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改造植物易感基因，实现持久抗性
为确保世界粮食生产和实现农业的可持续性，我们迫切需要寻找替代方法来保护农作物免受疾病侵害。迄今为止所使用的抗病遗传性抗性大多基于单个显性抗性基因，这些基因介导对入侵者的特定识别，而这种抗性往往会被病原体变体迅速破坏。干扰植物易感性 (S) 基因提供了一种替代方法，可以为植物提供被认为更持久的隐性抗性。S 基因可使植物病害得以发生，而它们的失活为农作物的抗性育种提供了机会。然而，S 基因功能的丧失会产生多效性影响。基因组编辑技术的发展有望提供强有力的方法来精确干扰作物 S 基因功能并减少权衡。
基因和我们的基因组：需要讨论的伦理问题
如果有家族病史或作为人口筛查计划的一部分，NHS 可提供妊娠期基因检测。英国国家筛查委员会决定筛查哪些疾病。尽管私人诊所可提供一些额外检测，但它们不会筛查胎儿或胚胎的整个基因组或外显子组。然而，现在在技术上可以在植入前对胚胎进行全基因组测序。在一个因道德原因受到广泛谴责的案例中，一位科学家还使用有争议的基因编辑技术编辑双胞胎女孩的基因组，使她们对艾滋病毒具有抵抗力。许多科学家认为，这一举措是在基因组编辑必要立法出台之前采取的，中国生物医学研究人员谴责这项工作“疯狂”。
利用 CRISPR 识别蝴蝶基因的功能
医学短片展示了如何使用 CRISPR 和其他生物技术工具来治疗遗传疾病。 • 为了尽量减少课堂时间的使用，学生可以将部分活动作为家庭作业（例如，第 3 部分末尾的 Click & Learn 问题或可选扩展部分）。 • “蝴蝶照片” PDF 包含“学生讲义”中图 2-6 的放大版本。这些图像应以彩色形式展示给学生。如果没有彩色打印，可以将图像投影到屏幕上。另一种选择是在线共享图像。 • 使用 CRISPR 进行基因失活利用了非同源末端连接 (NHEJ)，这是细胞修复双链 DNA 断裂的主要修复过程。学生可能想了解更多关于 CRISPR 如何利用此过程引起突变的信息。在 NHEJ 期间，DNA 的断裂末端被连接在一起并重新连接。这个过程很容易出错，因为有时核苷酸会从断裂的末端丢失并被细胞的修复机制错误地重新添加。如果 DNA 序列被 NHEJ 正确修复，Cas9 将使用向导 RNA 结合到该序列上并再次切割 DNA。尽管细胞可以继续修复 DNA，但 Cas9 将继续切割它，直到细胞最终添加错误的核苷酸，这通常会导致基因失去功能。一旦 DNA 序列出现错误的核苷酸，Cas9 将不再再次切割它，因为向导 RNA 将不再匹配并结合到 DNA 上。
鉴定糖酵解相关的预后基因... 研究批处理系统和Xed床中的吸附动力学... 甜菜中控制螺栓固定耐受性的关键定量特质基因座 来自机构实验室设置的见解
SDC3可以促进肾细胞癌的生长（23）。 在Luminal A和HER2 + BC中，发现高度表达的NUP43与存活不良有关（24）。 Nanba等。 （25）报道CacNA1H突变是产生醛固酮腺瘤的遗传原因之一。 升高的IL13RA1表达与侵入性BC患者的预后不良有关，并且可以作为潜在的预后标记（26）。 此外，SDC1的过表达可以促进BC转移到大脑（27）。 我们的研究目的是研究与糖酵解相关基因和BC预后的表达之间的关系。 我们通过研究数据库下载了相关的基因表达数据，并通过一系列分析将临床数据与样本中的基因表达联系起来，从而SDC3可以促进肾细胞癌的生长（23）。在Luminal A和HER2 + BC中，发现高度表达的NUP43与存活不良有关（24）。Nanba等。（25）报道CacNA1H突变是产生醛固酮腺瘤的遗传原因之一。升高的IL13RA1表达与侵入性BC患者的预后不良有关，并且可以作为潜在的预后标记（26）。此外，SDC1的过表达可以促进BC转移到大脑（27）。我们的研究目的是研究与糖酵解相关基因和BC预后的表达之间的关系。我们通过研究数据库下载了相关的基因表达数据，并通过一系列分析将临床数据与样本中的基因表达联系起来，从而
标题：ETV6 :: Runx1 ...
