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磁性粒子成像的进步
组织稳态取决于更新和分化之间命运选择的精确平衡，这在肿瘤开始期间失调。近年来已经取得了很多进展，以表征单细胞水平的细胞命运选择的动力学，但它们的潜在机械基础通常仍不清楚。特别是，尽管物理力越来越被视为细胞行为的调节剂，但对全球组织力学如何与局部细胞命运选择相互作用的统一描述。专注于皮肤表皮作为具有复杂命运选择的多层组织的范式，我们开发了一个基于3D顶点的模型，其基础层中受到限制的增殖，表明空间的力学和竞争自然会引起体内平衡和中性漂移动态，实验可以看到。然后，我们探索引入机械不均匀性的效果，从而使亚群具有不同的张力。我们发现，相对较小的机械差异可以足以使细胞倾斜到对称的更新和指数生长。重要的是，模拟预测，这种机械不均匀性是通过单细胞形状的不同形态变化反映的。这使我们得出了两个非常不同的实验可测量参数，细胞形状和长期克隆动力学之间的主关系，我们使用基本细胞癌（BCC）模型验证了这些基础细胞癌（BCC），这些模型由小鼠尾部表皮中的克隆平滑过表达组成。总的来说，我们提出了一个理论框架，以将机械力，定量的细胞形态和复杂组织中的细胞命运结局联系起来。
Alberto Sogari 医学博士
都灵大学分子肿瘤学实验室。在我攻读医学博士/博士学位期间，我专注于结直肠癌靶向治疗耐药性的获得机制。首先，我参与研究了结直肠癌细胞系中克隆主干突变的依赖性，这些细胞系异质性地进化获得耐药性（结果发表在 Russo et al, Nat Comm 2018 中）。然后，我开始研究结直肠癌持久细胞中适应性突变反应的激活，从分子和功能的角度分析细胞如何调节 DNA 复制和
无细胞的DNA作为成人败血症的预后和诊断生物标志物：系统评价和荟萃分析
对现有疗法的抗药性在实现成功的治疗结果方面引起了严重的关注。替莫唑胺（TMZ）是一种在胶质母细胞瘤疗法中广泛使用的烷基化疗，通常会遇到耐药性，因此需要研究TMZ获得耐药性的基本机制。为了研究TMZ抗性，通过间歇性将胶质母细胞瘤细胞暴露于六个月内TMZ的浓度和时间的增加而产生基于细胞的模型系统。细胞在较高浓度下的存活反应证实了对TMZ抗性细胞，表型向间充质状状态发生了表型转移，上皮性状降低，表明间质上皮上皮过渡（MET）。这种过渡可能有助于抗TMZ耐药细胞的稳定和克隆生长。
CRISPR/Cas9 gRNA 载体
• 并行使用至少两个独立的 gRNA 序列来获得不同的克隆。通过基因组编辑创建的模型使用不同的 gRNA，这些 gRNA 共享靶位点，但不共享脱靶位点，是创建独立重复的绝佳方法。 • 为每个使用的 gRNA 分离多个独立的克隆细胞群。在独立克隆中，脱靶 DSB 发生在相同位点的可能性非常低。 • 虽然很少有实验室有资源进行统计上强大的全基因组测序验证协议（例如 gUIDEseq），但相对容易地为每个您使用的 gRNA 选择几个预测的脱靶序列，然后围绕这些位点进行测序，以确保没有引入脱靶插入/缺失。
奇异变形杆菌泛基因组景观中未表征和谱系特异性的附属基因
摘要 奇异变形杆菌是一种革兰氏阴性细菌，以其独特的群集运动能力和尿素酶活性而闻名。之前对四种菌株的蛋白质组学报告假设，与其他革兰氏阴性细菌不同，奇异变形杆菌可能不会表现出基因含量的显著种内变异。然而，目前还没有对来自各种来源的大量奇异变形杆菌基因组进行全面分析以支持或反驳这一假设。我们对 2,060 个变形杆菌基因组进行了比较基因组分析。我们对从美国三家大型学术医疗中心的临床标本中回收的 893 个分离株的基因组进行了测序，结合了来自 NCBI Assembly 的 1,006 个基因组和从公共域中的 Illumina 读取中组装的 161 个基因组。我们使用平均核苷酸同一性 (ANI) 来划分物种和亚种，使用核心基因组系统发育分析来识别高度相关的 P. mirabilis 基因组簇，并使用全基因组注释来识别模型 P. mirabilis 菌株 HI4320 中不存在的感兴趣基因。在我们的队列中，Proteus 由 10 个已命名的物种和 5 个未表征的基因组物种组成。P. mirabilis 可细分为三个亚种；亚种 1 占所有基因组的 96.7% (1,822/1,883)。P. mirabilis 全基因组包括 HI4320 之外的 15,399 个基因，其中 34.3% (5,282/15,399) 没有推定的指定功能。亚种 1 由几个高度相关的克隆群组成。编码假定面向细胞外的蛋白质的噬菌体和基因簇与克隆群相关。在泛基因组中可以识别出模型菌株 P. mirabilis HI4320 中不存在但与已知毒力相关操纵子具有同源性的未知基因。
