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植物基因组中的多功能参与者
转座因子 (TE) 是真核生物基因组中不可或缺的组成部分，在基因调控、重组和环境适应中发挥着多种作用。它们在基因组内移动的能力导致基因表达和 DNA 结构变化。TE 是遗传和进化研究的宝贵标记，有助于遗传图谱和系统发育分析。它们还通过促进基因重排（导致新的基因组合）来深入了解生物体如何适应不断变化的环境。这些重复序列对基因组结构、功能和进化有重大影响。本综述全面介绍了 TE 及其在生物技术中的应用，特别是在植物生物学中，由于其广泛的功能，它们现在被认为是“基因组黄金”。本文讨论了 TE 在植物发育中的各个方面，包括其结构、表观遗传调控、进化模式以及它们在基因编辑和植物分子标记中的应用。目标是系统地了解 TE 并阐明它们在植物生物学中的多种作用。
全基因组关联研究的网络分析以确定药物靶点的优先次序
摘要 在过去的几十年中，全基因组关联研究 (GWAS) 导致与人类特征和疾病有关的遗传变异急剧增加。这些进展有望带来新的药物靶点，但从 GWAS 中识别致病基因和人类疾病背后的细胞生物学仍然具有挑战性。在这里，我们回顾了基于蛋白质相互作用网络的 GWAS 数据分析方法。这些方法可以在没有直接遗传支持的情况下对 GWAS 相关位点或疾病基因相互作用因子中的候选药物靶点进行排序。这些方法可以识别出不同疾病中共同受影响的细胞生物学，为药物重新利用提供机会，也可以与表达数据相结合以识别局部组织和细胞类型。展望未来，我们预计这些方法将随着特定情境相互作用网络表征和罕见与常见遗传信号的联合分析方面的进展而得到进一步改进。
对古代基因组研究的社会文化见解
摘要在过去的十年中从古代样品中获得的序列数据量大大扩展，因此现在可以使用古代DNA解决的问题类型。在人类历史领域，虽然古代DNA为有关人的主要运动的长期辩论提供了答案，但它最近也开始为人类经验的其他重要方面提供信息。该领域现在主要从主要固定大规模上区域研究转变为还采用更本地的观点，阐明了社会经济过程，遗产规则，婚姻实践和技术扩散。在这篇综述中，我们总结了最近的研究，展示了这些类型的见解，重点是用于推断人类行为的社会文化方面的方法。这通常涉及跨学科的工作，直到最近才发展为分离。我们认为，多学科对话对于对人类历史的更融合和更丰富的重建至关重要，因为它可以产生有关过去社会，生殖行为甚至生活方式习惯的非凡见解，而这些习惯也无法获得其他可能获得。引言近年来，考古学领域为古代迁移的时机和组成以及它们如何塑造当今的人类多样性1-3提供了新的启示。多亏了提取和测序古代DNA（ADNA）方法的爆炸性改进，可用的古代基因组的数量从十年前的不到5年就增加到了3,000多个。在世纪之交，ADNA提取技术的改进提高了前景生物信息学和种群遗传推断的进一步改善也有助于从这些基因组中提取宝贵的信息，包括人口增长和收缩的模式，远距离相关组之间的杂交以及在表型重要的基因座上运行的自然选择的证据4,5。古代DNA还为考古学上的长期辩论提供了信息，包括“ Demic” 6-8的作用与“文化”扩散9在技术传播中的作用。在1970年代和1980年代，分子研究和统计迁移模型的出现重点是人口运动作为技术扩张的驱动力，例如农业的传播10。相比之下，许多考古学家倾向于极大地减少如果不简单地否认过去迁移的存在和影响11。
对二倍体和四倍体菊花中的细胞器基因组的比较分析及其亲戚
菊花含量，东亚本地的一种物种众所周知，是耕种的菊花的祖细胞之一，该物种以其观念和药用价值而生长。先前关于菊花的基因组研究在分析该植物谱系时，很大程度上忽略了质体基因组（质体）和线粒体基因组（有丝分裂基因组）的动力学。在这项研究中，我们测序并组装了二倍体和四倍体C的质体和有丝分裂组。芳香。我们使用了来自27种具有质体和有丝分裂组完整序列的数据，以探索细胞器基因组之间序列演化的差异。二倍体和四倍体C中的细胞器基因组的大小和结构通常相似，但四倍体C. indimum和C. indimum var。芳香族在有丝分裂组中包含独特的序列，这些序列还包含先前未描述的开放式阅读框（ORF）。跨菊花有丝分裂组的结构变化很大，但是从质体转移到有丝分裂基因组的序列得到了保存。最后，有丝分裂基因组和质子基因树之间观察到的差异可能是这两个基因组中基因之间序列演化速率差异的结果。总共提出的发现大大扩展了研究菊花细胞器基因组进化的资源，并可能在将来可以应用于保护，育种和基因库。
动物能教会我们什么关于进化、人类基因组和人类疾病的知识