关键字：ETV6 :: RUNX1，基因组学，白血病，MRD，治疗反应摘要ETV6 :: Runx1白血病是儿童B细胞急性淋巴细胞性白血病的第二大最常见亚型。尽管它通常具有低复发风险，但其发病率相对较高，导致了大部分B-所有复发。最小残留疾病是预测治疗结果的关键生物标志物，而尚未鉴定出基因组生物标志物。在先前的研究中，我们使用多构数据来识别ETV6 :: Runx1全部预测治疗反应的基因组特征。作为延续，我们利用了REH和NALM-6细胞中化学疗法 - 基因相互作用的全基因组CRISPR筛查的多构数据，以研究药物反应调节基因。在这些研究中，确定了影响对化学疗法敏感性的多个基因敲除。将这些发现与患者衍生的数据进行了比较，我们发现基因级CNV与治疗反应较差，尽管在快速响应者中更常见地塞米松的敏感性缺失（p = 0.06）。接下来，我们使用295名患者的全基因组和面板测序检查了SNV和INDELS。治疗反应与转录调节剂和肿瘤抑制基因的突变有关，包括驱动基因ETV6和NF1以及三个基因（KANSL1，INTS1和TP53）与耐药性相关的基因（KANSL1，INTS1和TP53），所有这些基因在慢速响应者中都更为常见（P <0.05）。tp53突变与多药电阻有关，而kansl1和ints1
鉴定免疫原性死亡相关基因...
阿尔茨海默氏病（AD）是全球痴呆症的主要原因，最近的研究强调了免疫原性死亡（ICD）在这种神经退行性疾病的发病机理中的潜在作用。总共包括52例健康对照和64例AD患者。与对照组相比，AD患者表现出2392个差异表达的基因（DEG），其中1015和1377分别上调和下调基因。中，通过将与AD相关的模块基因与DEG和ICD相关基因相交的九个共同基因。基因本体论（GO）分析进一步揭示了“细胞因子产生的阳性调节”是最重要的术语。此外，富集的分子功能主要与炎症体复合物有关，而重叠基因在脂多糖结合中显着富集。基因和基因组（KEGG）分析的京都百科全书还表明，这些重叠基因主要富含免疫，炎症和脂质代谢途径。此外，使用机器学习算法检测到以下四个集线器基因：P2RX7，HSP90AA1，NT5E和NLRP3。这些基因在AD和健康对照组之间表现出显着差异（P <0.05）。此外，这四个基因的曲线值下面的面积均> 0.7，表明它们的AD的潜在诊断值。我们进一步验证了3XTG-AD和C57BL/6J小鼠海马中这四个基因的蛋白质水平，显示了与先前分析的趋势一致的P2RX7和HSP90AA1表达水平。最后，单样本基因集富集分析（SSGSEA）算法通过证明免疫细胞浸润的关键作用及其与HUB基因在AD进展中的联系提供了其他证据。我们的研究结果表明，ICD介导的HSP90AA1和P2RX7水平的升高以及导致TAU高磷酸化和神经炎症的诱导在AD致病机制中至关重要。
对系统变体效应映射的优先基因
动机：临床上罕见的错义变体的致病性解释时，大多数被分类为不确定意义的变体（VUS）。尽管功能分析可以为变异分类提供有力的证据，但这种结果通常不可用。变体效应的多路复用测定可以生成实验性的“变异效应图”，该实验效果图几乎为选定蛋白质靶标的几乎所有可能的错义变体都对蛋白质功能产生影响。然而，这些努力并不总是优先考虑蛋白质的优先蛋白，这些蛋白质对临床变异的解释产生了最大的影响。结果：在这里，我们挖掘了临床解释的变体的数据库，并应用了三种策略，每种策略在上一个建筑物上，以优先考虑基因，以进行系统的功能测试。根据已报告给Clinvar的独特错义VU的数量，策略对基因进行了排名（i）； （ii）通过移动性和重新出现加权冲击评分，可以通过难以调整的影响分数为重新出现，可移动VU和（iii）提供额外的权重，以说明更长期基因的生成变异效应图的较高资源密集型性质。我们的结果可用于指导错义变化的系统功能测试，以更大的影响对临床变异解释。可用性和实施：源代码可用：https：//github.com/rothlab/mave-gene-prioritization联系人联系：robert.nussbaum@invitae.com或fritz.roth@utorento@utoronto.ca补充信息：补充数据可在Bioinformics Online上获得补充数据。
移动colistin耐药基因MCR-1，MCR-2和MCR-3 ...