5月21日，星期二
p29。Isabelle Becker Megakaryocytes通过Rhoa Boston儿童医院和哈佛医学院P30的下游分泌自噬释放TGFβ1。Joyeeta Chakraborty化学基因植物，以定义Runx介导的转录调节电路Albert Einstein医学院P31。SETBP1中的Samantha Tauchmann突变增加了粒细胞谱系的输出，并激活与增殖相关基因骑士癌症研究所p32的转录。estelle carminita骨髓重塑和促炎性巨核细胞在波士顿儿童医院P33的慢性肾脏病鼠模型中。Nadia Carlesso上调造血干细胞中应力反应途径和镰状细胞疾病中的骨髓生态位。贝克曼研究所P34。sanika gupte中性粒细胞衍生的Sema4a是一种非细胞自动构成的骨髓骨膜自动调节剂，可保留髓样偏置的HSC的干性。弗雷德·哈钦森癌症研究中心P35。Daniel E. Kennedy DNMT3A功能丧失突变会损害感染期间贝勒医学院p36期间免疫记忆和先天细胞效应功能的发展。Alana M. Franceski芯片相关的外在因素，塑造健康的造血干细胞O'Neal综合癌症中心p37。Emily Tsao通过STAU1损失的转录后调节有助于DEL（20q）无序的造血性造血中心玛格丽特玛格丽特癌症中心和多伦多大学P38的造血细胞分化缺陷。patrick Stelmach突变特异性表型DNMT3A突变干细胞在克隆造血中心德国癌症研究中心Alexander Marr BRD4抑制作用在TET2突变的克隆造血的鼠模型中消除了炎症和自我更新。Alexander Marr BRD4抑制作用在TET2突变的克隆造血的鼠模型中消除了炎症和自我更新。
生成杂种 - 肾细胞 - 线 - 使用-Crispr- ...
使用CRISPR/CAS9系统进行基因编辑是一种非常有效的方法，用于在永生细胞系的基因组DNA中产生突变。此过程从一个直接的克隆步骤开始，以生成编码CAS9酶的单个质粒以及合成指导RNA（SGRNA），该质子（SGRNA）被选为靶向基因组中的特定位点。该质粒单独将其转染到细胞中，以通过非同源末端连接途径在所需的基因座上产生随机的插入缺失等位基因（“ indels”），或与同源性的有向修复模板寡核核苷酸一起产生特定点突变。在这里，我们描述了在IMCD3和HEK293细胞中执行基因编辑的程序，并随后分离带有感兴趣的突变的克隆细胞系。
全面的基因组分析而没有妥协
图3。HRR途径研究，具有oncomine综合测定法。（a）42 HRR途径基因覆盖在Comcomine综合测定法中。（b）oncomine综合测定以及样本级别LOH估计值（y轴）与在相同的FFPE样品上的正交测试（X轴），Oncoscan测定法（X轴）相关。测试样品集由来自各种固体组织类型的FFPE样品组成。Pearson相关（R）显示为关联度量。（c）比较HRR途径中21个基因的基因级LOH精度（一致性定义为在Oncoscan分析和Comcomine综合测定Plus中具有LOH的21个基因的比例），在克隆样品中具有89％的平均精度为89％）。内部研发数据。
CD56 在多发性骨髓瘤中的作用
图 1：摘要论文主要发现的图形表示。(A) 多发性骨髓瘤中表达最多的 CD56 亚型会产生一种跨膜蛋白，该蛋白具有细胞外部分和细胞质尾。(B) 左图。与正常浆细胞相比，恶性多发性骨髓瘤细胞中的 CD56 表达更高。右图。存在超过 10% 的表达 CD56 的克隆细胞（克隆大小）与较差的结果相关。(C) 通过过度表达或沉默（基因验证）或使用实验药物（药理抑制）治疗（例如 RSK2 抑制剂 BI-D1870 (RSK2i)、CREB1 抑制剂 666-15 (CREBi) 或来那度胺）对 CD56 的调节会影响多发性骨髓瘤生存。(D) 通过流式细胞术进行 CD56 测试可根据 CD56 克隆大小对患者进行分组。 CD56 高患者对 RSK2i 或 CREB1i 与来那度胺联合使用更敏感。