摘要 自从我开始做博士后研究以来的过去 20 年里，遗传学和基因组学领域发生了巨大的变化。我整个职业生涯的主要研究目标一直是了解人类疾病遗传学，并且我开发了比较基因组学和比较遗传学来生成了解人类疾病的资源和工具。通过比较基因组学，我对足够多的哺乳动物进行了测序，以了解人类基因组中每个碱基的功能潜力，并选择了脊椎动物来研究赋予许多物种关键性状的进化变化。通过比较遗传学，我将狗开发为人类疾病的模型，表征基因组本身并确定导致狗复杂疾病和癌症的生殖系基因座和体细胞突变列表。将所有这些发现和资源汇总在一起，为了解基因组进化、人类及其最好的朋友的复杂性状和癌症的遗传学打开了新的大门。
茄式泛基因组的关键作物为更好的繁殖铺平了道路
他们的研究揭示了理解旁系同源基因演变的重要性（通过基因复制而产生的）在预测基因组编辑结果中的重要性。CSHL教授和HHMI研究员Zachary Lippman领导了这项研究。“那里有很多很棒的食物作物，”他说。“与'主要的'农作物相比，他们中有多少人没有受益？”
在50年后，Ohwia Luteola（Fabaceae，Papilionoideae）的重新发现以及对质体基因组序列的Ohwia物种的比较分析
Ohwia Luteola（H。Ohashi＆T。Nemoto）H。Ohashi仅从中国云南省的一个收藏中知道。 自1972年上一次收藏以来，它一直没有回忆起来。 在这里，我们报告了该物种的重新发现，这意味着中国胡南省的第一个新记录。 基于新鲜材料，我们提出了O. luteola的修订形态学，并进行了质体基因组的测序和组装。 在形态上，O。Luteola与O. caudata相似，但前者很容易通过小叶长度/宽度比（2.5到3.6）来区分，叶片尖锐（尖头的角度为50°–80°），最终的花序均不明显地覆盖了3/3/hir rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug to种子。 分子系统发育分析证实了O. luteola是O. caudata的姐妹。Ohwia Luteola（H。Ohashi＆T。Nemoto）H。Ohashi仅从中国云南省的一个收藏中知道。自1972年上一次收藏以来，它一直没有回忆起来。在这里，我们报告了该物种的重新发现，这意味着中国胡南省的第一个新记录。基于新鲜材料，我们提出了O. luteola的修订形态学，并进行了质体基因组的测序和组装。在形态上，O。Luteola与O. caudata相似，但前者很容易通过小叶长度/宽度比（2.5到3.6）来区分，叶片尖锐（尖头的角度为50°–80°），最终的花序均不明显地覆盖了3/3/hir rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug rug to种子。分子系统发育分析证实了O. luteola是O. caudata的姐妹。
投资巴西鱼类转向基因组编辑技术来提高罗非鱼的增长和可持续性
“作为一家开拓性的巴西水产养殖公司，巴西鱼类将与CAT一起提供一种破坏性的解决方案，将推动巴西工业罗非鱼农业的技术转型，”阿马拉尔说。“除了为消费者提供安全和营养食品的机会外，该倡议还将促进该行业的更高可持续性和竞争力，将罗非鱼定位为在全球市场上与其他动物蛋白的更容易获得和竞争性替代品。”
锡琳·拉蒂利亚（Silene Latifolia）基因组及其巨型Y染色体
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是本版本的版权持有人，该版本发布于2023年9月22日。 https://doi.org/10.1101/2023.09.21.558754 doi：Biorxiv Preprint
跨学科研究：研究人员职业跨学科研究的动机和挑战
转座元素（TES）是寄生虫DNA序列，能够沿所有基因组的染色体移动和繁殖。可以通过靶向沉默表观遗传标记来控制它们，这可能会影响包括基因在内的相邻序列的Chro Matin结构。在这项研究中，我们使用了来自几个果蝇Melanogaster的卵巢样品和果蝇Simulans野生型菌株产生的转录组和表观基因组高吞吐量数据，以精细量化Te插入对基因RNA水平和组蛋白标记的影响（H3K9ME3和H3K9ME3和H3K4ME3）。我们的结果揭示了与梅拉·诺加斯特（D. Mela Nogaster）相比，TES对D. simulans中直源基因的表观遗传作用更强。同时，我们发现了D. mel Anogaster基因组中TE对基因H3K9me3的差异的较大贡献，这证明了Te数字周围的Te数与D. melanogaster中这种染色质标记的水平的更强相关性。总体而言，这项工作有助于理解TE在基因组中的物种特异性影响。它为TE提供的可观自然变异性提供了新的启示，这可能与适应性和进化潜力的对比有关。