XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemgenomes
evo lu tio na ry b i olo gy bat基因组的比较分析确定了旧世界中的免疫力的明显演变
蝙蝠已被确定为几种人畜共患病毒的天然储层宿主，促使他们具有独特的免疫适应性。在蝙蝠中，旧世界的水果蝙蝠（pteropodidae）与多个溢出有关。为了测试这些蝙蝠中谱系特异性的分子适应性，我们开发了一种新的组装管道来生成果实蝙蝠cynopterus sphinx的参考质量基因组，并将其用于对12个蝙蝠物种的比较分析，包括6个pteropopodids。我们的结果表明，与其他蝙蝠相比，与免疫相关的基因的进化率更高。在MyD88中，在包括NLRP1的丧失，PGLYRP1和C5AR2的重复以及氨基酸替代品之间共享了几种谱系特异性遗传变化。我们将含有pteropidae特异性残基的MyD88转基因引入了BAT和人类细胞系中，并发现了炎症反应抑制的证据。通过揭示不同的免疫适应性，我们的结果可以帮助解释为什么经常将孢子形杀死为病毒宿主。
将细胞融合与 CRISPR-Cas9 编辑相结合，在酵母中克隆较大的 DNA 片段或完整的细菌基因组
图 1：CReasPy-Fusion 方法的实验流程示意图。步骤 1（借用 CReasPy-Cloning 策略，左栏）：用两个质粒转化酵母，从而表达 Cas9 核酸酶和 gRNA。步骤 2（借用 Fusion Cloning 策略，右栏）：在线性重组模板（由酵母元件 CEN-HIS3 组成，带有或不带有 ARS，两侧是与目标基因座两侧相同的两个重组臂和一个抗生素抗性标记）存在下，将预装 pCas9 和 pgRNA 的酵母细胞与支原体细胞接触。步骤 3：进入酵母细胞后，目标基因组被 Cas9 切割，随后由酵母同源重组系统使用提供的线性 DNA 片段作为模板进行修复。因此，细菌基因组现在包括插入到精确位置的酵母元素，并由酵母作为着丝粒质粒携带。
使用基于深度学习的方法
抽象的综合蛋白质功能注释对于理解与微生物组相关的疾病机制至关重要。然而，大部分人类肠道微生物蛋白缺乏功能注释。在这里，我们开发了一项新的元素分析工作，从而从DEEPFRI中整合了从头基因组的重新结构，分类学专业和基于深度学习的功能注释。这是在宏基因组中应用基于深度学习的功能注释的第一种方法。我们通过将圆形词的基于矫形器的注释与糖果族同胞的1,070个婴儿含量进行比较，从而验证了DeepFri功能注释。使用此工作流程，我们生成了190万个非冗余微生物基因的序列目录。功能注释揭示了DeepFri和Eggnog预测的基因本体学注释之间的70％一致性。deepfri改善了注释覆盖范围，其中99％的基因出现获得基因本体论分子功能注释，尽管它们的特定特异性少于蛋酒中的基因。此外，我们使用高质量的元基因组组装基因组（MAGS）以无参考的方式构建了蛋白质组，并分析了相关的注释。蛋酒在诸如大肠杆菌等良好研究的生物上注释了更多的基因，而deepfri对分类群不太敏感。此外，我们表明，与先前的糖尿病研究相比，DeepFri提供了其他注释。这项工作流程将有助于对人类肠道微生物组在健康和疾病中的功能特征的新了解以及指导未来的宏基因组学研究。
将细胞融合与 CRISPR-Cas9 编辑相结合，在酵母中克隆较大的 DNA 片段或完整的细菌基因组
图 1：CReasPy-Fusion 方法的实验流程示意图。步骤 1（借用 CReasPy-Cloning 策略，左栏）：用两个质粒转化酵母，从而表达 Cas9 核酸酶和 gRNA。步骤 2（借用 Fusion Cloning 策略，右栏）：在线性重组模板（由酵母元件 CEN-HIS3 组成，带有或不带有 ARS，两侧是与目标基因座两侧相同的两个重组臂和一个抗生素抗性标记）存在下，将预装 pCas9 和 pgRNA 的酵母细胞与支原体细胞接触。步骤 3：进入酵母细胞后，目标基因组被 Cas9 切割，随后由酵母同源重组系统使用提供的线性 DNA 片段作为模板进行修复。因此，细菌基因组现在包括插入到精确位置的酵母元素，并由酵母作为着丝粒质粒携带。
水平基因转移如何塑造昆虫基因组的进化？
昆虫是一个高度多样化的谱系，占所有描述的动物的50％，约有30个订单（Chapman，2009; Forister等，2019; Novotny等，2002）。昆虫是在大多数陆地和水生环境中发现的（Gullan＆Cranston，2014; Scudder，2017），并且以多种方式成为生态系统健康的关键，例如通过充当分解，猎物，捕食者，捕食者和传粉者（Gurr等，2003; Majeed等，20222）。此外，它们相对较小的尺寸和高生殖率使它们能够占据大型生物所无法的多种生态壁ches（Berger等，2008； Gullan＆Cranston，2014）。昆虫还与微型ISM（例如细菌和真菌）广泛相互作用，增强了昆虫适应不同环境的能力。微型肌肉是在昆虫的外骨骼，肠道和血液中以及内部昆虫细胞中发现的。昆虫肠道菌群有助于宿主的消化和
基因组如何编码发育时间？
