的语义学：分析选定的中国音乐概念。John Benjamins。 Van Gulik，RH（2011）。中国琵琶传说（第 3 版）。兰花出版社。 Wang，WS-Y。（1973）。汉语。科学美国人，228（2），50 – 63。 Wee，L.-H。（2007）。揭示普通话声调与音乐旋律的关系。汉语语言学杂志，35（1），128 – 144。
富含Hermetia Illucens幼虫的局部面粉制定的鱼饲料的营养和微生物质量
在水产养殖中，饲料代表了生产成本的主要组成部分，该部门的发展取决于符合鱼类的定性和定量要求的经济饲料公式的发展。这项研究的目的是确定富含伊利米氏菌幼虫的局部面粉制定的鱼饲料的营养和微生物质量。用于配方的原材料是鱼粉，玉米粉，低级米饭，大豆餐和Hermetia Illucian nive幼虫餐。用0％，10％，25％，35％，50％，65％，75％和100％纳入Hermetia Illucens illucens幼虫粉作为替代鱼粉的代替，制备了不同的蛋白质饲料成分。使用标准方法确定这些面粉的生化和微生物分析。结果表明，幼虫粉的掺入对生物化学特征灰分（8.15％至20.27％），脂质（11.55％至24.94％），纤维（13.93至20.41％）和各种形式料的纤维（89.65至91.19％）。粪便链球菌的负载，atephylo-cocci，aeromonas，酵母和霉菌的负载范围为2.4至4.9 log 10 cfu/g； 3.6至3.9 log 10 cfu/g; 2.2至2.7 log 10 cfu/g; 2.1至2.3 log 10 cfu/g，分别是分解的。这些面粉的污染水平低于适用于动物饲料的微生物学标准。用0％和10％的hermetia illucens幼虫制定的饲料表现出最佳的营养和微生物特征。这些结果表明，富含Hermetia Illucens幼虫的面粉可用于鱼饲料。
综合，Chalcones的生物学活性和新颖的4- ...
杂环chalcone。在盐酸盐胺存在下，这些chalcone被用作合成氧气的起始物质。通过IR，1 H NMR，13 C NMR和ESI-MS，HRMS光谱分析证实了合成化合物的结构。通过DPPH•方法评估了所有合成化合物的抗氧化活性，并通过磁盘扩散法对两种革兰氏阴性细菌，一种革兰氏阳性细菌和两种真菌菌株（C. belbicans and A.尼日尔）。结果表明，合成化合物没有显示出明显的抗氧化活性。然而，化合物3b，3d，3f，3h，3i表现出优异的抗菌活性，比针对细菌菌株的标准药物更好。金黄色（ATCC 25923）。两种化合物3c，3D证明对真菌应变A非常活跃。尼日尔（MIC = 7.81 µg/ ml，15.62 µg/ ml），而用作参考的抗真菌药物（氟康唑）则无活性。分子对接和分子动力学结果表明，合成化合物，4E，4C和5J参与了与乙酰胆碱酯酶蛋白的活性位点残基有很多有利的相互作用，这些相互作用可以稳定活性部位的配体并增加其亲密关系。
生物弦：高效操纵生物弦
查找回文..........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................11 GENETIC_CODE....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................14 获取序列....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................14 获取序列.................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . ... . . . . . . . . . . . . 19 IUPAC_CODE_MAP . ... .................................................................................................................................................................................................................................................................. 23 longestConsecutive .................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 29 lowlevel-matching .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 30 MaskedXString-class .................................................................................................................................................................. . ... ................. ... . . . 47 matchPDict-inexact . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ... . . . . . . . . . . . . . 67 removed_to_pwalign . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 68 MultipleAlignment-class . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69 needwunsQS . . . . . . . . . . . . . . . ... ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................81 pmatchPattern ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................85 preset_scoring_matrices ..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................86 QualityScaledXStringSet 类。..................................................................................................................................................................................................................................................................................86 replaceAt ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................89 replaceLetterAt ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................93 reverse Complement .. 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..................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................97 seqinfo 方法 .................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. 99 至复杂 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104 xscat . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107 XString 类 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108 XStringPartialMatches 类 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110 XStringQuality-类. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111 XStringSet-类. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113 XStringSet-比较. . . . . . . . . . . . . . . . . ..................................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-class ........................................................................................................................................................................................................................................................129..................................................................................................................................................................................119 XStringSet-io ........................................................................................................................................................................................................................122 XStringSetList-类 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adabmdca：生物学序列的自适应玻尔兹曼机器学习
抽象背景：Boltzmann机器是基于能量的模型，已显示出对进化相关蛋白质和RNA家族的域的准确统计描述。它们是根据局部偏见的参数化，该局部偏向残留物保守性，以及对残基之间的上皮共进化的成对项。从模型参数中，可以提取目标域的三维触点图的准确预测。最近，这些模型的准确性也已根据它们在预测突变效应和在计算机功能序列中产生的能力方面进行了评估。结果：我们对Boltzmann机器学习的自适应实现，ADABMDCA通常可以应用于蛋白质和RNA家族，并根据输入数据的复杂性以及用户需求完成了几个学习设置。该代码可在https：//github。com/anna-pa-m/adabm DCA上完全获得。举例来说，我们已经学习了三台Boltzmann机器模式 - Kunitz和beta-lactamase2蛋白结构域以及TPP-riboswitch RNA结构域。结论：ADABMDCA学到的模型与最先进的技术在此任务中获得的模型相当，就推论触点图的质量以及合成生成的序列而言。此外，该代码同时实现平衡和平衡性学习，这可以在平衡时进行准确而无损的训练，并在统一时间上过于态度，并允许使用基于信息的标准来修剪不相关的参数。
