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2分析：用于分析二维空间中脂质膜和生物聚合物的工具箱
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2025年3月6日。 https://doi.org/10.1101/2025.02.28.640817 doi：Biorxiv Preprint
Grannot，一种通过Pangenome图的有效且可靠的注释转移的工具
基因组序列的可用性的增加，突显了我们单个参考基因组以表示物种内部多样性的局限性。pangenomes，涵盖了来自多个基因组的基因组信息，因此对二种情况的多样性进行了更稳定的代表。然而，图形形式的pangenomes通常缺乏注释信息，这限制了其对正向分析的效用。我们在这里介绍Grannot，该工具是通过将现有注释从源基因组投射到图表，然后随后转移到其他嵌入式基因组的工具，该工具专为使用此类图的效率和可靠的注释传输。Grannot针对的是大米，Human和E. coli的Pangenome图和线性基因组的最新工具进行了基准测试。结果表明，Grannot在准确性或速度方面是共识，保守和快速，超过基于对准的方法，或两者兼而有之。它提供了提供信息的输出，例如基因的存在 - 缺乏矩阵，以及源和靶基因组之间传递特征的比对，有助于研究杂物变化和进化。grannot的鲁棒性和不同物种的可复制性使其成为增强pangenome分析的宝贵工具。Grannot可在https://forge.fr/diade/dynadiv/grannot的GNU GPLV3许可下获得。
新型的染色质途径控制转座元件和对基因组稳定性的影响
hal是一个多学科的开放访问档案，用于存款和传播科学研究文件，无论它们是否已发表。这些文件可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
在细胞周期中的3D基因组的作用，DNA复制和双链断裂修复 生长停滞和DNA损伤诱导45 G6PD的过表达/多动症 div> 低剂量的大麻提取物改善帕金森氏病患者的非运动症状：病例系列 对肠道微生物群的新见解是免疫的关键调节剂和对肝细胞癌免疫疗法的反应 银纳米颗粒的进展 仔细观察klebsiella vaiicola Taichi-MSS方案：通过Tai Chi运动增强MCI患者的认知和脑功能，并结合多感官刺激 术后放疗的生存益处... OTUB1介导的泛素化抑制 disitamab vedotin vs. gemcitabine-cisplatin方案 整合护理：针灸的糖尿病和心力衰竭的神经调节疗法 细胞外ATP/大脑中的腺苷动力学及其在健康和疾病中的作用 一个新型的荧光素基于钠的筛选平台，用于... 用增强的营养含量赋予重要水果作物 ... 的综合地理和应力场评估 胰岛素 - 血管紧张素系统调节中的胰岛素
大型真核基因组被包装到核的受限区域中，以保护遗传密码并提供一个专门的环境来读取，复制和修复DNA。基因组在染色质环和自我相互作用域中的物理组织提供了基因组结构的基本结构单位。这些结构排列是复杂的，多层的，高度动态的，并且影响了基因组的不同区域如何相互作用。通过增强剂促进剂相互作用在转录过程中的作用已得到很好的确定。不太了解的是核结构如何影响DNA复制和修复过程中染色质交易的大量交易。在这篇综述中，我们讨论了在细胞周期中如何调节基因组结构，以影响复制起源的定位和DNA双链断裂修复的协调。基因组结构在这些细胞过程中的作用突出了其在保存基因组完整性和预防癌症的关键参与。
Corydalis sheareriprovides的自动二倍体基因组...