我很高兴贡献这篇简短的观点来纪念 Terri Grodzicker 担任《基因与发育》杂志编辑的 35 年，该杂志是基因调控和发育生物学领域最重要的杂志之一。在 Terri 任职期间，Levine 实验室在《基因与发育》杂志上发表了 30 篇论文，她对这些论文的慷慨管理证明了她的耐心、幽默和学识广博。这些研究涵盖了果蝇早期胚胎的基因表达、转录后过程（例如替代性多聚腺苷酸化）以及基因调控网络在海鞘 Ciona intestinalis 蝌蚪不同细胞类型指定中的作用。我们衷心感谢 Terri 多年来为提高我们论文质量所做的努力。我们不能让 Terri 离开，除非我们最后一次打扰她。我们早期的论文大多侧重于发育过程中基因表达的空间控制（例如，Doyle 等人，1989 年；Small 等人，1991 年）。除了总结这些工作之外，我们还想分享一些关于发育生物学中一个持久挑战的想法；即基因活动的时间控制。我们简要总结了三种调节发育过程中转录时间的潜在基因组结构机制：基因长度、增强子接近度和束缚元件。
利用 RNA 病毒载体对植物基因组进行可遗传的 CRISPR-Cas9 编辑
病毒感染的系统性传播促进了编辑成分在植物组织内的积累。这导致了高效和快速的基因组编辑，从而为评估单向导 RNA (sgRNA) 设计的有效性和特异性提供了理想的筛选工具。几种基于植物 RNA 病毒的复制子已成功用于在组成性表达 Cas9 核酸酶的转基因植物中传递 sgRNA。9–19 然而，每种病毒载体都有自己的分子生物学特性，并且仅限于特定的宿主范围。在这里，我们描述了两种源自马铃薯病毒 X (PVX；Potexvirus 属) 和烟草脆裂病毒 (TRV；Tobravirus 属) 的病毒载体的工程改造，用于在模型物种本氏烟中传递非间隔 sgRNA（图 1）。所提出的 PVX 系统由单个二元载体 pLX-PVX 组成，该载体包含 PVX 基因组序列和一个来自竹花叶病毒 (BaMV) 的异源亚基因组启动子以驱动插入表达 (图 2)。TRV 系统依赖于 pLX-TRV1 和 pLX-TRV2，这是两个具有兼容来源的 T-DNA 载体，可同时进行病毒基因组成分的农杆菌接种 (JoinTRV)。pLX-TRV1 提供复制酶功能，而 pLX-TRV2 包含一个工程化的 TRV RNA2 序列和一个来自豌豆早褐病毒 (PEBV) 的异源亚基因组启动子以驱动插入表达 (图 2)。这两个病毒系统均基于 pLX 系列的紧凑 T-DNA 二元载体20，这些载体已成功用于通过农杆菌介导的接种 (农杆菌接种) 启动 RNA 和 DNA 病毒感染。 21–23 重组病毒复制子与 sgRNA 构建体组装并通过农杆菌接种递送到表达 Cas9 的植物中。系统性病毒感染导致生殖系基因组编辑和编辑后代的恢复（图 1）。
通过复制氨...
氨氧化古细菌（AOA）是微生物群落的无处不在成分，并在某些土壤中占据了硝化的第一阶段。当我们开始了解土壤病毒动力学时，我们对那些感染硝基菌的人的组成或活性或其影响过程的潜力不了解。这项研究旨在表征在两种硝化pH的硝化土壤中感染自身噬菌AOA的病毒，这是通过通过DNA稳定的异位素探测和化合物分析转移了同化的CO 2衍生的13 C从宿主到病毒的13 C。将13 C掺入低GC MOL％AOA中，病毒基因组增加了CSCL梯度中的DNA浮力密度，但导致与富含非增强的高GC MOL％基因组共同移民，减少了测序depth和Contig组装。因此，我们开发了一种杂种方法，其中AOA和病毒基因组是从低浮力DNA组装而成的，随后映射13 C同位素富集的高浮力密度DNA读取以识别AOA的活性。元基因组组装的基因组在两种土壤之间是不同的，并且代表了广泛的活性种群。识别64个AOA感染病毒运营分类单元（投票），与先前特征的原核生物病毒没有明确的相关性。这些投票在土壤之间也有所不同，其中42％的富含宿主的13 C富集。大多数人被预测为能够溶裂性，辅助代谢基因包括一种AOA特异性多孔氧化酶，表明感染可能会增强对中央代谢功能所必需的铜摄取。这些发现表明AOA的病毒感染可能是硝化过程中经常发生的过程，可能会影响宿主生理和活性。
无间隙植物基因组时代：测序和映射技术的创新革命性基因组学和繁殖尼古拉斯·格拉德曼（Nicholas Gladman）1，2，sara goo
全基因组测序和组装彻底改变了植物遗传学和分子生物学。然而，第一代和第二代技术的显着缺点导致了不完善的参考基因组：高质量或不确定的序列的大量和较大的差距高度重复性DNA的领域以及有限的染色体相限制，研究人员限制了研究人员表征最近期犯罪事件的调节性非编码元素和谱系区域的能力。最近，长阅读测序的进步导致了植物基因组的第一个无间隙，端粒到端粒（T2T）组件。这种飞跃有可能提高基因组学和分子实验的速度和信心，同时降低研究界的成本。
使用纳米宾HMW DNA提取，PACBIO为来自多样性的高质量基因组提供了完整的端到端工作流程
摘要PACBIO测序技术提供了最完整，最准确，连续的基因组，并已被用作许多生物多样性，保护和农业类似学计划中的核心技术。在这里，我们在工作流程中提出了重大的进步，这些进步通过提供DNA隔离的方法进一步促进测序工作，并为库准备过程提供了增强的尺寸选择。这些改进应用于各种植物，昆虫和动物样品，并在新的Revio系统上进行了测序，从每个库中产生了90多个GB的数据。