摘要：结肠素是一种用于治疗多药耐药的革兰氏阴性菌粒的最后一个抗菌剂。表型结肠蛋白抗性高度与质粒介导的移动结肠蛋白抗性（MCR）基因高度相关。MCR - 耐肠杆菌科在许多国家都被发现，随着抗组织素病原体的出现是全球关注的。这项研究评估了MCR-1，MCR-2，MCR-3，MCR-4和MCR-5基因的分布，并在孟加拉国的腹泻婴儿和儿童分离株中具有表型结肠蛋白耐药性。使用API-20E生化面板和16S rDNA基因测序鉴定细菌。聚合酶链反应检测到分离株中的MCR基因变体。通过琼脂稀释剂和E检验确定其对大肠菌素的敏感性，并通过最小的抑制浓度（MIC）测量来确定。根据琼脂稀释评估（MIC>2μg/ml），分离株超过31.6％（71/225）的分离株显示出结肠蛋白酶的耐药性。总体而言，15.5％的分离株携带MCR基因（7，MCR-1； 17，MCR-2； 13和MCR-3，共发生在两个分离株中）。临床突破MIC值（≥4μg/ml）与91.3％的MCR阳性分离株有关。MCR-斑点病原体包括20个spp。，五个志贺氏菌，五个柠檬酸杆菌属，两个克雷伯氏菌肺炎和三个假单胞菌parafulva。MCR基因似乎与表型结肠蛋白抗性现象显着相关（P = 0.000），其中100％抗菌菌素抗性分离株显示了MDR现象。患者的年龄和性别与检测到的MCR变体没有显着关联。总体而言，邦德什已经出现了与MCR相关的抗colist蛋白抗性细菌，该细菌需要进一步的研究来确定其传播并促进活动以降低耐药性。
物理学的定量性状基因座和候选基因...
遗传改进计划需要简单，快速和低成本的工具来筛选大量人群。近红外的反射光谱（NIR）已被证明是一种可靠的技术，可以预测D. alata山药物种中主要的块茎成分。9,10然而，由于光谱是由我们的样品而不是从原始样本产生的，因此该协议需要长时间的样本处理时间，并且仍然很难适用于大量基因型。标记辅助选择可能是促进育种工作的高通量方法。的确，随着新一代测序技术的发展，搜索与互动特征相关的基因组区域变得更加容易。已经对山药进行了一些研究，以阐明块茎质量相关特征的遗传决定论。通过在两个双阶层种群上使用定量性状基因座（QTL）映射方法，已经确定了与重要形态和农艺块茎质量性状相关的几个基因组区域。11在包括八种不同的二若氏种类（包括八种不同的二维体物种）上估算了DMC的遗传力。12在D. alata中进行了全基因组关联研究，可以鉴定与与DMC相关的一些单核苷酸多态性（SNP）标记。13