1植物保护学院，河南农业大学，郑州450046，中国2海洋学院，山东大学，山峰大学，魏哈伊264209，中国3植物多样性与系统学中心，植物学研究所，江苏省和中国科学院，中国科学院，中国科学学院， 450046，中国5深圳分公司，林南现代农业实验室，合成生物学的主要实验室，农业与农村事务部实验室，农业基因组学研究所，深圳农业科学院，农业科学院，农业科学院570228，中国 *相应的作者，电子邮件：whwcas@163.com; jiamei_li@126.com; 5220130045@fafu.edu.cn
可差异的CRE重组酶允许在Berghei疟原虫的蚊子阶段进行有条件的基因组编辑
疟原虫的无性血液阶段很容易通过同源重组来适应遗传修饰，从而使寄生虫基因的功能性研究在生命周期的这一部分中并非必不可少。然而，常规的反向遗传学不能应用于无性血液阶段复制中必不可少的基因的功能分析。已经开发了各种策略，用于浆细胞的条件诱变，包括基于重组酶的基因缺失，可调节启动子以及mRNA或蛋白质破坏稳定系统。在其中，可二聚Cre（DICRE）重组酶系统已成为p中有条件基因缺失的强大方法。恶意。在该系统中，噬菌体CRE以两种单独的酶无活性多肽的形式表达，每种酶融合了不同的雷帕霉素结合蛋白。雷帕霉素诱导的两个成分的异二聚化恢复重组酶活性。我们已经在啮齿动物疟原虫p。berghei，并表明可以在哺乳动物和蚊子寄生虫阶段具有很高的效率来实现雷帕霉素诱导的floxed DNA序列切除。此工具可用于投资基本基因的功能，不仅在无性血液阶段，而且在疟原虫生命周期的其他部分。
moshpit：Qiime 2框架上的可访问，可再现的元基因组数据科学
图1。Moshpit和示范分析的概述。（a）当前分析工作流的示意图。对Kaiju的分类注释得到了原始阅读的支持，并且可以将Kraken 2应用于对原始读取，重叠群或脱封的MAGS进行分类。用蛋酒贴剂的功能注释可用于重叠群或（解换）mags。（b）塔拉海洋数据集的重新分析。该地图描绘了全球收集样品的香农多样性，对四个位置的缩放视图显示了跨样本深度的分类学分配。bray-curtis主坐标散点图突出了深海样品之间的组成相似性。（C-D）基于读取（C）和基于MAG的可可分析（D）在发酵过程中表现出一致的多样性下降，并伴随着功能基因谱的变化。
stigmatoteuthis arcturi Robson的Erga-Bge基因组，1948年
Stigmatoteuthis Arcturi Robson，1948年，属于家庭组织植物科，1880年至1881年，被称为珠宝鱿鱼，这是濒临灭绝的巨型巨型牛奶中最重要的组成部分之一，例如精子Whales（Clarke，Clarke，2006年）。珠宝的鱿鱼的特征是独特的形态，其皮肤上有许多摄影作品，以破坏其阴影并从深水中欺骗掠食者。他们的体内也具有高水平的不对称性，其眼睛的大小，形态和色素沉着较大，其本身是专门针对不同任务的（Thomas等，2017）。虽然较大的左眼看着从表面发出的昏暗的光线以发现其大型捕食者，但较小的右眼向底部看，寻找其Micronekton猎物的生物发光。s. arcturi是1900年的柱头stigmatoteuthis pfeffer属的三种同种异体物种之一，其特征在于男性生殖系统的重复末端部分，并且它们之间存在细微的形态差异，仅在成熟的男性中才能识别出来（Young＆Vecchione，2016年）。它在热带和亚热带大西洋近海水域中分布，与任何其他头足类动物一样，Arcturi S. Arcturi迅速生长，这是由于非常激烈的掠夺性活动所增强。珠宝的鱿鱼是寄生虫的寄生虫的寄生虫宿主，例如Anysakis Dujardin，1845年和其他线虫（Palomba等，2021）。他们将这些寄生虫转移到较高的营养水平的宿主中，例如商业上重要的剑鱼和濒临灭绝的齿鲸，这些寄生虫结束了他们的生命周期。
外显子组和基因组测序，用于先天性免疫误差
2010年下一代测序（NGS）的出现已经改变了医学，尤其是单基因先天性免疫误差（包括原发性免疫缺陷）（PID）的生长领域。ngs促进了引起疾病的新基因的发现和PID患者的遗传诊断。全外观测序（WES）目前是PID研究和诊断的最具成本效益的方法，尽管整个基因组测序（WGS）具有多种优势。科学或诊断挑战是在数千个NGS调用中选择一个或两个候选变体。变体和基因级计算方法以及免疫学假设可以帮助缩小整个基因组搜索的范围。成功的关键是关于三个关键方面的良好信息遗传假设：遗传方式，临床渗透率和病情的遗传异质性。这确定了搜索策略和候选等位基因的频率截止。随后对候选变异的致病作用的功能验证至关重要。即使没有调味的湿实验室，即使是最新的干燥实验室也无法获得此验证。变化的多种性需要